More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0815 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0815  transcriptional regulator, LysR family protein  100 
 
 		 299 aa  622  1e-177  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1372  LysR family transcriptional regulator  56.75 
 
 		 293 aa  333  3e-90  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.465511  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4921  LysR family substrate binding transcriptional regulator  51.56 
 
 		 291 aa  320  9.999999999999999e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0186  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 307 aa  155  9e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0813  transcriptional regulator, LysR family  29.47 
 
 		 292 aa  150  2e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.909105  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 291 aa  150  3e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0556  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 304 aa  149  4e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0776  transcriptional regulator, LysR family protein  31.83 
 
 		 299 aa  148  8e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2774  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 298 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2893  LysR, substrate-binding  31.21 
 
 		 298 aa  144  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3512  transcriptional regulator  34.4 
 
 		 300 aa  144  3e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 347 aa  144  3e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0611  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 300 aa  143  4e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 313 aa  142  6e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3342  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 300 aa  142  6e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  30.04 
 
 		 301 aa  142  7e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1239  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 323 aa  142  7e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 320 aa  142  7e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 292 aa  142  7e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3222  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 302 aa  142  8e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000421  transcriptional regulator  32.18 
 
 		 328 aa  142  9e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.423035  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.33 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 303 aa  140  1.9999999999999998e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4056  LysR family substrate binding transcriptional regulator  30.8 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 294 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 313 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 300 aa  140  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3812  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 300 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 301 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 300 aa  140  3e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0606  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 300 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 292 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 301 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 301 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 327 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 307 aa  139  6e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3630  transcriptional regulator, LysR family  31.67 
 
 		 300 aa  139  7e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4936  LysR family substrate binding transcriptional regulator  29.05 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249085  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 292 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  31.79 
 
 		 290 aa  137  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  28.73 
 
 		 292 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 327 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 327 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3688  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 294 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 299 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0823  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50600  transcriptional regulator  30.9 
 
 		 304 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.857605  normal  0.0631781 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4311  transcriptional regulator  29.63 
 
 		 304 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 292 aa  136  4e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 300 aa  136  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 304 aa  136  4e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 326 aa  136  5e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3238  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 305 aa  135  6.0000000000000005e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.722588 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  29.73 
 
 		 297 aa  135  8e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 304 aa  135  9e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 311 aa  135  9e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  28.67 
 
 		 298 aa  134  9.999999999999999e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.796191 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6389  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 318 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0905  transcriptional regulator, LysR family  30.71 
 
 		 295 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.227995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 555 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0600  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0409  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 325 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 289 aa  133  3e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43240  LysR family transcriptional regulator protein  28.67 
 
 		 302 aa  134  3e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5680  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 313 aa  133  3e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.510006 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 307 aa  133  3e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4011  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 299 aa  133  3e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000050  transcriptional regulator LysR family  30.1 
 
 		 300 aa  133  3.9999999999999996e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.385466  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3808  transcriptional regulator LysR family  29.66 
 
 		 309 aa  133  3.9999999999999996e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3932  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 298 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 304 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 301 aa  132  5e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 299 aa  132  5e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  32.58 
 
 		 300 aa  132  5e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 301 aa  132  5e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0339  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 312 aa  132  5e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.541519 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4493  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 307 aa  132  5e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.708471  normal  0.878724 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 301 aa  132  5e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 301 aa  132  5e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  26.5 
 
 		 305 aa  132  5e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 299 aa  132  5e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  31.84 
 
 		 288 aa  132  5e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4811  LysR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 316 aa  132  6e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0086  transcriptional regulator, LysR family  26.55 
 
 		 306 aa  132  6e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 333 aa  132  6e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0328  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 312 aa  132  6e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 399 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2532  transcriptional regulator, LysR family  29.29 
 
 		 314 aa  132  7.999999999999999e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>