More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2427 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2427  cytochrome c oxidase subunit III  100 
 
 
232 aa  453  1e-127  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.278961  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2266  cytochrome c oxidase subunit III  59.07 
 
 
237 aa  267  1e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.216047  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2592  cytochrome c oxidase subunit III  60.34 
 
 
237 aa  245  4e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.329702  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2476  cytochrome c oxidase, subunit III  52.54 
 
 
235 aa  229  3e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.314801  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2343  cytochrome c oxidase subunit III  46.24 
 
 
202 aa  148  8e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2360  cytochrome c oxidase subunit III  44.16 
 
 
233 aa  144  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3896  cytochrome c oxidase  38.2 
 
 
267 aa  143  3e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5128  cytochrome oxidase subunit III oxidase polypeptide I  51.6 
 
 
209 aa  137  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7360  Heme/copper-type cytochrome/quinol oxidase subunit 3-like  47.77 
 
 
203 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.610074 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3797  cytochrome c oxidase subunit III  44.51 
 
 
202 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4874  cytochrome c oxidase subunit III  44.51 
 
 
202 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.108668 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3634  cytochrome c oxidase subunit III  47.87 
 
 
215 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.040361  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5938  heme/copper-type cytochrome/quinol oxidase subunit 3-like protein  48.41 
 
 
203 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3957  cytochrome c oxidase subunit III  45.83 
 
 
222 aa  126  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.179765 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0728  cytochrome c oxidase subunit III  46.45 
 
 
202 aa  125  7e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6211  heme/copper-type cytochrome/quinol oxidase subunit 3-like protein  47.77 
 
 
203 aa  125  7e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1566  cytochrome-C oxidase oxidoreductase protein  45.22 
 
 
202 aa  119  3e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3467  cytochrome c oxidase subunit III  31.91 
 
 
195 aa  118  7.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0634849 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0252  cytochrome c oxidase subunit III  45.4 
 
 
222 aa  112  4.0000000000000004e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00632373 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2203  cytochrome c oxidase, subunit III  34.48 
 
 
180 aa  108  9.000000000000001e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000157592  normal  0.966564 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5674  cytochrome c oxidase subunit III  29.51 
 
 
196 aa  104  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.842654 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0439  cytochrome c oxidase subunit III  36.51 
 
 
229 aa  99.8  3e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0988011 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4943  cytochrome c oxidase, subunit III  30.53 
 
 
202 aa  90.9  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3993  cytochrome c oxidase subunit III  30.43 
 
 
187 aa  82  0.000000000000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.115102  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0520  cytochrome c oxidase subunit III  27.65 
 
 
187 aa  81.3  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0779441  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1900  Cytochrome-c oxidase  32.04 
 
 
208 aa  79.7  0.00000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.910491  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2023  Heme/copper-type cytochrome/quinol oxidase subunit 3-like  37.8 
 
 
254 aa  78.6  0.00000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2604  cytochrome c oxidase subunit III  32.98 
 
 
195 aa  75.5  0.0000000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.204507 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1777  cytochrome c oxidase, subunit III  30.85 
 
 
211 aa  72.8  0.000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.723591  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4112  cytochrome c oxidase, subunit III  28.71 
 
 
203 aa  72  0.000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.771178  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0263  cytochrome c oxidase subunit I  31.25 
 
 
827 aa  71.6  0.000000000009  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0374509  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0530  cytochrome c oxidase subunit III  32.64 
 
 
207 aa  71.6  0.00000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2248  cytochrome c oxidase subunit I  30.68 
 
 
825 aa  70.9  0.00000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2692  Cytochrome-c oxidase  32.14 
 
 
181 aa  70.1  0.00000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.48074  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0782  cytochrome c oxidase, subunit III:cytochrome c oxidase, subunit I  30.36 
 
 
974 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0770  cytochrome c oxidase, subunit I/subunit III  30.36 
 
 
962 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0306921  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0786  cytochrome c oxidase subunit I  32.62 
 
 
832 aa  70.1  0.00000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0454101  normal  0.689784 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0944  cytochrome C oxidase subunit I  30.36 
 
 
950 aa  68.9  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.358792  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3295  cytochrome c oxidase, subunit III  29.47 
 
 
199 aa  68.9  0.00000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.496142  normal  0.166605 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3556  cytochrome c oxidase subunit III  33.87 
 
 
203 aa  68.9  0.00000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.14687 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3527  cytochrome c oxidase subunit III  28.99 
 
 
199 aa  68.6  0.00000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000550439 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3063  Cytochrome-c oxidase  37.75 
 
 
217 aa  68.6  0.00000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00458737  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1775  cytochrome c oxidase, subunit III  30.86 
 
 
201 aa  67.8  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.556435  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3658  cytochrome c oxidase subunit III  26.7 
 
 
200 aa  67.8  0.0000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1958  cytochrome c oxidase subunit III  30.95 
 
 
298 aa  68.2  0.0000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.631978  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1213  cytochrome c oxidase subunit III  36.57 
 
 
208 aa  68.2  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.84888  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2265  cytochrome c oxidase, subunit III  33.87 
 
 
202 aa  68.2  0.0000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0276  cytochrome c oxidase, subunit III  27.75 
 
 
204 aa  67.8  0.0000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.18856  normal  0.0430335 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16180  heme/copper-type cytochrome/quinol oxidase, subunit 3  32.64 
 
 
217 aa  68.2  0.0000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.107626  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04981  cytochrome c oxidase, subunit III  30.86 
 
 
201 aa  67.8  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.174019 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14190  heme/copper-type cytochrome/quinol oxidase, subunit 3  29.38 
 
