More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_1179 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1999  xylose transport system permease protein  73.96 
 
 		 435 aa  642    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.222102  normal  0.247707 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1179  ABC sugar (xylose) transporter, inner membrane subunit  100 
 
 		 432 aa  848    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2841  inner-membrane translocator  99.54 
 
 		 432 aa  847    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2618  inner-membrane translocator  93.29 
 
 		 432 aa  781    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.40748  normal  0.342974 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3175  inner-membrane translocator  72.33 
 
 		 432 aa  626  1e-178  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.235979  normal  0.918158 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4466  inner-membrane translocator  52.16 
 
 		 444 aa  400  9.999999999999999e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1211  ABC transporter membrane spanning protein (xylose)  49.65 
 
 		 437 aa  394  1e-108  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.462112  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3113  inner-membrane translocator  51.75 
 
 		 437 aa  374  1e-102  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.645278  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3186  inner-membrane translocator  50.35 
 
 		 437 aa  357  1.9999999999999998e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.7217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2926  inner-membrane translocator  51.52 
 
 		 437 aa  356  5e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.519416 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1752  inner-membrane translocator  43.06 
 
 		 406 aa  290  4e-77  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.090223  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2702  inner-membrane translocator  43.22 
 
 		 407 aa  270  4e-71  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5023  inner-membrane translocator  40.81 
 
 		 396 aa  235  1.0000000000000001e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0107  Monosaccharide-transporting ATPase  37.16 
 
 		 373 aa  223  6e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2020  inner-membrane translocator  36.27 
 
 		 397 aa  216  8e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.232129  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0158  monosaccharide-transporting ATPase  33.33 
 
 		 388 aa  213  3.9999999999999995e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4156  sugar transport system permease  34.27 
 
 		 394 aa  212  9e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0316098 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4099  putative xylose transport system permease protein XylH  34.27 
 
 		 394 aa  212  9e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0059  monosaccharide-transporting ATPase  34.03 
 
 		 394 aa  210  3e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19480  Monosaccharide-transporting ATPase  35.65 
 
 		 383 aa  207  3e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0101  monosaccharide-transporting ATPase  34.89 
 
 		 394 aa  207  4e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0774  Monosaccharide-transporting ATPase  36.64 
 
 		 403 aa  205  1e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1867  monosaccharide-transporting ATPase  33.33 
 
 		 376 aa  205  1e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.576017 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4434  inner-membrane translocator  34.38 
 
 		 393 aa  202  9e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0840  inner-membrane translocator  34.55 
 
 		 410 aa  202  9e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0229373  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4152  inner-membrane translocator  34.38 
 
 		 393 aa  202  9.999999999999999e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4188  Monosaccharide-transporting ATPase  35.61 
 
 		 400 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4076  Monosaccharide-transporting ATPase  35.61 
 
 		 400 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.784913  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0905  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  36.36 
 
 		 400 aa  201  3e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0660544 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4108  monosaccharide-transporting ATPase  35.48 
 
 		 399 aa  200  3.9999999999999996e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000328051 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3005  D-xylose ABC transporter, permease protein  35.66 
 
 		 378 aa  197  3e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.121536  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0063  inner-membrane translocator  35.68 
 
 		 394 aa  197  3e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0153  inner-membrane translocator  35.53 
 
 		 393 aa  196  5.000000000000001e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3416  monosaccharide-transporting ATPase  39.27 
 
 		 389 aa  196  6e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00105488  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2339  monosaccharide-transporting ATPase  37.79 
 
 		 398 aa  195  1e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.138041  normal  0.022566 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3072  monosaccharide-transporting ATPase  34.63 
 
 		 396 aa  194  2e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.372878  normal  0.819045 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0081  inner-membrane translocator  37.84 
 
 		 390 aa  194  3e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.806759  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6325  monosaccharide-transporting ATPase  37.84 
 
 		 399 aa  194  3e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.38895 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2300  inner-membrane translocator  36.39 
 
 		 378 aa  193  5e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.891192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2747  inner-membrane translocator  33.79 
 
 		 394 aa  193  5e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.884064 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2619  ABC D-xylose transporter, inner membrane subunit  36.6 
 
 		 399 aa  193  6e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0935  sugar ABC transporter, permease protein  34.97 
 
 		 396 aa  192  7e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.968429  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6630  Monosaccharide-transporting ATPase  36.43 
 
 		 399 aa  192  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0584  D-xylose ABC transporter, permease  36.96 
 
 		 357 aa  192  1e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1057  D-xylose ABC transporter, permease protein  37.86 
 
 		 427 aa  190  5e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.483345  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0877  sugar ABC transporter, permease protein  35.84 
 
 		 383 aa  189  5.999999999999999e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2139  putative L-arabinose transport system permease protein araH  34.48 
 
 		 396 aa  189  8e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2886  inner-membrane translocator  36.16 
 
 		 378 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.120464  normal  0.844103 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3173  inner-membrane translocator  33.11 
 
