More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1363 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_1363  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  100 
 
 
263 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1496  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  77.95 
 
 
255 aa  431  1e-120  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0824  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  66.92 
 
 
255 aa  359  2e-98  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.394944  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0859  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.74 
 
 
260 aa  349  3e-95  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.74 
 
 
260 aa  348  6e-95  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0882  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.36 
 
 
260 aa  347  1e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0894  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.6 
 
 
260 aa  343  2e-93  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3600  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.77 
 
 
255 aa  343  2e-93  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000312486  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5965  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.22 
 
 
250 aa  306  2.0000000000000002e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.443482  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1384  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.65 
 
 
257 aa  286  2.9999999999999996e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.981738  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6155  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.65 
 
 
257 aa  285  4e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.30491  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6448  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.65 
 
 
257 aa  285  4e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.429705  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2080  hypothetical protein  57.03 
 
 
254 aa  280  1e-74  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07016  oxidoreductase  53.26 
 
 
256 aa  280  1e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2070  hypothetical protein  57.03 
 
 
254 aa  280  2e-74  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3846  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.34 
 
 
254 aa  270  2e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4263  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  50 
 
 
257 aa  251  9.000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6863  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.27 
 
 
261 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.224503  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1982  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.27 
 
 
264 aa  235  7e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.473895  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4431  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.03 
 
 
256 aa  235  7e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.523417  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0908  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.53 
 
 
257 aa  234  8e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.117831  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4894  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.64 
 
 
256 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3269  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.64 
 
 
256 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.210768 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6913  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.64 
 
 
256 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3420  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.64 
 
 
256 aa  232  4.0000000000000004e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0826034  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7850  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.49 
 
 
256 aa  215  4e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0680  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.35 
 
 
255 aa  205  6e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0185948  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4682  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
253 aa  167  2e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.99 
 
 
248 aa  132  3.9999999999999996e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1994  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 
245 aa  131  1.0000000000000001e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1531  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  31.78 
 
 
249 aa  129  3e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.356437 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2503  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase, putative  32.28 
 
 
243 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6829  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
237 aa  129  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.138862 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.9 
 
 
260 aa  129  7.000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0407787  normal  0.415093 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3913  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 
237 aa  128  8.000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.68 
 
 
263 aa  128  9.000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.3 
 
 
258 aa  127  2.0000000000000002e-28  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0079  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
246 aa  126  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.596846  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.65 
 
 
244 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.977766  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.28 
 
 
263 aa  126  4.0000000000000003e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00404736  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
252 aa  125  5e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.22334  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3225  bacilysin biosynthesis oxidoreductase BacC  32.41 
 
 
242 aa  125  9e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2090  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.62 
 
 
237 aa  124  1e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1680  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.12 
 
 
251 aa  124  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447885  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1164  gluconate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 
263 aa  123  4e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0634  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.2 
 
 
253 aa  122  6e-27  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.55 
 
 
262 aa  122  7e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0669  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  36 
 
 
259 aa  121  9.999999999999999e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0399726  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5126  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.55 
 
 
236 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.78 
 
 
245 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0392  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  33.86 
 
 
258 aa  119  3e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 
269 aa  120  3e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.84 
 
 
256 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0396  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  33.86 
 
 
258 aa  119  6e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0118  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  32.8 
 
 
256 aa  118  9.999999999999999e-26  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3288  gluconate 5-dehydrogenase  31.75 
 
 
254 aa  116  3e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.978364  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0222  gluconate 5-dehydrogenase  31.25 
 
 
254 aa  116  3e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4263  gluconate 5-dehydrogenase  32.82 
 
 
263 aa  116  3.9999999999999997e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.06 
 
 
254 aa  116  3.9999999999999997e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.40266  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0819  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.66 
 
 
236 aa  115  5e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1540  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.57 
 
 
267 aa  115  5e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.239754  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2921  dehydrogenase  30.89 
 
 
261 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.932836 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2183  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.67 
 
 
244 aa  115  8.999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.389501 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.81 
 
 
266 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_003296  RS05466  dehydrogenase oxidoreductase protein  31.6 
 
 
255 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.968817  normal  0.104137 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0253  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.81 
 
 
241 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3892  putative oxidoreductase  31.1 
 
 
244 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.300054  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0265  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  30.92 
 
 
248 aa  114  1.0000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.534726  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4605  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.69 
 
 
255 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.350123  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1154  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  30.5 
 
 
253 aa  114  1.0000000000000001e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000294561  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3580  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.41 
 
 
252 aa  114  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.37 
 
 
251 aa  114  2.0000000000000002e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5646  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.89 
 
 
256 aa  113  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000512545 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0991  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  30.5 
 
 
253 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1783  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
247 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0185042  normal  0.0937687 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.01 
 
 
244 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.202963  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6280  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.96 
 
 
262 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.365337 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1573  3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  28.96 
 
 
266 aa  113  3e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.647658  normal  0.48808 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.45 
 
 
274 aa  113  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.446578 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6537  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.9 
 
 
236 aa  113  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.345333 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6105  short-chain dehydrogenase/reductase  33.07 
 
 
265 aa  113  3e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.542291  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.41 
 
 
269 aa  113  4.0000000000000004e-24  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0302  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.57 
 
 
236 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0186456  normal  0.262092 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0638  sorbitol dehydrogenase  31.66 
 
 
261 aa  113  4.0000000000000004e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.122771  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2534  gluconate 5-dehydrogenase  33.83 
 
 
262 aa  112  4.0000000000000004e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8438  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
236 aa  112  5e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2319  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.18 
 
 
259 aa  112  6e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
248 aa  112  7.000000000000001e-24  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.253805  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.89 
 
 
247 aa  112  7.000000000000001e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100219 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.23 
 
 
247 aa  112  7.000000000000001e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3414  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.77 
 
 
247 aa  112  8.000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4348  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.04 
 
 
236 aa  112  9e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.823656 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4572  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.86 
 
 
236 aa  112  9e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.330644  normal  0.646383 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.15 
 
 
265 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.3 
 
 
254 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3482  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.27 
 
 
250 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.5 
 
 
255 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0017919 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.17 
 
 
255 aa  110  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4885  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.03 
 
 
235 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0155643  normal  0.460753 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.83 
 
 
251 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.475602  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>