More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1794 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_1794  cold-shock DNA-binding protein family protein  100 
 
 
75 aa  154  3e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000283022  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1110  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.76 
 
 
69 aa  92.8  1e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0603017  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4220  cold-shock protein  59.46 
 
 
69 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39180  Cold-shock-like protein  61.11 
 
 
69 aa  92.8  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197755  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49410  cold-shock protein  59.46 
 
 
69 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000191939  normal  0.274128 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2536  cold-shock DNA-binding protein family protein  54.05 
 
 
69 aa  91.3  4e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.532819  normal  0.0603654 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3069  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.41 
 
 
69 aa  90.1  9e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0986156  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4415  cold-shock DNA-binding protein  57.75 
 
 
200 aa  89.7  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0245079  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1855  cold acclimation protein B  55.41 
 
 
69 aa  88.2  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0386681  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21760  cold acclimation protein B  55.41 
 
 
69 aa  88.2  4e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.342335  normal  0.456476 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51840  cold-shock protein  56.52 
 
 
204 aa  87  8e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.192967  hitchhiker  0.0041484 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0985  cold-shock domain-contain protein  54.05 
 
 
165 aa  86.3  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.693181  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1263  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.52 
 
 
205 aa  86.3  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.18948  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1625  cold-shock DNA-binding domain protein  54.05 
 
 
69 aa  85.5  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.778402  normal  0.204275 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4209  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.17 
 
 
197 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4547  cold-shock protein  56.52 
 
 
203 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2649  cold-shock DNA-binding domain protein  52.7 
 
 
69 aa  85.5  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.139093  normal  0.222327 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4006  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.93 
 
 
197 aa  84.7  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1085  cold-shock DNA-binding protein family protein  54.17 
 
 
69 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0927739  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3523  cold-shock DNA-binding protein family protein  53.33 
 
 
70 aa  84.7  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.32154 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11700  Cold shock domain family protein  53.33 
 
 
70 aa  85.1  3e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0476912  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1238  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.17 
 
 
197 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.267087  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1522  cold shock protein CspA  55.56 
 
 
69 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.310546  normal  0.49084 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1127  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.56 
 
 
69 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.53927  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4202  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.56 
 
 
69 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.713161  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4233  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.33 
 
 
70 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0769  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.35 
 
 
71 aa  84.3  5e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000056179  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3984  cold shock domain family protein  56.34 
 
 
73 aa  84  7e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.231003  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1403  cold-shock protein, DNA-binding  56.34 
 
 
73 aa  84  7e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.861967  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4097  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.56 
 
 
69 aa  84  7e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0272616  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.52 
 
 
69 aa  83.6  7e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0410712 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1879  cold-shock DNA-binding domain protein  53.33 
 
 
70 aa  83.6  9e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.753141 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2158  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
69 aa  83.6  9e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17950  Cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.7 
 
 
69 aa  83.6  9e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140008  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1407  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.35 
 
 
69 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0231172  normal  0.970454 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1022  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.7 
 
 
69 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.908302 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1953  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.11 
 
 
69 aa  83.2  0.000000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0846226  normal  0.0196408 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0990  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.7 
 
 
70 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0731178  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.52 
 
 
69 aa  83.2  0.000000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.208356  normal  0.0206903 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4313  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.68 
 
 
69 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1209  cold-shock domain-contain protein  54.17 
 
 
91 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.953881  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4395  cold-shock DNA-binding protein  54.93 
 
 
70 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.314613 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  51.35 
 
 
70 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3704  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.65 
 
 
69 aa  82.4  0.000000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1128  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.68 
 
 
69 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1094  cold-shock protein, DNA-binding  53.52 
 
 
70 aa  81.6  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00306206  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0942  cold-shock DNA-binding protein family protein  50 
 
 
71 aa  81.6  0.000000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3760  cold-shock DNA-binding protein family protein  48.65 
 
 
69 aa  81.6  0.000000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.780435  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1475  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.11 
 
 
71 aa  81.6  0.000000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001501  cold shock transcriptional regulator CspA  48.65 
 
 
70 aa  81.3  0.000000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.103059  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1274  cold shock domain family protein  53.52 
 
