More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3906 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3906  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  100 
 
 		 399 aa  783    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.611947  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3173  inner-membrane translocator  74.13 
 
 		 403 aa  590  1e-167  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.536368 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2912  inner-membrane translocator  73.63 
 
 		 403 aa  590  1e-167  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.116339  normal  0.80082 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0840  inner-membrane translocator  68.19 
 
 		 410 aa  541  1e-153  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0229373  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4108  monosaccharide-transporting ATPase  65.83 
 
 		 399 aa  521  1e-147  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000328051 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3072  monosaccharide-transporting ATPase  65.62 
 
 		 396 aa  515  1.0000000000000001e-145  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.372878  normal  0.819045 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4475  monosaccharide-transporting ATPase  67.83 
 
 		 404 aa  511  1e-144  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.826899  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3198  monosaccharide-transporting ATPase  66.75 
 
 		 414 aa  493  9.999999999999999e-139  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.126152 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0935  sugar ABC transporter, permease protein  63.54 
 
 		 396 aa  490  1e-137  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.968429  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1426  monosaccharide-transporting ATPase  61.99 
 
 		 400 aa  489  1e-137  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0877  sugar ABC transporter, permease protein  63.68 
 
 		 383 aa  487  1e-136  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2747  inner-membrane translocator  64.21 
 
 		 394 aa  483  1e-135  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.884064 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2139  putative L-arabinose transport system permease protein araH  62.09 
 
 		 396 aa  470  1.0000000000000001e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0739  inner-membrane translocator  63.87 
 
 		 402 aa  455  1e-127  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2252  inner-membrane translocator  67.19 
 
 		 410 aa  449  1e-125  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000044762 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1047  inner-membrane translocator  65.88 
 
 		 404 aa  439  9.999999999999999e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0613  monosaccharide-transporting ATPase  59.31 
 
 		 410 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2684  inner-membrane translocator  53.57 
 
 		 403 aa  395  1e-109  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3661  monosaccharide-transporting ATPase  54.39 
 
 		 405 aa  391  1e-107  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0385  inner-membrane translocator  49.35 
 
 		 429 aa  352  5e-96  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0406  inner-membrane translocator  48.94 
 
 		 393 aa  343  2.9999999999999997e-93  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.335145  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1985  inner-membrane translocator  51.16 
 
 		 390 aa  343  2.9999999999999997e-93  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.345013  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2891  inner-membrane translocator  49.02 
 
 		 408 aa  334  2e-90  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.122245  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0758  inner-membrane translocator  55.82 
 
 		 432 aa  327  2.0000000000000001e-88  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0294361  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27970  multiple monosaccharide ABC transporter membrane protein  47.61 
 
 		 393 aa  321  9.999999999999999e-87  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.284991  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2513  inner-membrane translocator  48.28 
 
 		 392 aa  315  9.999999999999999e-85  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1587  monosaccharide-transporting ATPase  44.18 
 
 		 392 aa  314  1.9999999999999998e-84  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0042672  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2996  Monosaccharide-transporting ATPase  47.67 
 
 		 392 aa  309  5.9999999999999995e-83  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4717  inner-membrane translocator  46.32 
 
 		 412 aa  302  7.000000000000001e-81  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29460  multiple monosaccharide ABC transporter membrane protein  50.4 
 
 		 393 aa  301  1e-80  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1861  xylose ABC transporter permease  41.98 
 
 		 405 aa  299  6e-80  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0485128  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1866  inner-membrane translocator  48.96 
 
 		 405 aa  299  6e-80  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0645389  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1180  Monosaccharide-transporting ATPase  46.19 
 
 		 426 aa  298  8e-80  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000448085 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0240  inner-membrane translocator  47.4 
 
 		 420 aa  298  1e-79  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0784827  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0504  Monosaccharide-transporting ATPase  47.06 
 
 		 392 aa  297  3e-79  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.106522 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0753  inner-membrane translocator  45.38 
 
 		 390 aa  294  2e-78  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0682219  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19480  Monosaccharide-transporting ATPase  44 
 
 		 383 aa  283  5.000000000000001e-75  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2944  Monosaccharide-transporting ATPase  44.19 
 
 		 408 aa  276  3e-73  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.293964  normal  0.495103 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0158  monosaccharide-transporting ATPase  40.76 
 
 		 388 aa  276  4e-73  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0258  Monosaccharide-transporting ATPase  40.36 
 
 		 420 aa  275  8e-73  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.501075  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1103  inner-membrane translocator  44.18 
 
 		 423 aa  275  1.0000000000000001e-72  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.660627  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2518  inner-membrane translocator  45.75 
 
 		 410 aa  273  3e-72  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1867  monosaccharide-transporting ATPase  40.05 
 
 		 376 aa  270  2.9999999999999997e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.576017 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4099  putative xylose transport system permease protein XylH  41.69 
 
 		 394 aa  270  4e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4156  sugar transport system permease  41.69 
 
 		 394 aa  270  4e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0316098 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2020  inner-membrane translocator  37.09 
 
 		 397 aa  270  5e-71  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.232129  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0059  monosaccharide-transporting ATPase  41.42 
 
 		 394 aa  268  1e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0228  monosaccharide-transporting ATPase  40.97 
 
 		 396 aa  266  4e-70  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4152  inner-membrane translocator  38.73 
 
