77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3932 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3932  H+-transporting two-sector ATPase, delta/epsilon subunit  100 
 
 		 378 aa  761    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0518  permease  26.8 
 
 		 356 aa  85.9  0.000000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3941  permease  29.96 
 
 		 363 aa  83.2  0.000000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.371691 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0132  permease  26.82 
 
 		 363 aa  79.3  0.00000000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000160751  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0471  permease  25.57 
 
 		 357 aa  74.7  0.000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000000632482  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0132  permease, putative  23.85 
 
 		 402 aa  73.2  0.000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112317  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2549  permease  25.1 
 
 		 368 aa  72.8  0.00000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0757  permease  25.69 
 
 		 367 aa  72  0.00000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0353  permease  24.09 
 
 		 352 aa  68.6  0.0000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1966  hypothetical protein  26.57 
 
 		 378 aa  68.6  0.0000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4074  putative permease  27.21 
 
 		 366 aa  65.1  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1797  permease  24.76 
 
 		 406 aa  64.7  0.000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.00000000323943  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1469  permease  26.91 
 
 		 358 aa  60.5  0.00000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.604132  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3190  permease  22.78 
 
 		 335 aa  58.2  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3659  permease  28.26 
 
 		 349 aa  57  0.0000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0907  permease  24.23 
 
 		 298 aa  56.2  0.0000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000511133  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1221  permease  21.27 
 
 		 332 aa  56.2  0.0000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3818  permease  22.81 
 
 		 332 aa  54.7  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2333  permease  22.81 
 
 		 332 aa  54.7  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.685877  normal  0.0887616 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1828  permease  22.51 
 
 		 330 aa  54.3  0.000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.22223  normal  0.735803 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4014  permease  23.32 
 
 		 370 aa  54.3  0.000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.519367  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1997  permease  21.79 
 
 		 365 aa  53.1  0.000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1382  permease  27.31 
 
 		 362 aa  52.4  0.00001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.462669  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6834  permease  27.48 
 
 		 620 aa  52.4  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0785  hypothetical protein  24.03 
 
 		 300 aa  52  0.00002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000784162 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0580  hypothetical protein  24.65 
 
 		 475 aa  52  0.00002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1810  permease  23.97 
 
 		 328 aa  50.8  0.00004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1707  permease  23.16 
 
 		 352 aa  50.8  0.00004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03565  permease  24.58 
 
 		 391 aa  50.4  0.00005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0379  permease  26.52 
 
 		 382 aa  50.1  0.00006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3357  putative permease  25 
 
 		 336 aa  50.4  0.00006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.138974  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3958  permease  22.61 
 
 		 331 aa  49.7  0.00008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2566  permease  25.09 
 
 		 324 aa  49.7  0.00008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.931351 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0443  permease  31.09 
 
 		 497 aa  49.3  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0729  ABC transporter, permease protein, putative  24.69 
 
 		 300 aa  49.3  0.0001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0447  permease  31.09 
 
 		 496 aa  49.3  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0526  permease  22.95 
 
 		 350 aa  48.1  0.0002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3410  permease  30.25 
 
 		 474 aa  48.5  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3832  permease  22.51 
 
 		 331 aa  48.5  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3582  permease  30.25 
 
 		 501 aa  48.5  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0534  permease  23.33 
 
 		 331 aa  48.5  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3776  permease  22.51 
 
 		 331 aa  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0492  permease  22.51 
 
 		 331 aa  47.8  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0444  hypothetical protein  28.71 
 
 		 491 aa  47.4  0.0004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0014  permease  27.84 
 
 		 451 aa  47.4  0.0004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.700794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0434  permease  29.41 
 
 		 461 aa  47.8  0.0004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2196  permease  22.71 
 
 		 317 aa  47.4  0.0004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000111416  normal  0.407571 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3497  permease  22.67 
 
 		 331 aa  47.4  0.0004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0548  permease  22.4 
 
 		 318 aa  47  0.0005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000695477  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0934  permease  23.25 
 
 		 319 aa  47  0.0005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00064116  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6245  permease  26.3 
 
 		 424 aa  46.6  0.0007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00718863  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3673  permease  22.22 
 
 		 351 aa  46.2  0.0008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0158  permease  22.53 
 
 		 343 aa  46.2  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0535  hypothetical protein  22.67 
 
 		 331 aa  46.2  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0397  hypothetical protein  28.21 
 
 		 490 aa  46.2  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3911  permease  28.57 
 
 		 513 aa  45.1  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3409  permease  28.42 
 
 		 509 aa  45.1  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2844  permease  22.14 
 
 		 348 aa  45.4  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.693493  normal  0.0127415 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3838  permease  28.57 
 
 		 511 aa  44.7  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.446121 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0446  permease  27.73 
 
 		 433 aa  45.1  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.302988 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4034  permease  28.57 
 
 		 500 aa  45.1  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3399  permease  26.97 
 
 		 495 aa  44.7  0.003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0422  permease  28.57 
 
 		 503 aa  44.7  0.003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1489  permease  27.56 
 
 		 352 aa  43.9  0.004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.283675  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0298  permease  26.73 
 
 		 423 aa  44.3  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3797  putative permease  20.69 
 
 		 333 aa  44.3  0.004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.236031 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0495  permease  30.7 
 
 		 510 aa  43.9  0.005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12977  hypothetical protein  27.48 
 
 		 406 aa  43.5  0.006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1709  hypothetical protein  25.48 
 
 		 323 aa  43.1  0.007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00218353  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2555  permease  22.34 
 
 		 349 aa  43.1  0.007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000127833  hitchhiker  0.00212732 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1117  permease  21.43 
 
 		 352 aa  43.1  0.008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.107708 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0864  permease  22.37 
 
 		 308 aa  43.1  0.008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.569206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08200  permease  23.73 
 
 		 345 aa  42.7  0.009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000119775  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01499  hypothetical protein  23.42 
 
 		 345 aa  43.1  0.009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02580  hypothetical protein  23.42 
 
 		 345 aa  43.1  0.009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4258  permease  28.77 
 
 		 466 aa  42.7  0.01  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1509  permease  27.21 
 
 		 352 aa  42.7  0.01  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0642065  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>