 
70 aa  81.3  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4145  cold shock protein CapB  50 
 
 
69 aa  81.6  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2186  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.17 
 
 
73 aa  81.3  0.000000000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.541208  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3884  cold-shock protein, DNA-binding  50 
 
 
69 aa  81.6  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.218294  normal  0.489383 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2609  cold-shock protein, DNA-binding  52.7 
 
 
69 aa  81.3  0.000000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000617346  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1201  cold-shock DNA-binding protein family protein  50 
 
 
69 aa  81.6  0.000000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.17 
 
 
73 aa  81.3  0.000000000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.65 
 
 
69 aa  81.3  0.000000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.754516  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3558  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.3 
 
 
69 aa  80.9  0.000000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.914458 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1099  cold-shock domain-contain protein  49.32 
 
 
69 aa  80.9  0.000000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0660556  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1139  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.32 
 
 
69 aa  80.9  0.000000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.159877  normal  0.955199 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0201  cold shock protein  55.07 
 
 
66 aa  80.5  0.000000000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000435671  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1523  cold shock protein  54.05 
 
 
69 aa  80.1  0.000000000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00439829  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1846  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.35 
 
 
69 aa  80.1  0.000000000000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.174737  normal  0.594257 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2133  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.35 
 
 
69 aa  80.1  0.000000000000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.415341  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3414  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.55 
 
 
83 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0959818 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1523  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.61 
 
 
66 aa  79.7  0.00000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.478782  normal  0.638647 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2463  cold shock protein CspA  52.11 
 
 
70 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.222592  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0559  putative cold-shock protein  51.39 
 
 
69 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.65 
 
 
70 aa  79  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2963  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.65 
 
 
70 aa  79  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.711924 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1685  cold-shock DNA-binding protein family protein  53.85 
 
 
89 aa  79  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000048024  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1823  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.92 
 
 
88 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.565643  normal  0.0615675 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  51.35 
 
 
70 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1881  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.95 
 
 
69 aa  79  0.00000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0395263  normal  0.068791 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3227  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.11 
 
 
70 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.751558  normal  0.890411 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4183  cold-shock DNA-binding protein family protein  53.62 
 
 
67 aa  79  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0862888  normal  0.391924 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05960  putative cold-shock protein  51.39 
 
 
69 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.979044  normal  0.17642 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1965  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.11 
 
 
70 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000020659  normal  0.0130883 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05396  hypothetical protein  44.59 
 
 
69 aa  78.6  0.00000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2160  cold-shock protein, DNA-binding  49.32 
 
 
70 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.233344  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1832  CspD, cold shock  51.52 
 
 
67 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0689958  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.14 
 
 
68 aa  78.2  0.00000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2376  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.62 
 
 
84 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000357457  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.3 
 
 
69 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1564  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.52 
 
 
68 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0747165  normal  0.986392 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2354  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.33 
 
 
70 aa  78.6  0.00000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.895038  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0792  cold shock protein  47.3 
 
 
69 aa  77.8  0.00000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000000912185  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0028  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.07 
 
 
66 aa  78.2  0.00000000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000670362  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0555  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.95 
 
 
155 aa  77.8  0.00000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.804868  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4356  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.83 
 
 
66 aa  78.2  0.00000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.184389 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02364  stress response protein CspD  53.73 
 
 
72 aa  77.8  0.00000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000164326  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
70 aa  78.2  0.00000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4010  cold-shock protein CspD  55.38 
 
 
88 aa  77.4  0.00000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0979489 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2628  stress response protein CspD  50 
 
 
68 aa  77.8  0.00000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0191  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
66 aa  77.4  0.00000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  8.97537e-36 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1751  cold-shock DNA-binding protein family protein  50 
 
 
68 aa  77.8  0.00000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00123105  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2229  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
68 aa  77.8  0.00000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.205522  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1646  cold-shock DNA-binding protein family protein  50 
 
 
68 aa  77.8  0.00000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000452654  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1721  cold-shock DNA-binding protein family protein  50 
 
 
68 aa  77.8  0.00000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000154262  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>