More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0823 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0823  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  617  1e-176  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0776  transcriptional regulator, LysR family protein  69.13 
 
 		 299 aa  427  1e-118  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0606  LysR family transcriptional regulator  67.12 
 
 		 300 aa  421  1e-117  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3512  transcriptional regulator  66.78 
 
 		 300 aa  422  1e-117  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3630  transcriptional regulator, LysR family  66.78 
 
 		 300 aa  420  1e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3812  LysR family transcriptional regulator  67.12 
 
 		 300 aa  421  1e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3222  LysR family transcriptional regulator  65.67 
 
 		 302 aa  418  1e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0611  LysR family transcriptional regulator  66 
 
 		 300 aa  419  1e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3688  LysR family transcriptional regulator  66.78 
 
 		 300 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3342  LysR family transcriptional regulator  65 
 
 		 300 aa  414  1e-114  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2893  LysR, substrate-binding  64.75 
 
 		 298 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3303  LysR family transcriptional regulator  57.63 
 
 		 298 aa  372  1e-102  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0186  LysR family transcriptional regulator  58.5 
 
 		 307 aa  357  9.999999999999999e-98  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  42.91 
 
 		 309 aa  224  9e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 301 aa  223  2e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1031  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 302 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1391  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 302 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4422  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 302 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.481788 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 320 aa  217  2e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4333  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 302 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.207282 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3627  transcriptional regulator, LysR family  38.78 
 
 		 305 aa  214  9.999999999999999e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3488  transcriptional regulator, LysR family  38.78 
 
 		 302 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2447  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 294 aa  210  2e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.707294  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 299 aa  208  8e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 299 aa  208  8e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 299 aa  208  8e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 299 aa  208  1e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 299 aa  207  1e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 299 aa  208  1e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 299 aa  208  1e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00680  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 306 aa  208  1e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 299 aa  208  1e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1852  transcriptional regulator, LysR family  38.91 
 
 		 296 aa  207  2e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.387981  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.76 
 
 		 317 aa  205  9e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.929586 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3839  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 302 aa  204  2e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0056  putative transcriptional regulator  40.14 
 
 		 306 aa  204  2e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0969  LysR family substrate binding transcriptional regulator  38.41 
 
 		 302 aa  202  4e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3252  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  38.41 
 
 		 302 aa  202  4e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000563268 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1021  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 302 aa  203  4e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2349  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 302 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3473  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 307 aa  192  4e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  37.04 
 
 		 335 aa  192  7e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1264  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  34.48 
 
 		 335 aa  191  1e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1091  LysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 307 aa  191  1e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000935  LysR-family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 295 aa  191  2e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0375861  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 309 aa  191  2e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1157  LysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 307 aa  191  2e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.24522 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1091  LysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 307 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.93926 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  33.99 
 
 		 307 aa  188  8e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 298 aa  186  4e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2042  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 297 aa  186  4e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.579809 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  39.25 
 
 		 303 aa  185  8e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 299 aa  183  3e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4929  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 301 aa  183  3e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00665073  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4777  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 299 aa  182  5.0000000000000004e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1807  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.625247  normal  0.540771 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  33.44 
 
 		 302 aa  182  5.0000000000000004e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  34.67 
 
 		 309 aa  182  8.000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  34.86 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5365  transcriptional regulator, LysR family  37.58 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.853701  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3163  LysR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 314 aa  180  2e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 289 aa  181  2e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1323  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 300 aa  181  2e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 297 aa  180  2e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4186  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 331 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.814528 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 296 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1207  transcriptional regulator, LysR family  34.09 
 
 		 314 aa  179  4e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3164  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 314 aa  179  4e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1387  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 300 aa  179  4.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0754648  normal  0.547143 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3307  LysR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 314 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0110166 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  33.69 
 
 		 289 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  36.9 
 
 		 293 aa  179  7e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 298 aa  179  7e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 298 aa  178  8e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 313 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  38.18 
 
 		 301 aa  178  1e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 289 aa  178  1e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 294 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 295 aa  177  2e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  34.24 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  35.03 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 308 aa  177  2e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 295 aa  177  2e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2782  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 320 aa  176  3e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0196765  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3932  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 298 aa  176  3e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 298 aa  177  3e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  176  4e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  33.9 
 
 		 300 aa  176  4e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 305 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  32.98 
 
 		 289 aa  176  4e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 305 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 305 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1129  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 298 aa  176  4e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 306 aa  176  5e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 298 aa  176  6e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3160  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 316 aa  175  9e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>