173 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2618 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2618  cytidine deaminase  100 
 
 		 296 aa  608  1e-173  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00439525  hitchhiker  0.00000194898 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2048  cytidine deaminase  89.83 
 
 		 296 aa  523  1e-147  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00991074  normal  0.0337904 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1610  cytidine deaminase  80.34 
 
 		 296 aa  483  1e-135  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000173309 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1694  cytidine deaminase  78.98 
 
 		 296 aa  479  1e-134  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1679  cytidine deaminase  78.98 
 
 		 296 aa  479  1e-134  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1716  cytidine deaminase  78.98 
 
 		 296 aa  479  1e-134  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.483495  normal  0.127463 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2663  cytidine deaminase  78.98 
 
 		 296 aa  479  1e-134  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.188669  hitchhiker  0.00444522 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2573  cytidine deaminase  78.98 
 
 		 296 aa  472  1e-132  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.07896  normal  0.387451 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2411  cytidine deaminase  78.31 
 
 		 296 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0893764  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2791  cytidine deaminase  77.97 
 
 		 296 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2481  cytidine deaminase  77.97 
 
 		 296 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580648  normal  0.218943 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2488  cytidine deaminase  79.05 
 
 		 296 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1568  cytidine deaminase  77.29 
 
 		 296 aa  462  1e-129  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.635046  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1637  cytidine deaminase  70.51 
 
 		 298 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0331465  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2288  cytidine deaminase  75.68 
 
 		 297 aa  449  1e-125  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1974  cytidine deaminase  73.56 
 
 		 296 aa  442  1e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.267602  hitchhiker  0.00286286 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003699  cytidine deaminase  47.18 
 
 		 295 aa  273  3e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02116  cytidine deaminase  47.18 
 
 		 295 aa  272  6e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0852  cytidine deaminase  45.07 
 
 		 295 aa  262  4.999999999999999e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.344916  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1684  cytidine deaminase  46.74 
 
 		 302 aa  253  4.0000000000000004e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.244937  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2462  cytidine deaminase  47.46 
 
 		 294 aa  246  3e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3023  cytidine deaminase  47.46 
 
 		 294 aa  246  3e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.676116  normal  0.0127586 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2561  cytidine deaminase  47.46 
 
 		 294 aa  246  3e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.37511  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1257  cytidine deaminase  45.66 
 
 		 303 aa  238  6.999999999999999e-62  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2373  cytidine deaminase  45.24 
 
 		 294 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2530  cytidine deaminase  44.56 
 
 		 294 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2422  cytidine deaminase  44.9 
 
 		 294 aa  232  4.0000000000000004e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2418  cytidine deaminase  44.9 
 
 		 294 aa  232  6e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1568  cytidine deaminase  44.22 
 
 		 294 aa  231  8.000000000000001e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.831759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2329  cytidine deaminase  44.9 
 
 		 294 aa  231  9e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1495  cytidine deaminase  44.33 
 
 		 296 aa  228  9e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2438  cytidine deaminase  45.24 
 
 		 294 aa  225  7e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2545  cytidine deaminase  47.99 
 
 		 295 aa  224  9e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02072  cytidine deaminase  45.24 
 
 		 294 aa  224  1e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1515  cytidine deaminase  45.24 
 
 		 294 aa  224  1e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0828  cytidine deaminase  45.24 
 
 		 294 aa  224  1e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02031  hypothetical protein  45.24 
 
 		 294 aa  224  1e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2277  cytidine deaminase  45.24 
 
 		 294 aa  224  1e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2290  cytidine deaminase  45.24 
 
 		 294 aa  224  1e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00582387 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1505  cytidine deaminase  44.9 
 
 		 294 aa  222  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2746  cytidine deaminase  44.22 
 
 		 294 aa  222  6e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3275  cytidine deaminase  44.9 
 
 		 294 aa  222  7e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.933628 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2970  cytidine deaminase  46.69 
 
 		 296 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2449  cytidine deaminase  45.05 
 
 		 294 aa  212  4.9999999999999996e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_6240  predicted protein  35.93 
 
 		 243 aa  151  2e-35  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3340  cytidine deaminase  35.66 
 
 		 152 aa  63.5  0.000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.568351 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3376  cytidine deaminase  35.09 
 
 		 132 aa  63.5  0.000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.212028  normal  0.0792246 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1969  cytidine deaminase  29.71 
 
 		 139 aa  62.4  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0331  cytidine deaminase  33.04 
 
 		 131 aa  62  0.00000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_11146  cytidine deaminase, putative (AFU_orthologue; AFUA_8G02770)  31.06 
 
 		 138 aa  60.1  0.00000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.152404  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0045  cytidine deaminase  35.04 
 
