93 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5442 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5442  transcriptional regulator  100 
 
 		 326 aa  651    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.171727 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1479  transcriptional regulator  40.96 
 
 		 330 aa  229  4e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.124132  normal  0.257249 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3644  hypothetical protein  35.83 
 
 		 326 aa  160  3e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.16096  normal  0.19013 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2241  transcriptional regulator-like protein  27.27 
 
 		 350 aa  93.2  6e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.295044  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0351  hypothetical protein  29.21 
 
 		 325 aa  91.7  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1644  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.49 
 
 		 347 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0304784  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0970  transcriptional regulator-like protein  30.32 
 
 		 330 aa  74.3  0.000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2004  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.63 
 
 		 321 aa  71.6  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.532666  normal  0.656208 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2698  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.12 
 
 		 323 aa  71.2  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000125555  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3075  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.07 
 
 		 326 aa  70.9  0.00000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00643592  unclonable  0.0000000271212 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1219  transcriptional regulator  26.85 
 
 		 336 aa  69.7  0.00000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3086  transcriptional regulator, putative  26.05 
 
 		 334 aa  68.6  0.0000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0944  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  26.84 
 
 		 330 aa  68.6  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.001663  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2154  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.98 
 
 		 324 aa  67.8  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4096  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.43 
 
 		 334 aa  66.2  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.353495  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1778  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.12 
 
 		 352 aa  66.2  0.0000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0955  transcriptional regulator  26.12 
 
 		 323 aa  66.2  0.0000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0131189  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1515  hypothetical protein  27.95 
 
 		 349 aa  65.5  0.000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.284607  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15260  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.95 
 
 		 327 aa  65.5  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000190404  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0382  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.17 
 
 		 333 aa  65.1  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.117118  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0956  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.53 
 
 		 327 aa  63.9  0.000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4846  transcriptional regulator protein-like protein  30.08 
 
 		 326 aa  62.8  0.000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.715011 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0608  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.29 
 
 		 322 aa  62.4  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0437  hypothetical protein  27.72 
 
 		 326 aa  62.4  0.00000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2437  hypothetical protein  25.86 
 
 		 323 aa  61.6  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1808  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.1 
 
 		 327 aa  61.6  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.503322  normal  0.375271 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1438  hypothetical protein  23.38 
 
 		 337 aa  61.6  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0652  regulatory protein, DeoR  26.01 
 
 		 332 aa  60.8  0.00000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.545144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4107  hypothetical protein  40.96 
 
 		 254 aa  60.5  0.00000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.408855  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.3 
 
 		 336 aa  60.1  0.00000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1421  hypothetical protein  27.68 
 
 		 324 aa  60.1  0.00000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.182129 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04135  transcriptional regulator  31.03 
 
 		 321 aa  59.7  0.00000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.292788  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3046  transcriptional factor  28.97 
 
 		 349 aa  58.9  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2780  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.06 
 
 		 333 aa  58.9  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00079876  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0841  hypothetical protein  23.42 
 
 		 351 aa  57.8  0.0000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.189594 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1441  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.16 
 
 		 333 aa  57.8  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3146  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.49 
 
 		 351 aa  58.2  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0473  transcriptional regulator, putative  27.19 
 
 		 334 aa  57.4  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1009  regulatory protein, DeoR  27.92 
 
 		 351 aa  57.4  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.393522  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0552  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.43 
 
 		 347 aa  56.6  0.0000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  21.97 
 
 		 312 aa  56.6  0.0000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3508  hypothetical protein  27.78 
 
 		 322 aa  55.8  0.0000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.380586 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3403  transcriptional regulator-like protein  25 
 
 		 323 aa  55.5  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0101274  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  25.83 
 
 		 316 aa  55.1  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1233  transcriptional regulator-like  27.56 
 
 		 326 aa  54.3  0.000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.349316 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3763  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.9 
 
 		 323 aa  53.9  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1187  regulatory protein, DeoR  25.8 
 
 		 342 aa  52.8  0.000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00660104 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3527  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.31 
 
 		 323 aa  52.8  0.000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.315913  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3896  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.76 
 
 		 321 aa  52.8  0.000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4546  DeoR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 314 aa  52.8  0.000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal  0.117628 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7257  helix-turn-helix type 11 domain protein  32.24 
 
 		 326 aa  51.2  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.143006 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1294  regulatory protein, DeoR  30.67 
 
 		 336 aa  51.6  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2296  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.27 
 
 		 322 aa  51.6  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000342768  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.18 
 
 		 316 aa  50.4  0.00004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 360 aa  50.4  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2797  putative transcriptional regulator  27.68 
 
 		 339 aa  50.1  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0063  hypothetical protein  28 
 
 		 339 aa  50.1  0.00005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000516278  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  27.54 
 
 		 313 aa  50.1  0.00006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0573  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.93 
 
 		 317 aa  49.7  0.00007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000975752  normal  0.773563 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0335  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.63 
 
 		 321 aa  49.3  0.00009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.377994  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1751  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.75 
 
 		 325 aa  49.3  0.00009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.33135  normal  0.990555 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3486  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.03 
 
 		 314 aa  48.9  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4456  transcriptional regulator,-like protein  28.26 
 
 		 335 aa  48.9  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.427678  normal  0.167477 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1300  transcriptional regulator  26.25 
 
 		 323 aa  48.9  0.0001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.909513  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5075  regulatory protein, DeoR  24.65 
 
 		 331 aa  48.5  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1489  metal dependent phosphohydrolase  27.97 
 
 		 1078 aa  48.5  0.0002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0565561 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4738  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  43.84 
 
 		 313 aa  47.8  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.6 
 
 		 337 aa  47.4  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2823  putative transcriptional regulator  25.97 
 
 		 334 aa  47.4  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  27.95 
 
 		 313 aa  47.8  0.0003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  27.95 
 
 		 313 aa  47.8  0.0003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3051  transcriptional factor  25.71 
 
 		 336 aa  47.4  0.0004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.430784  normal  0.0169917 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1799  helix-turn-helix, type 11  29.63 
 
 		 229 aa  47  0.0005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.000591723  normal  0.0198726 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1255  transcriptional regulator  26.44 
 
 		 322 aa  47  0.0005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  27.65 
 
 		 313 aa  46.6  0.0006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  27.35 
 
 		 323 aa  45.8  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  26.93 
 
 		 318 aa  45.1  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5791  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.28 
 
 		 339 aa  44.7  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.85 
 
 		 313 aa  44.7  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.440872  normal  0.310405 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0588  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.98 
 
 		 237 aa  44.7  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2250  putative transcriptional regulator protein  29.35 
 
 		 321 aa  44.7  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4172  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.2 
 
 		 317 aa  45.1  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.917159  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0674  transcriptional regulator, putative  23.59 
 
 		 290 aa  44.7  0.002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001847  hypothetical protein  32.19 
 
 		 328 aa  44.3  0.003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.92 
 
 		 328 aa  43.9  0.004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0913  hypothetical protein  20.5 
 
 		 317 aa  43.9  0.004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0351983  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17920  predicted transcriptional regulator  32.4 
 
 		 238 aa  43.9  0.004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.384504 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0952  transcriptional regulator protein-like protein  25.95 
 
 		 304 aa  43.1  0.006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.4 
 
 		 319 aa  42.7  0.007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3412  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.73 
 
 		 324 aa  43.1  0.007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.17 
 
 		 324 aa  42.7  0.008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4872  hypothetical protein  29.94 
 
 		 401 aa  42.7  0.009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.136813 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1223  hypothetical protein  25.86 
 
 		 322 aa  42.4  0.01  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>