More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1560 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1560  secretion protein HlyD family protein  100 
 
 		 341 aa  689    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1611  secretion protein HlyD  67.38 
 
 		 341 aa  408  1e-113  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.306933  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9216  HlyD family secretion protein  49.22 
 
 		 356 aa  283  4.0000000000000003e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0017  secretion protein HlyD family protein  46.65 
 
 		 332 aa  253  3e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1823  secretion protein HlyD family protein  42.29 
 
 		 355 aa  253  4.0000000000000004e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3881  HlyD family secretion protein  44.16 
 
 		 346 aa  249  6e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.266197  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0211  secretion protein HlyD family protein  46.33 
 
 		 331 aa  243  1.9999999999999999e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69090  hypothetical protein  43.49 
 
 		 357 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0628  secretion protein HlyD family protein  44.09 
 
 		 352 aa  242  5e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4832  auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  39.89 
 
 		 355 aa  243  5e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5975  hypothetical protein  43.2 
 
 		 382 aa  242  7e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16790  Secretion protein, HlyD family  41.74 
 
 		 358 aa  241  2e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.424622  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3420  secretion protein HlyD family protein  41.67 
 
 		 357 aa  240  2.9999999999999997e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0317  secretion protein HlyD family protein  41.54 
 
 		 354 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03337  predicted HlyD family secretion protein  39.94 
 
 		 355 aa  239  5.999999999999999e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03289  hypothetical protein  39.94 
 
 		 355 aa  239  5.999999999999999e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0228  secretion protein HlyD family protein  39.94 
 
 		 355 aa  239  5.999999999999999e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3776  MFP family transporter  39.94 
 
 		 355 aa  239  5.999999999999999e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1744  secretion protein HlyD family protein  43.61 
 
 		 350 aa  239  5.999999999999999e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00348418 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0227  secretion protein HlyD family protein  39.94 
 
 		 355 aa  239  6.999999999999999e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3686  MFP family transporter  39.94 
 
 		 355 aa  238  9e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2951  secretion protein HlyD family protein  42.9 
 
 		 365 aa  237  2e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3960  secretion protein HlyD family protein  40.34 
 
 		 355 aa  236  4e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1351  HlyD family secretion protein  42.54 
 
 		 355 aa  235  7e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4916  secretion protein HlyD family protein  42.3 
 
 		 356 aa  235  1.0000000000000001e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3835  auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  42.02 
 
 		 355 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3779  auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  40.62 
 
 		 355 aa  233  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.133901  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3856  auxiliary transport protein membrane fusion protein (MFP) family  40.62 
 
 		 355 aa  233  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.167089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3899  secretion protein HlyD family protein  40.62 
 
 		 355 aa  233  4.0000000000000004e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.879775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3789  auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  40.34 
 
 		 355 aa  232  6e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0809  secretion protein HlyD family protein  40.71 
 
 		 351 aa  232  6e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2687  HlyD family secretion protein  43.2 
 
 		 357 aa  231  2e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0986  secretion protein HlyD  42.72 
 
 		 328 aa  231  2e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1309  HlyD family secretion protein  42.25 
 
 		 391 aa  230  2e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0171  secretion protein HlyD  44.82 
 
 		 356 aa  230  3e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7850  HlyD family secretion protein  44.58 
 
 		 334 aa  230  3e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0800045  normal  0.246605 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0748  secretion protein HlyD family protein  46.25 
 
 		 343 aa  227  2e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0153902  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1949  secretion protein HlyD family protein  40.23 
 
 		 356 aa  226  4e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.262528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0439  Type I antifreeze protein:HlyD family secretion protein  43.86 
 
 		 357 aa  225  8e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1038  Type I antifreeze protein:HlyD family secretion protein  43.57 
 
 		 357 aa  224  2e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2775  type I antifreeze protein:HlyD family secretion protein  43.57 
 
 		 357 aa  224  2e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2632  putative efflux transporter, MFP subunit  43.57 
 
 		 357 aa  224  2e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0535  secretion protein HlyD family protein  42.95 
 
 		 339 aa  222  6e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.482241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1503  secretion protein HlyD family protein  40.71 
 
 		 357 aa  222  7e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.996003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0169  secretion protein HlyD  39.27 
 
 		 356 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1685  secretion protein HlyD  42.22 
 
 		 355 aa  221  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00216281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3445  secretion protein HlyD family protein  40 
 
 		 359 aa  219  5e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.858033 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4846  secretion protein HlyD family protein  43.18 
 
 		 332 aa  219  5e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.173931 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4665  secretion protein HlyD  42.99 
 
 		 356 aa  218  1e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.157794 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0499  secretion protein HlyD family protein  39.17 
 