 		 127 aa  59.7  0.00000005  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.51644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4587  cytidine deaminase  33.33 
 
 		 135 aa  59.7  0.00000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00127227  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2657  cytidine deaminase  36.28 
 
 		 135 aa  59.3  0.00000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.697109  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1028  cytidine deaminase  34.59 
 
 		 132 aa  59.3  0.00000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0042  cytidine deaminase  36.04 
 
 		 131 aa  58.5  0.0000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.0173738 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_39066  predicted protein  32.26 
 
 		 151 aa  57.8  0.0000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0011  cytidine deaminase  37.61 
 
 		 127 aa  58.2  0.0000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1001  cytidine deaminase  33.59 
 
 		 137 aa  57.8  0.0000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2234  cytidine deaminase  35.51 
 
 		 125 aa  57.4  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.561027  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0636  cytidine deaminase  32.33 
 
 		 139 aa  57  0.0000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00119957 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0511  cytidine deaminase  26.96 
 
 		 139 aa  56.6  0.0000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0763  cytidine deaminase, homotetrameric  32.31 
 
 		 151 aa  56.2  0.0000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.499923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1508  cytidine deaminase  33.08 
 
 		 129 aa  56.2  0.0000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1828  cytidine deaminase  33.33 
 
 		 132 aa  56.2  0.0000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1794  cytidine deaminase  31.82 
 
 		 133 aa  55.8  0.0000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000395488  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1838  cytidine deaminase  32.88 
 
 		 144 aa  55.1  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0827  cytidine deaminase  35.65 
 
 		 140 aa  55.5  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0111434  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1085  cytidine deaminase  34.82 
 
 		 138 aa  55.5  0.000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4276  cytidine deaminase  35.4 
 
 		 139 aa  55.5  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1386  cytidine deaminase  31.3 
 
 		 133 aa  54.7  0.000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.67349  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0145  cytidine deaminase  36.03 
 
 		 145 aa  54.3  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1988  cytidine deaminase  33.61 
 
 		 132 aa  54.3  0.000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4174  cytidine deaminase  32.76 
 
 		 129 aa  54.3  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2761  cytidine deaminase  34.23 
 
 		 135 aa  54.3  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2480  cytidine deaminase  32.82 
 
 		 142 aa  55.1  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.548526  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0407  cytidine deaminase  32.31 
 
 		 135 aa  54.7  0.000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1507  cytidine deaminase  36.04 
 
 		 134 aa  53.9  0.000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.492073  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2273  cytidine deaminase  33.61 
 
 		 132 aa  54.3  0.000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6091  cytidine deaminase  31.25 
 
 		 143 aa  53.5  0.000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.469215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0025  cytidine deaminase  29.6 
 
 		 134 aa  53.5  0.000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00901236 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1978  cytidine deaminase  33.91 
 
 		 131 aa  53.1  0.000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00152916  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0855  cytidine deaminase  33.33 
 
 		 132 aa  53.1  0.000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1835  cytidine deaminase  37.84 
 
 		 137 aa  53.1  0.000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0939  cytidine deaminase  34.15 
 
 		 133 aa  52.8  0.000007  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.743414  normal  0.851216 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0146  cytidine deaminase  31.21 
 
 		 181 aa  52.8  0.000007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1757  cytidine deaminase  33.33 
 
 		 131 aa  52.4  0.000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000261998  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1735  cytidine deaminase  33.33 
 
 		 131 aa  52.4  0.000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000541202  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1706  cytidine deaminase  33.33 
 
 		 131 aa  52.4  0.000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000355072  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1895  cytidine deaminase  33.33 
 
 		 131 aa  52.4  0.000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000738736  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2005  cytidine deaminase  33.33 
 
 		 131 aa  52.4  0.000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000237527  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1930  cytidine deaminase  33.33 
 
 		 131 aa  52.4  0.000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  8.03425e-50 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4381  cytidine deaminase  32.46 
 
 		 132 aa  52.4  0.00001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00104367  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1606  hypothetical protein  33.04 
 
 		 131 aa  52  0.00001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4418  cytidine deaminase  32.46 
 
 		 132 aa  52.4  0.00001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0143762  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4462  cytidine deaminase  31.03 
 
 		 129 aa  52  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.238856  normal  0.450546 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1582  cytidine deaminase  31.93 
 
 		 138 aa  52  0.00001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.993126  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1470  cytidine deaminase  34.21 
 
 		 131 aa  51.6  0.00001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000737931  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1898  cytidine deaminase  33.04 
 
 		 131 aa  52  0.00001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000087188  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3635  cytidine deaminase  31.43 
 
 		 142 aa  52.4  0.00001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.825648 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1755  cytidine deaminase  33.04 
 
 		 131 aa  52  0.00001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000792295  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>