184 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_4872 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_4872  hypothetical protein  100 
 
 		 401 aa  781    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.136813 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2610  transcriptional regulator-like  64.17 
 
 		 361 aa  428  1e-119  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.0000080301  normal  0.16283 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5862  transcriptional regulator protein-like protein  45.82 
 
 		 318 aa  254  2.0000000000000002e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.167693  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2249  putative transcriptional regulator protein  46.67 
 
 		 327 aa  254  2.0000000000000002e-66  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1826  transcriptional regulator protein-like protein  49.13 
 
 		 313 aa  250  4e-65  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2316  DeoR family transcriptional regulator  44.99 
 
 		 331 aa  237  2e-61  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000471902  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2367  hypothetical protein  45.82 
 
 		 330 aa  236  5.0000000000000005e-61  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0169669 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2249  hypothetical protein  46.84 
 
 		 330 aa  231  1e-59  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.00588148  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21980  predicted transcriptional regulator  47.46 
 
 		 327 aa  231  2e-59  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.143715  normal  0.382871 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1200  transcriptional regulator-like  45.14 
 
 		 315 aa  230  3e-59  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.386828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1879  transcriptional regulator-like  44.81 
 
 		 352 aa  229  5e-59  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2686  hypothetical protein  44.86 
 
 		 327 aa  224  2e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1501  transcriptional regulator  41.84 
 
 		 683 aa  219  7.999999999999999e-56  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.634725  decreased coverage  0.0000677289 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2434  hypothetical protein  40.76 
 
 		 361 aa  218  1e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4456  transcriptional regulator,-like protein  42.23 
 
 		 335 aa  218  2e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.427678  normal  0.167477 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12131  hypothetical protein  41.5 
 
 		 332 aa  214  2.9999999999999995e-54  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000529286  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18560  predicted transcriptional regulator  41.35 
 
 		 361 aa  207  3e-52  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  hitchhiker  0.0049611  normal  0.0116825 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2650  transcriptional regulator-like  42.31 
 
 		 323 aa  206  8e-52  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.535773  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2472  hypothetical protein  41.38 
 
 		 326 aa  205  1e-51  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2517  hypothetical protein  41.38 
 
 		 326 aa  205  1e-51  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2509  hypothetical protein  41.38 
 
 		 326 aa  205  1e-51  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.308334  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3444  hypothetical protein  40.35 
 
 		 335 aa  201  1.9999999999999998e-50  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1783  transcriptional regulator protein-like protein  41.76 
 
 		 337 aa  200  3.9999999999999996e-50  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  unclonable  0.000000000261192  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2959  transcriptional regulator protein-like protein  39.94 
 
 		 364 aa  197  3e-49  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000346913  hitchhiker  0.00472926 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3091  hypothetical protein  40.56 
 
 		 359 aa  194  2e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.727496  normal  0.464527 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2466  transcriptional regulator protein-like protein  39 
 
 		 331 aa  187  3e-46  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0245457  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1771  transcriptional regulator  43.75 
 
 		 675 aa  181  2e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.193993  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13990  predicted transcriptional regulator  40.12 
 
 		 348 aa  174  2.9999999999999996e-42  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0412748  normal  0.158003 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1866  transcriptional regulator protein-like protein  38.9 
 
 		 354 aa  169  5e-41  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00621522  normal  0.291628 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2167  hypothetical protein  37.94 
 
 		 325 aa  167  2.9999999999999998e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.175858  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1924  transcriptional regulator-like protein  37.64 
 
 		 663 aa  155  1e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000155311 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2057  transcriptional regulator-like protein  35.5 
 
 		 320 aa  154  2e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.090135  normal  0.188447 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1287  putative transcriptional regulator protein  33.82 
 
 		 334 aa  146  6e-34  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.271739  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2181  transcriptional regulator-like protein  37.58 
 
 		 663 aa  145  1e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.117971  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16040  predicted transcriptional regulator  34.41 
 
 		 664 aa  85.5  0.000000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11950  predicted transcriptional regulator  34 
 
 		 699 aa  73.6  0.000000000006  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.308253  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4015  transcriptional regulator protein-like protein  30.28 
 
 		 512 aa  72  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0094  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.34 
 
 		 325 aa  70.1  0.00000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.59 
 
 		 336 aa  68.9  0.0000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5785  transcriptional regulator protein-like protein  26.18 
 