 
244 aa  67  0.0000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.124552  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6884  cytochrome c oxidase subunit III  30.23 
 
 
215 aa  67.4  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2677  Cytochrome-c oxidase  34.59 
 
 
205 aa  67  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.697367 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1809  cytochrome c oxidase subunit III  34.92 
 
 
212 aa  67.4  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0920236 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4300  cytochrome c oxidase subunit III  28.65 
 
 
204 aa  66.6  0.0000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000000246716  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3575  cytochrome c oxidase  29.88 
 
 
206 aa  66.6  0.0000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2342  cytochrome c oxidase subunit III  34.62 
 
 
225 aa  66.6  0.0000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1373  cytochrome c oxidase subunit III  33.33 
 
 
204 aa  66.6  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.907318  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5815  cytochrome c oxidase subunit III  31.13 
 
 
225 aa  66.6  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.186525  hitchhiker  0.0033512 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2075  Cytochrome-c oxidase  31.79 
 
 
215 aa  66.6  0.0000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3248  Cytochrome-c oxidase  30.81 
 
 
206 aa  66.2  0.0000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00270842  hitchhiker  0.0000224641 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1296  cytochrome-c oxidase  38.06 
 
 
205 aa  66.2  0.0000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.805813 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0298  cytochrome c oxidase, subunit III  30.81 
 
 
196 aa  65.5  0.0000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000397561 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15710  heme/copper-type cytochrome/quinol oxidase, subunit 3  29.9 
 
 
213 aa  65.5  0.0000000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.674032  normal 
 
 
-
 
NC_014250  Aazo_5355  cytochrome c oxidase  33.33 
 
 
229 aa  65.1  0.0000000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3864  cytochrome c oxidase, subunit III  26.92 
 
 
198 aa  65.1  0.0000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  decreased coverage  0.00290565  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3791  cytochrome c oxidase, subunit III  26.92 
 
 
198 aa  65.1  0.0000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0359951  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4120  Cytochrome-c oxidase  33.58 
 
 
200 aa  65.1  0.0000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.929846  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3105  cytochrome c oxidase subunit I  28.25 
 
 
819 aa  64.7  0.000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3108  Heme/copper-type cytochrome/quinol oxidase subunit 3-like  33.8 
 
 
239 aa  64.3  0.000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.175944  normal  0.345074 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3141  cytochrome c oxidase subunit III  29.23 
 
 
201 aa  64.7  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.785996 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1446  cytochrome c oxidase subunit III  34.04 
 
 
213 aa  64.7  0.000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.190204  normal  0.245723 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06401  cytochrome c oxidase, subunit III  29.74 
 
 
207 aa  64.7  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0898782 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0305  cytochrome c oxidase subunit III  30.81 
 
 
283 aa  64.7  0.000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.418473  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1677  cytochrome c oxidase subunit III  34.64 
 
 
206 aa  64.3  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.881512  normal  0.222894 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3007  cytochrome c oxidase, subunit III  31.16 
 
 
291 aa  63.9  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.719434  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2008  cytochrome c oxidase subunit III  30.54 
 
 
218 aa  64.3  0.000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.481722  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3302  cytochrome c oxidase, subunit III  32.8 
 
 
203 aa  63.9  0.000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.639722  normal  0.219398 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3291  cytochrome c oxidase, subunit III  32.8 
 
 
180 aa  64.3  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.482439  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3353  cytochrome c oxidase, subunit III  32.8 
 
 
203 aa  63.9  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.176455  normal  0.0560155 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3575  cytochrome c oxidase subunit III  30.22 
 
 
222 aa  63.5  0.000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.515089  normal  0.0102703 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0676  cytochrome c oxidase, subunit III  31.62 
 
 
274 aa  63.2  0.000000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2809  cytochrome c oxidase, subunit III  33.87 
 
 
197 aa  63.5  0.000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5384  cytochrome c oxidase, subunit III  32 
 
 
197 aa  63.2  0.000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0448  cytochrome c oxidase subunit III  33.86 
 
 
197 aa  63.2  0.000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0588906 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12221  cytochrome C oxidase subunit III ctaE  32 
 
 
203 aa  62.8  0.000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5349  cytochrome c oxidase, subunit III  32.26 
 
 
197 aa  62.4  0.000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3712  cytochrome c oxidase, subunit III  32.26 
 
 
197 aa  62.4  0.000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.386532  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05061  cytochrome c oxidase, subunit III  31.79 
 
 
200 aa  62.4  0.000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.581628  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3956  cytochrome c oxidase subunit III  33.07 
 
 
210 aa  62.4  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5662  cytochrome c oxidase, subunit III  32.26 
 
 
197 aa  62.4  0.000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3534  cytochrome c oxidase, subunit III  32.31 
 
 
201 aa  62  0.000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2070  cytochrome c oxidase subunit III  26.84 
 
 
204 aa  62.4  0.000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.515134 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12651  cytochrome c oxidase subunit III  26.92 
 
 
198 aa  62  0.000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0519  cytochrome c oxidase subunit III  30 
 
 
224 aa  62  0.000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0892634  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01170  hypothetical protein  27.62 
 
 
192 aa  62  0.000000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0296  cytochrome c oxidase, subunit III  31.62 
 
 
286 aa  61.6  0.000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.652839 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0586  Cytochrome-c oxidase  30.88 
 
 
205 aa  61.2  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1756  cytochrome c oxidase subunit III  31.68 
 
 
209 aa  61.2  0.00000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0606  cytochrome c oxidase subunit III  30.69 
 
 
201 aa  61.6  0.00000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.184913  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>