More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1748 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1748  23S rRNA pseudouridine synthase F  100 
 
 		 309 aa  629  1e-179  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.442205  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0603  23S rRNA pseudouridine synthase F  73.53 
 
 		 293 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.10967  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2990  23S rRNA pseudouridine synthase F  69.62 
 
 		 290 aa  405  1.0000000000000001e-112  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3069  23S rRNA pseudouridine synthase F  68.71 
 
 		 290 aa  404  1.0000000000000001e-112  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2938  23S rRNA pseudouridine synthase F  66.01 
 
 		 355 aa  401  1e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.367273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3815  23S rRNA pseudouridine synthase F  65.22 
 
 		 332 aa  386  1e-106  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0855  23S rRNA pseudouridine synthase F  64.05 
 
 		 332 aa  382  1e-105  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.532937 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0226  23S rRNA pseudouridine synthase F  79.67 
 
 		 289 aa  383  1e-105  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.387458  normal  0.300617 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3854  pseudouridine synthase  62.18 
 
 		 348 aa  384  1e-105  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0908  23S rRNA pseudouridine synthase F  70.92 
 
 		 328 aa  379  1e-104  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.500296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4604  23S rRNA pseudouridine synthase F  78.01 
 
 		 289 aa  379  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4566  23S rRNA pseudouridine synthase F  77.18 
 
 		 290 aa  375  1e-103  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4528  23S rRNA pseudouridine synthase F  77.59 
 
 		 289 aa  377  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.358582 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4525  23S rRNA pseudouridine synthase F  77.18 
 
 		 290 aa  375  1e-103  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4258  23S rRNA pseudouridine synthase F  77.18 
 
 		 290 aa  376  1e-103  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.520843  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5500  23S rRNA pseudouridine synthase F  77.18 
 
 		 290 aa  375  1e-103  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4444  23S rRNA pseudouridine synthase F  77.59 
 
 		 289 aa  377  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4483  23S rRNA pseudouridine synthase F  77.18 
 
 		 290 aa  375  1e-103  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.429263 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4008  23S rRNA pseudouridine synthase F  77.18 
 
 		 290 aa  375  1e-103  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.098553 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4530  23S rRNA pseudouridine synthase F  77.59 
 
 		 289 aa  377  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.115437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4405  23S rRNA pseudouridine synthase F  77.59 
 
 		 289 aa  377  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.15276 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03894  23S rRNA pseudouridine synthase  76.35 
 
 		 290 aa  372  1e-102  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3975  pseudouridine synthase  76.35 
 
 		 290 aa  372  1e-102  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03854  hypothetical protein  76.35 
 
 		 290 aa  372  1e-102  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3971  23S rRNA pseudouridine synthase F  76.76 
 
 		 286 aa  369  1e-101  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3586  pseudouridine synthase  65.87 
 
 		 266 aa  340  1e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.280598  normal  0.134237 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  65.53 
 
 		 298 aa  314  9.999999999999999e-85  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  64.44 
 
 		 298 aa  313  1.9999999999999998e-84  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1235  pseudouridine synthase  58.75 
 
 		 248 aa  298  9e-80  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176862  normal  0.0316242 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1646  pseudouridine synthase, Rsu  49.53 
 
 		 317 aa  288  9e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0236  pseudouridine synthase  55.69 
 
 		 272 aa  284  1.0000000000000001e-75  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  59.32 
 
 		 384 aa  281  7.000000000000001e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  47.68 
 
 		 314 aa  279  4e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.514849  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  57.94 
 
 		 340 aa  278  8e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2928  pseudouridine synthase  56.49 
 
 		 477 aa  278  1e-73  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  58.05 
 
 		 385 aa  275  8e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6011  pseudouridine synthase  52.99 
 
 		 389 aa  274  2.0000000000000002e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0916  RNA pseudouridine synthase family protein  50.18 
 
 		 314 aa  273  2.0000000000000002e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13243  pseudouridine synthase, Rsu  55.51 
 
 		 244 aa  270  2.9999999999999997e-71  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0782  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  48.12 
 
 		 324 aa  268  8e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.168526  normal  0.0685581 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1204  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  55.08 
 
 		 240 aa  266  5e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.501525  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01765  RNA pseudouridine synthase family protein  53.72 
 
 		 248 aa  265  7e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00504065  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2417  RNA pseudouridylate synthase family protein  57.27 
 
 		 238 aa  264  1e-69  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2221  RNA pseudouridylate synthase  57.27 
 
 		 238 aa  264  1e-69  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2160  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  57.27 
 
 		 238 aa  264  1e-69  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.28876  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2144  tRNA pseudouridine synthase A  57.27 
 
 		 238 aa  264  1e-69  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2403  RNA pseudouridine synthase family protein  57.27 
 
 		 235 aa  264  1e-69  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2386  RNA pseudouridine synthase family protein  57.27 
 
 		 238 aa  264  1e-69  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2488  RNA pseudouridine synthase family protein  57.27 
 
