More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0520 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0520  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 321 aa  649    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0238  LysR family transcriptional regulator  53.27 
 
 		 321 aa  362  4e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0239  LysR family transcriptional regulator  53.27 
 
 		 321 aa  356  2.9999999999999997e-97  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3969  LysR family transcriptional regulator  52.96 
 
 		 321 aa  351  7e-96  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3964  LysR family transcriptional regulator  40.84 
 
 		 322 aa  267  2e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3766  LysR family transcriptional regulator  40.84 
 
 		 322 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0311  LysR family transcriptional regulator  40.81 
 
 		 322 aa  266  4e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3839  LysR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 322 aa  265  1e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4287  LysR family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 322 aa  263  4e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.128947 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0179  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 322 aa  260  2e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0180  transcriptional regulator, LysR family  39.31 
 
 		 322 aa  260  2e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3565  LysR family transcriptional regulator  40.37 
 
 		 326 aa  248  1e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2900  hypothetical protein  34.65 
 
 		 324 aa  211  1e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3154  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 324 aa  199  6e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0617  transcriptional regulator, LysR family protein  33.44 
 
 		 319 aa  188  1e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.468918  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3590  transcriptional regulator-like protein  25.8 
 
 		 316 aa  109  6e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3589  transcriptional regulator-like protein  27.39 
 
 		 318 aa  100  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0237  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 323 aa  97.1  3e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4571  LysR family transcriptional regulator  23.89 
 
 		 319 aa  96.7  5e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3970  LysR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 317 aa  94  3e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3571  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 316 aa  94  3e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3657  LysR family transcriptional regulator  22.33 
 
 		 320 aa  93.6  4e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0288  LysR family transcriptional regulator  22.33 
 
 		 320 aa  93.2  5e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0238  transcriptional regulator-like protein  27.62 
 
 		 332 aa  91.3  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2919  LysR family transcriptional regulator  24.54 
 
 		 321 aa  90.1  4e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2873  transcriptional regulator, LysR family  22.71 
 
 		 324 aa  88.2  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000342278  hitchhiker  0.00000105997 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1510  LysR family transcriptional regulator  22.71 
 
 		 324 aa  87.8  2e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000904227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1479  LysR family transcriptional regulator  22.71 
 
 		 324 aa  87.4  3e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000211446  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1474  LysR family transcriptional regulator  22.71 
 
 		 324 aa  87.4  3e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000979777  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2551  LysR family transcriptional regulator  21.04 
 
 		 320 aa  87  4e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0997  LysR family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 321 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2899  transcriptional regulator-like protein  23.92 
 
 		 327 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3572  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 325 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1381  LysR family transcriptional regulator  23.31 
 
 		 324 aa  80.1  0.00000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2227  LysR family transcriptional regulator  21.17 
 
 		 330 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000157838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0512  transcriptional regulator-like protein  45.95 
 
 		 314 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0243  LysR family transcriptional regulator  22.33 
 
 		 321 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4210  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 335 aa  76.6  0.0000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  24.7 
 
 		 327 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3153  LysR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 334 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2786  LysR family transcriptional regulator  21.36 
 
 		 337 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.989304  hitchhiker  0.00367325 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1661  LysR family transcriptional regulator  21.82 
 
 		 328 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0917  LysR family transcriptional regulator  22.59 
 
 		 321 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0292456  normal  0.707414 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0912  transcriptional regulator, LysR family protein  25.42 
 
 		 318 aa  72  0.00000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000235744  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  23.95 
 
 		 318 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3666  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 326 aa  70.1  0.00000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0496532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3566  LysR family transcriptional regulator  22.73 
 
 		 332 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2612  LysR family transcriptional regulator  22.26 
 
 		 350 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13871  hitchhiker  0.00000334013 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2679  LysR family transcriptional regulator  22.26 
 
 		 350 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.245615  hitchhiker  0.000486304 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1036  transcriptional regulator of LysR family protein  26.72 
 
 		 313 aa  67.4  0.0000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001149  putative LysR-family transcriptional regulator YidZ  25 
 
 		 322 aa  66.6  0.0000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0365295  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 306 aa  65.9  0.0000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4078  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  24.27 
 
 		 319 aa  65.5  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3586  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  22.78 
 
 		 321 aa  65.5  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2094  transcription regulator protein  22.27 
 
 		 316 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4020  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  22.19 
 
 		 321 aa  64.7  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 314 aa  65.1  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2716  LysR family transcriptional regulator  23.96 
 
 		 315 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0882  LysR family transcriptional regulator  23.96 
 
 		 315 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.493693  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3205  LysR family regulatory protein  23.96 
 
 		 315 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1416  LysR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 315 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3150  LysR family transcriptional regulator  23.96 
 
 		 315 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3189  transcriptional regulator  23.96 
 
 		 315 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.576069  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1894  LysR family transcriptional regulator  23.96 
 
 		 315 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.534737  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4256  transcriptional regulator, LysR family  24.27 
 
 		 319 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3874  LysR family transcriptional regulator  23.99 
 
 		 323 aa  64.3  0.000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2032  LysR family transcriptional regulator  24.5 
 
 		 315 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.412764  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  24.3 
 
 		 313 aa  64.3  0.000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  24.3 
 
 		 313 aa  64.3  0.000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03595  predicted DNA-binding transcriptional regulator  24.27 
 
 		 319 aa  63.5  0.000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4220  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  24.27 
 
 		 319 aa  63.5  0.000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4211  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  24.27 
 
 		 319 aa  63.5  0.000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1921  transcriptional regulator, LysR family  23.21 
 
 		 315 aa  63.9  0.000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.84327 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03539  hypothetical protein  24.27 
 
 		 319 aa  63.5  0.000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5142  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  24.27 
 
 		 319 aa  63.9  0.000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.276657 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4283  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  24.27 
 
 		 319 aa  63.5  0.000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  24.3 
 
 		 313 aa  63.5  0.000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3925  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  24.27 
 
 		 319 aa  63.5  0.000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2245  transcriptional regulator, LysR family  21.85 
 
 		 315 aa  63.9  0.000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  24.3 
 
 		 313 aa  63.5  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1347  transcriptional regulator, LysR family  25.26 
 
 		 312 aa  63.2  0.000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05276  transcriptional regulator  24.34 
 
 		 313 aa  62.8  0.000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6400  LysR family transcriptional regulator  23.99 
 
 		 306 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.245407 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 312 aa  63.2  0.000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 313 aa  62.8  0.000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4616  LysR family transcriptional regulator  20.87 
 
 		 299 aa  62  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.194737  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  23.67 
 
 		 308 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2424  LysR family transcriptional regulator  22.03 
 
 		 394 aa  61.6  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.449437  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 320 aa  61.2  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5527  LysR family transcriptional regulator  23.99 
 
 		 306 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2419  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 342 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.349153  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  21.9 
 
 		 321 aa  61.2  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5891  LysR family transcriptional regulator  23.99 
 
 		 306 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.384931  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 323 aa  60.8  0.00000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0796  transcriptional regulator, LysR family  20.91 
 
 		 326 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.473428  normal  0.137552 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4226  LysR family transcriptional regulator  19.92 
 
 		 311 aa  60.5  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0289175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 319 aa  60.8  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  32.94 
 
 		 323 aa  60.8  0.00000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2289  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 311 aa  60.5  0.00000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.317043  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1292  LysR family transcriptional regulator  22.79 
 
 		 309 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>