 		 393 aa  265  1e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0101  monosaccharide-transporting ATPase  40.55 
 
 		 394 aa  265  1e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3403  inner-membrane translocator  40.16 
 
 		 452 aa  265  1e-69  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.22909 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4434  inner-membrane translocator  39.45 
 
 		 393 aa  265  2e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0107  Monosaccharide-transporting ATPase  40.9 
 
 		 373 aa  263  3e-69  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1668  monosaccharide-transporting ATPase  41.1 
 
 		 390 aa  259  4e-68  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.120598  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2578  inner-membrane translocator  42.59 
 
 		 399 aa  254  2.0000000000000002e-66  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.270566 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0153  inner-membrane translocator  38.96 
 
 		 393 aa  252  8.000000000000001e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03420  D-xylose transporter subunit  39.45 
 
 		 393 aa  252  9.000000000000001e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03371  hypothetical protein  39.45 
 
 		 393 aa  252  9.000000000000001e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0081  inner-membrane translocator  39.95 
 
 		 390 aa  250  3e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.806759  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0142  Monosaccharide-transporting ATPase  39.21 
 
 		 393 aa  250  4e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3891  D-xylose ABC transporter, permease protein  39.21 
 
 		 393 aa  250  4e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4064  D-xylose ABC transporter, permease protein  39.21 
 
 		 393 aa  249  4e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3771  D-xylose ABC transporter, permease protein  39.21 
 
 		 393 aa  250  4e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3954  D-xylose ABC transporter, permease protein  39.21 
 
 		 393 aa  250  4e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0146  monosaccharide-transporting ATPase  39.21 
 
 		 393 aa  250  4e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4944  D-xylose ABC transporter, permease protein  39.21 
 
 		 393 aa  250  4e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0184849 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0063  inner-membrane translocator  41.95 
 
 		 394 aa  248  9e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0774  Monosaccharide-transporting ATPase  42.9 
 
 		 403 aa  248  1e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3040  inner-membrane translocator  39.63 
 
 		 381 aa  242  7.999999999999999e-63  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0584  D-xylose ABC transporter, permease  39.89 
 
 		 357 aa  238  2e-61  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4188  Monosaccharide-transporting ATPase  39.03 
 
 		 400 aa  230  3e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6325  monosaccharide-transporting ATPase  39.21 
 
 		 399 aa  230  3e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.38895 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4076  Monosaccharide-transporting ATPase  39.03 
 
 		 400 aa  230  3e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.784913  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3005  D-xylose ABC transporter, permease protein  40.05 
 
 		 378 aa  230  3e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.121536  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0905  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  39.21 
 
 		 400 aa  230  4e-59  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0660544 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2300  inner-membrane translocator  41.76 
 
 		 378 aa  227  3e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.891192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2619  ABC D-xylose transporter, inner membrane subunit  40.8 
 
 		 399 aa  224  2e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2339  monosaccharide-transporting ATPase  41.23 
 
 		 398 aa  223  4e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.138041  normal  0.022566 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6622  inner-membrane translocator  39.47 
 
 		 369 aa  223  4e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000790892 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6630  Monosaccharide-transporting ATPase  39.73 
 
 		 399 aa  219  5e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6502  inner-membrane translocator  38.71 
 
 		 399 aa  219  7e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6736  inner-membrane translocator  38.71 
 
 		 399 aa  219  7e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.254772  normal  0.595345 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2886  inner-membrane translocator  39.95 
 
 		 378 aa  218  1e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.120464  normal  0.844103 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3416  monosaccharide-transporting ATPase  39.48 
 
 		 389 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00105488  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6336  inner-membrane translocator  39.73 
 
 		 399 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6036  monosaccharide-transporting ATPase  39.46 
 
 		 399 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.182695  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4211  monosaccharide-transporting ATPase  39.19 
 
 		 405 aa  210  3e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3175  inner-membrane translocator  33.41 
 
 		 432 aa  210  3e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.235979  normal  0.918158 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4915  Monosaccharide-transporting ATPase  39.51 
 
 		 402 aa  206  5e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3838  Monosaccharide-transporting ATPase  39.51 
 
 		 402 aa  206  5e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.557863  normal  0.660821 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2341  sugar ABC transporter, permease protein  39.84 
 
 		 399 aa  203  5e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.718143  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1752  inner-membrane translocator  39.71 
 
 		 406 aa  201  1.9999999999999998e-50  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.090223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1057  D-xylose ABC transporter, permease protein  37.63 
 
 		 427 aa  199  6e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.483345  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1152  D-xylose ABC transporter, permease protein  37.6 
 
 		 389 aa  195  1e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4466  inner-membrane translocator  35.42 
 
 		 444 aa  195  1e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2841  inner-membrane translocator  31.96 
 
 		 432 aa  192  8e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1999  xylose transport system permease protein  31.97 
 
 		 435 aa  192  9e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.222102  normal  0.247707 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1179  ABC sugar (xylose) transporter, inner membrane subunit  32.93 
 
 		 432 aa  192  1e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2618  inner-membrane translocator  31.96 
 
 		 432 aa  190  4e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.40748  normal  0.342974 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1635  xylose transmembrane ABC transporter protein  38.67 
 
 		 398 aa  188  2e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.5562  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>