 		 343 aa  217  2e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.841099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0760  secretion protein HlyD family protein  42.43 
 
 		 363 aa  218  2e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.92181  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0564  secretion protein HlyD family protein  39.17 
 
 		 343 aa  217  2e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2179  secretion protein HlyD family protein  39.33 
 
 		 467 aa  215  8e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6207  secretion protein HlyD family protein  39.06 
 
 		 357 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.19774 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00129  probable membrane fusion protein (HlyD family of secretion proteins) linked to ABC efflux pumps  42.2 
 
 		 350 aa  214  9.999999999999999e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000116655  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5441  secretion protein HlyD  40.56 
 
 		 321 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649906 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3791  secretion protein HlyD family protein  42.95 
 
 		 348 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.884849 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0554  HlyD family secretion protein  40.67 
 
 		 321 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2339  secretion protein HylD  40.36 
 
 		 357 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.581598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1433  secretion protein HlyD  38.57 
 
 		 358 aa  212  7.999999999999999e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3578  secretion protein HlyD  41.99 
 
 		 358 aa  211  1e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.551051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5882  secretion protein HlyD family protein  37.29 
 
 		 357 aa  207  3e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3661  HlyD family secretion protein  40.6 
 
 		 389 aa  202  5e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.650458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0168  secretion protein HlyD  38.35 
 
 		 356 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000188471 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1498  secretion protein HlyD family protein  41.72 
 
 		 356 aa  190  2.9999999999999997e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2360  secretion protein HlyD family protein  41.72 
 
 		 356 aa  190  2.9999999999999997e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.451322  normal  0.672281 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4685  secretion protein HlyD family protein  38.87 
 
 		 429 aa  190  4e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.189935 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3160  HlyD family membrane fusion protein  39.73 
 
 		 331 aa  189  5e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3897  secretion protein HlyD family protein  39.39 
 
 		 331 aa  188  1e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.405047  normal  0.316887 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0082  secretion protein HlyD family protein  38.44 
 
 		 437 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.230236  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5267  secretion protein HlyD family protein  39.47 
 
 		 319 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.777645  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1152  secretion protein HlyD family protein  38 
 
 		 355 aa  181  1e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.162032  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5114  secretion protein HlyD family protein  39.14 
 
 		 319 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5206  secretion protein HlyD family protein  39.14 
 
 		 319 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3217  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  37.85 
 
 		 331 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.717243  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5751  secretion protein HlyD family protein  35.95 
 
 		 332 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.320621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1310  hypothetical protein  52.9 
 
 		 161 aa  160  4e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0096  secretion protein HlyD  30.35 
 
 		 321 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.305304  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0659  secretion protein HlyD  29.55 
 
 		 335 aa  124  2e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0195539 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2823  HlyD family secretion protein  29.47 
 
 		 329 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3969  MFP family transporter  29.31 
 
 		 284 aa  114  3e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1133  secretion protein HlyD  28.9 
 
 		 371 aa  114  3e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4679  secretion protein HlyD family protein  26.33 
 
 		 425 aa  109  7.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2904  secretion protein HlyD family protein  30.07 
 
 		 329 aa  108  1e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.839486  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0916  secretion protein HlyD family protein  30.58 
 
 		 335 aa  104  2e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3107  secretion protein HlyD family protein  31.14 
 
 		 355 aa  100  4e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.128244  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2810  secretion protein HlyD family protein  25.62 
 
 		 368 aa  100  4e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.653473 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2446  secretion protein HlyD  28.21 
 
 		 331 aa  97.4  3e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0391443  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0807  secretion protein HlyD family protein  27.46 
 
 		 310 aa  97.1  4e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1777  secretion protein HlyD family protein  29.56 
 
 		 320 aa  95.1  2e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0865879  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1329  hypothetical protein  27.84 
 
 		 328 aa  92.4  9e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1793  hypothetical protein  28.52 
 
 		 347 aa  92  1e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0463341  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3464  secretion protein HlyD  26.88 
 
 		 335 aa  91.3  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1147  secretion protein HlyD family protein  26.43 
 
 		 328 aa  90.1  4e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000143256  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1082  putative ABC transport system, lipoprotein  25.25 
 
 		 302 aa  90.1  5e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1493  secretion protein HlyD family protein  28.72 
 
 		 332 aa  90.1  5e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.172966  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1286  hypothetical protein  26.57 
 
 		 331 aa  89.7  7e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2900  hypothetical protein  25.41 
 
 		 328 aa  89.4  8e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.441654  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2812  hypothetical protein  25.41 
 
 		 328 aa  89.4  8e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.659594  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0949  RND family efflux transporter MFP subunit  33.49 
 
 		 390 aa  88.6  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>