More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_0311 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_0311  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 322 aa  667    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3839  LysR family transcriptional regulator  87.89 
 
 		 322 aa  601  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4287  LysR family transcriptional regulator  88.82 
 
 		 322 aa  599  1e-170  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.128947 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3964  LysR family transcriptional regulator  88.2 
 
 		 322 aa  600  1e-170  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3766  LysR family transcriptional regulator  88.2 
 
 		 322 aa  599  1e-170  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0180  transcriptional regulator, LysR family  88.2 
 
 		 322 aa  595  1e-169  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0179  LysR family transcriptional regulator  88.51 
 
 		 322 aa  597  1e-169  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0238  LysR family transcriptional regulator  47.13 
 
 		 321 aa  322  4e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3969  LysR family transcriptional regulator  46.18 
 
 		 321 aa  317  2e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0239  LysR family transcriptional regulator  47.77 
 
 		 321 aa  310  2e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0617  transcriptional regulator, LysR family protein  47.88 
 
 		 319 aa  295  8e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.468918  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0520  LysR family transcriptional regulator  40.81 
 
 		 321 aa  266  4e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3565  LysR family transcriptional regulator  38.07 
 
 		 326 aa  238  1e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2900  hypothetical protein  33.44 
 
 		 324 aa  194  1e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3154  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 324 aa  193  4e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4571  LysR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 319 aa  125  1e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2919  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 321 aa  113  5e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1510  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 324 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000904227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1479  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 324 aa  112  9e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000211446  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1474  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 324 aa  112  9e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000979777  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2873  transcriptional regulator, LysR family  27.7 
 
 		 324 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000342278  hitchhiker  0.00000105997 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1661  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 328 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1381  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 324 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0237  LysR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 323 aa  107  4e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2612  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 350 aa  105  7e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13871  hitchhiker  0.00000334013 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3589  transcriptional regulator-like protein  25.72 
 
 		 318 aa  104  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2679  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 350 aa  104  2e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.245615  hitchhiker  0.000486304 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0238  transcriptional regulator-like protein  25.7 
 
 		 332 aa  104  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0512  transcriptional regulator-like protein  26.99 
 
 		 314 aa  102  6e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3970  LysR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 317 aa  103  6e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2786  LysR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 337 aa  102  6e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.989304  hitchhiker  0.00367325 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0997  LysR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 321 aa  102  7e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2227  LysR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 330 aa  102  1e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000157838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0917  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 321 aa  102  1e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0292456  normal  0.707414 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3590  transcriptional regulator-like protein  26.33 
 
 		 316 aa  100  4e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3657  LysR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 320 aa  98.2  1e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0288  LysR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 320 aa  98.6  1e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3566  LysR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 332 aa  98.2  2e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2551  LysR family transcriptional regulator  24.65 
 
 		 320 aa  96.3  7e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4210  LysR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 335 aa  94.7  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3572  LysR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 325 aa  93.2  6e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0243  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 321 aa  91.7  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3571  LysR family transcriptional regulator  24.21 
 
 		 316 aa  87.8  2e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0912  transcriptional regulator, LysR family protein  25.58 
 
 		 318 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000235744  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3153  LysR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 334 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2899  transcriptional regulator-like protein  25.19 
 
 		 327 aa  82.8  0.000000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3981  LysR family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 320 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3874  LysR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 323 aa  79  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3242  LysR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 320 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3428  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 303 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000186024  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  24.91 
 
 		 313 aa  75.9  0.0000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 313 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 313 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 313 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 313 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2618  LysR family transcriptional regulator  23.55 
 
 		 306 aa  73.6  0.000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4525.1  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 243 aa  73.2  0.000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3666  LysR family transcriptional regulator  23.94 
 
 		 326 aa  73.2  0.000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0496532  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 311 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 311 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  25.28 
 
 		 311 aa  69.7  0.00000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0342  LysR family transcriptional regulator  23.6 
 
 		 335 aa  69.7  0.00000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4020  LysR family transcriptional regulator  23.51 
 
 		 324 aa  69.3  0.00000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1164  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.32 
 
 		 317 aa  68.6  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.898654  normal  0.0943675 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 314 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2577  transcriptional regulator, LysR family  23.14 
 
 		 347 aa  66.6  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2987  transcriptional regulator, LysR family  22.75 
 
 		 347 aa  66.6  0.0000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.217571  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2748  transcription regulator protein  22.35 
 
 		 347 aa  65.9  0.0000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2838  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  23.66 
 
 		 328 aa  65.1  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2977  LysR family transcriptional regulator  23.66 
 
 		 333 aa  64.7  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05276  transcriptional regulator  26.17 
 
 		 313 aa  63.5  0.000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 307 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 307 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 307 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 308 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 307 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 307 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 307 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0670  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 306 aa  62.4  0.000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.155019  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  22.1 
 
 		 310 aa  62.4  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0219  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 306 aa  62  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0703  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 306 aa  62  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.497833  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1485  LysR family transcriptional regulator  23.76 
 
 		 314 aa  61.6  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.397513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  26 
 
 		 307 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0307  LysR family transcriptional regulator  19.22 
 
 		 308 aa  60.8  0.00000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.291876  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2094  transcription regulator protein  22.75 
 
 		 316 aa  60.5  0.00000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2041  LysR family transcriptional regulator  23.76 
 
 		 391 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000497451  normal  0.0972832 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1735  LysR family transcriptional regulator  23.88 
 
 		 297 aa  59.7  0.00000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.73522  normal  0.158282 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  24.52 
 
 		 312 aa  59.3  0.00000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0420  LysR family transcriptional regulator  22.48 
 
 		 309 aa  58.5  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 307 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2491  transcriptional regulator, LysR family  24.73 
 
 		 300 aa  58.9  0.0000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.499432  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  23.32 
 
 		 306 aa  58.5  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1118  LysR family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 298 aa  57.8  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 306 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4733  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 310 aa  58.2  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.7616 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1032  LysR family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 333 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.277484 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  22.14 
 
 		 334 aa  57.8  0.0000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0594  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 306 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0354843  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 305 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>