 		 403 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.536368 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0753  inner-membrane translocator  38.06 
 
 		 390 aa  187  3e-46  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0682219  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6036  monosaccharide-transporting ATPase  36.13 
 
 		 399 aa  187  4e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.182695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6336  inner-membrane translocator  35.9 
 
 		 399 aa  187  4e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0142  Monosaccharide-transporting ATPase  35.94 
 
 		 393 aa  186  5e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0146  monosaccharide-transporting ATPase  35.94 
 
 		 393 aa  186  5e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3954  D-xylose ABC transporter, permease protein  35.94 
 
 		 393 aa  186  5e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3771  D-xylose ABC transporter, permease protein  35.94 
 
 		 393 aa  186  5e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4944  D-xylose ABC transporter, permease protein  35.94 
 
 		 393 aa  186  5e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0184849 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3891  D-xylose ABC transporter, permease protein  35.94 
 
 		 393 aa  186  5e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03420  D-xylose transporter subunit  35.66 
 
 		 393 aa  186  6e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03371  hypothetical protein  35.66 
 
 		 393 aa  186  6e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4064  D-xylose ABC transporter, permease protein  35.94 
 
 		 393 aa  186  6e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2912  inner-membrane translocator  32.2 
 
 		 403 aa  186  9e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.116339  normal  0.80082 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1426  monosaccharide-transporting ATPase  34.34 
 
 		 400 aa  184  3e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3838  Monosaccharide-transporting ATPase  34.74 
 
 		 402 aa  184  3e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.557863  normal  0.660821 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4915  Monosaccharide-transporting ATPase  34.74 
 
 		 402 aa  184  3e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6502  inner-membrane translocator  37.25 
 
 		 399 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6736  inner-membrane translocator  37.25 
 
 		 399 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.254772  normal  0.595345 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4475  monosaccharide-transporting ATPase  33.33 
 
 		 404 aa  182  7e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.826899  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4211  monosaccharide-transporting ATPase  36.36 
 
 		 405 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1152  D-xylose ABC transporter, permease protein  37.38 
 
 		 389 aa  182  1e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3040  inner-membrane translocator  34.66 
 
 		 381 aa  177  2e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2341  sugar ABC transporter, permease protein  37.89 
 
 		 399 aa  177  2e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.718143  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0406  inner-membrane translocator  34.62 
 
 		 393 aa  177  3e-43  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.335145  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6622  inner-membrane translocator  34.33 
 
 		 369 aa  177  4e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000790892 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3906  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  32.93 
 
 		 399 aa  176  8e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.611947  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1861  xylose ABC transporter permease  31.79 
 
 		 405 aa  175  9.999999999999999e-43  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0485128  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3198  monosaccharide-transporting ATPase  32.34 
 
 		 414 aa  174  2.9999999999999996e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.126152 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0385  inner-membrane translocator  35.1 
 
 		 429 aa  173  5e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27970  multiple monosaccharide ABC transporter membrane protein  32.06 
 
 		 393 aa  173  5.999999999999999e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.284991  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2891  inner-membrane translocator  34.4 
 
 		 408 aa  171  3e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.122245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4338  inner-membrane translocator  32.75 
 
 		 411 aa  169  1e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0504  Monosaccharide-transporting ATPase  34.89 
 
 		 392 aa  168  1e-40  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.106522 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5338  inner-membrane translocator  33.82 
 
 		 409 aa  168  2e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1587  monosaccharide-transporting ATPase  30.68 
 
 		 392 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0042672  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3661  monosaccharide-transporting ATPase  33.41 
 
 		 405 aa  164  2.0000000000000002e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3403  inner-membrane translocator  34.35 
 
 		 452 aa  164  3e-39  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.22909 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0613  monosaccharide-transporting ATPase  34.83 
 
 		 410 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29460  multiple monosaccharide ABC transporter membrane protein  33.49 
 
 		 393 aa  163  6e-39  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2851  inner-membrane translocator  28.96 
 
 		 426 aa  161  3e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.343268  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2996  Monosaccharide-transporting ATPase  31.71 
 
 		 392 aa  160  3e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0739  inner-membrane translocator  33.1 
 
 		 402 aa  161  3e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2513  inner-membrane translocator  31.99 
 
 		 392 aa  160  6e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1866  inner-membrane translocator  35.7 
 
 		 405 aa  159  9e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0645389  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2578  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 399 aa  159  9e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.270566 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2518  inner-membrane translocator  34.38 
 
 		 410 aa  158  1e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1573  inner-membrane translocator  33.41 
 
 		 444 aa  158  2e-37  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.984354  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0240  inner-membrane translocator  34.52 
 
 		 420 aa  157  3e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0784827  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2252  inner-membrane translocator  32.94 
 
 		 410 aa  156  7e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000044762 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2684  inner-membrane translocator  32.55 
 
 		 403 aa  155  1e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4717  inner-membrane translocator  32.27 
 
 		 412 aa  154  2e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>