 		 235 aa  264  1e-69  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.970242  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2974  RNA pseudouridine synthase family protein  56.39 
 
 		 235 aa  261  6.999999999999999e-69  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.462691 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2353  RNA pseudouridine synthase family protein  56.39 
 
 		 235 aa  261  1e-68  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0601  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  57.66 
 
 		 240 aa  259  5.0000000000000005e-68  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.624758  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14081  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  57.66 
 
 		 240 aa  259  5.0000000000000005e-68  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.484902  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2192  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.95 
 
 		 235 aa  258  8e-68  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.731966  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2242  pseudouridine synthase  52.36 
 
 		 318 aa  254  1.0000000000000001e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12541  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  56.31 
 
 		 240 aa  253  2.0000000000000002e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.558344  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_12611  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  57.14 
 
 		 240 aa  252  5.000000000000001e-66  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.594453  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_12681  pseudouridine synthase, Rsu  56.42 
 
 		 240 aa  249  3e-65  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.850167  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  53.25 
 
 		 240 aa  241  9e-63  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1228  pseudouridine synthase  51.95 
 
 		 240 aa  239  4e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.481726  normal  0.0793814 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0577  RNA pseudouridine synthase family protein  50.43 
 
 		 229 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4677  RNA pseudouridine synthase family protein  51.1 
 
 		 229 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000310773  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4664  RNA pseudouridine synthase family protein  50.66 
 
 		 229 aa  233  3e-60  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000338172 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1151  RNA pseudouridine synthase family protein  46.75 
 
 		 228 aa  233  4.0000000000000004e-60  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000576228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  46.32 
 
 		 228 aa  231  1e-59  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4446  RNA pseudouridylate synthase  50.22 
 
 		 229 aa  230  3e-59  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4792  RNA pseudouridine synthase family protein  50.22 
 
 		 229 aa  230  3e-59  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4674  RNA pseudouridylate synthase family protein  49.78 
 
 		 229 aa  229  4e-59  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4661  RNA pseudouridine synthase family protein  50.66 
 
 		 229 aa  229  4e-59  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.636337  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4295  tRNA pseudouridine synthase A  49.78 
 
 		 229 aa  229  5e-59  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.502862  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4284  pseudouridylate synthase  49.78 
 
 		 229 aa  229  6e-59  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4379  pseudouridine synthase  49.78 
 
 		 229 aa  226  4e-58  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3238  pseudouridine synthase  47.35 
 
 		 229 aa  203  3e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.643571  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0944  pseudouridine synthase, Rsu  41.96 
 
 		 261 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000200951  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3461  pseudouridine synthase  39.46 
 
 		 242 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3385  pseudouridine synthase  38.57 
 
 		 242 aa  169  6e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3582  pseudouridine synthase  38.36 
 
 		 236 aa  168  1e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.299626 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0902  pseudouridine synthase  37.93 
 
 		 236 aa  168  1e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0685  pseudouridine synthase, Rsu  36.4 
 
 		 238 aa  167  2e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.301358  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0952  pseudouridine synthase, Rsu  38.26 
 
 		 236 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.823269  normal  0.19606 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3936  pseudouridine synthase  38.75 
 
 		 261 aa  163  3e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.348402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0916  pseudouridine synthase, Rsu  38.26 
 
 		 236 aa  162  7e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.659376  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0922  pseudouridine synthase  38.72 
 
 		 242 aa  160  2e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0675  pseudouridine synthase  38.08 
 
 		 238 aa  159  5e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4420  RNA-binding S4 domain protein  37.18 
 
 		 638 aa  158  9e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0917  pseudouridine synthase, Rsu  36.17 
 
 		 241 aa  156  4e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.81174 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3180  pseudouridine synthase  36.02 
 
 		 238 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  37.29 
 
 		 241 aa  152  5e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3873  pseudouridine synthase  35.47 
 
 		 245 aa  152  5e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00341682 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1834  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  35.56 
 
 		 281 aa  148  9e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.954651  normal  0.0468047 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1005  RNA-binding S4 domain protein  39.57 
 
 		 227 aa  147  3e-34  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.0262199999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0441  pseudouridine synthase  37.55 
 
 		 248 aa  147  3e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00343055  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1367  pseudouridine synthase  35.24 
 
 		 228 aa  145  9e-34  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1336  ribosomal small subunit pseudouridine synthase B  39.57 
 
 		 236 aa  145  1e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.014485  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1147  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.91 
 
 		 236 aa  144  1e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000045472  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  34.41 
 
 		 274 aa  144  2e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  34.5 
 
 		 556 aa  143  3e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0572  pseudouridine synthase, Rsu  35.37 
 
 		 238 aa  143  3e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2937  pseudouridine synthase, Rsu  35.12 
 
 		 254 aa  143  4e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0746934 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3919  pseudouridine synthase  36.24 
 
 		 555 aa  142  7e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>