 		 687 aa  68.9  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.611435 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0623  DeoR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 335 aa  66.2  0.0000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0063  hypothetical protein  25 
 
 		 339 aa  66.2  0.000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000516278  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2241  transcriptional regulator-like protein  25.4 
 
 		 350 aa  65.5  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.295044  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  25.4 
 
 		 313 aa  63.9  0.000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0607  putative DeoR-family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 334 aa  63.5  0.000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0615  putative DeoR-family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 334 aa  63.2  0.000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  25.08 
 
 		 313 aa  63.5  0.000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.48 
 
 		 321 aa  63.2  0.000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1808  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.84 
 
 		 327 aa  63.2  0.000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.503322  normal  0.375271 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5753  putative DeoR-family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 369 aa  61.6  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  24.18 
 
 		 313 aa  61.2  0.00000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.48 
 
 		 321 aa  60.5  0.00000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  24.68 
 
 		 313 aa  60.5  0.00000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0580  DeoR family transcriptional regulator  38.66 
 
 		 334 aa  60.1  0.00000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1644  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.74 
 
 		 347 aa  60.1  0.00000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0304784  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1446  putative transcriptional regulator  29.26 
 
 		 332 aa  59.3  0.0000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00684408  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.28 
 
 		 316 aa  59.3  0.0000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0608  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.04 
 
 		 322 aa  57  0.0000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 318 aa  57.4  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.05 
 
 		 324 aa  57  0.0000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3925  transcriptional regulator-like  25.89 
 
 		 345 aa  55.8  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.836948  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0463  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.03 
 
 		 334 aa  55.8  0.000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.104964  normal  0.0170301 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.27 
 
 		 324 aa  56.2  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7049  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.91 
 
 		 233 aa  56.2  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.135487  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.85 
 
 		 316 aa  55.8  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5244  DeoR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 337 aa  56.2  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.288323 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 318 aa  56.2  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  28.75 
 
 		 237 aa  55.1  0.000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1347  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.11 
 
 		 339 aa  55.1  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.469049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2698  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.19 
 
 		 323 aa  55.5  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000125555  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4065  transcriptional regulator protein-like protein  25.35 
 
 		 511 aa  55.5  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0970  transcriptional regulator-like protein  23.47 
 
 		 330 aa  55.5  0.000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  28.61 
 
 		 318 aa  54.3  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.15 
 
 		 327 aa  53.9  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0343  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.51 
 
 		 339 aa  54.3  0.000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0991  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.73 
 
 		 302 aa  53.9  0.000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.65 
 
 		 232 aa  53.9  0.000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 360 aa  53.9  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4033  transcriptional regulator protein-like protein  27.59 
 
 		 511 aa  53.9  0.000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.559835  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3086  transcriptional regulator, putative  30.3 
 
 		 334 aa  53.1  0.000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.65 
 
 		 232 aa  53.5  0.000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3553  helix-turn-helix, type 11  27.69 
 
 		 238 aa  52.4  0.00001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 322 aa  52.4  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0554838 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4377  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.45 
 
 		 320 aa  52.8  0.00001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000417511 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  21.31 
 
 		 312 aa  52.4  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2437  hypothetical protein  24.19 
 
 		 323 aa  52.8  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2673  hypothetical protein  21.13 
 
 		 320 aa  51.6  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000327581 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3135  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.64 
 
 		 329 aa  52  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.224168  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  23.33 
 
 		 231 aa  51.6  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0596  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.86 
 
 		 228 aa  52.4  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.98 
 
 		 332 aa  52  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0621  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.86 
 
 		 228 aa  52.4  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.296179  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2474  hypothetical protein  19.5 
 
 		 320 aa  51.2  0.00003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0188594  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3791  transcriptional regulator-like  29.38 
 
 		 228 aa  51.6  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.55139  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2656  hypothetical protein  19.5 
 
 		 320 aa  51.2  0.00003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.53 
 
 		 317 aa  51.6  0.00003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1067  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.98 
 
 		 320 aa  51.2  0.00003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  23.03 
 
 		 319 aa  51.2  0.00003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4738  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.65 
 
 		 313 aa  51.2  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0221  helix-turn-helix, type 11  28.91 
 
 		 228 aa  50.8  0.00004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>