More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0729 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_0729  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  100 
 
 
483 aa  995    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  47.62 
 
 
474 aa  447  1.0000000000000001e-124  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2075  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  47.23 
 
 
476 aa  446  1.0000000000000001e-124  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3165  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  46.61 
 
 
476 aa  444  1e-123  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3184  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  46.41 
 
 
476 aa  441  9.999999999999999e-123  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.262936  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3193  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  46.2 
 
 
476 aa  440  9.999999999999999e-123  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2956  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  46 
 
 
476 aa  436  1e-121  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13805  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2935  deoxyribodipyrimidine photolyase  46 
 
 
476 aa  437  1e-121  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3187  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  46 
 
 
476 aa  436  1e-121  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3180  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  46.27 
 
 
469 aa  433  1e-120  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.478094  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2665  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.7 
 
 
501 aa  433  1e-120  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.82 
 
 
483 aa  428  1e-118  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  47.62 
 
 
471 aa  416  9.999999999999999e-116  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  47.62 
 
 
471 aa  417  9.999999999999999e-116  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0377  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.77 
 
 
486 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.215425 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  46.83 
 
 
499 aa  409  1e-113  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.89 
 
 
469 aa  411  1e-113  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.36 
 
 
482 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1444  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.54 
 
 
483 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.750444 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.02 
 
 
475 aa  404  1e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  45.61 
 
 
478 aa  403  1e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1215  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.04 
 
 
477 aa  404  1e-111  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.300983  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04795  photolyase  46.28 
 
 
472 aa  398  1e-109  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.722935  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.82 
 
 
484 aa  393  1e-108  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1364  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.79 
 
 
473 aa  394  1e-108  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1562  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.19 
 
 
471 aa  394  1e-108  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.51951  normal  0.490223 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  44.24 
 
 
487 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  44.58 
 
 
481 aa  387  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  44.31 
 
 
487 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4692  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.54 
 
 
476 aa  382  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0814  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.84 
 
 
490 aa  384  1e-105  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.44 
 
 
471 aa  379  1e-104  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5849  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.57 
 
 
505 aa  376  1e-103  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  42.31 
 
 
479 aa  377  1e-103  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2469  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.68 
 
 
475 aa  375  1e-103  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000205711 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2919  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.97 
 
 
478 aa  372  1e-102  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.219923 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1880  DNA photolyase  44.07 
 
 
483 aa  374  1e-102  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  44.93 
 
 
452 aa  365  1e-100  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1604  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.41 
 
 
486 aa  367  1e-100  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2747  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  41.48 
 
 
474 aa  367  1e-100  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00995843  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4676  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.62 
 
 
500 aa  365  1e-99  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.499221 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0915  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.39 
 
 
477 aa  364  2e-99  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1145  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  42.95 
 
 
476 aa  362  7.0000000000000005e-99  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3589  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.94 
 
 
483 aa  361  1e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2095  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.65 
 
 
500 aa  360  4e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5488  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  42.83 
 
 
518 aa  359  8e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2217  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.85 
 
 
525 aa  355  1e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.511177  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2677  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.06 
 
 
486 aa  349  6e-95  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3356  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.71 
 
 
483 aa  349  7e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.617341  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2800  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.86 
 
 
486 aa  347  3e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2734  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.86 
 
 
486 aa  347  3e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.913993  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2911  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.65 
 
 
534 aa  346  7e-94  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.152719  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0636  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.65 
 
 
497 aa  345  8.999999999999999e-94  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2376  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.65 
 
 
486 aa  345  8.999999999999999e-94  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1691  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.65 
 
 
486 aa  345  8.999999999999999e-94  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.647987  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2196  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.41 
 
 
519 aa  343  4e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1815  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.19 
 
 
486 aa  343  5e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.496869  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5899  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.41 
 
 
519 aa  341  2e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0769953  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2178  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.41 
 
 
519 aa  341  2e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.240707  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0813  hypothetical protein  38.11 
 
 
486 aa  328  2.0000000000000001e-88  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2125  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.63 
 
 
479 aa  322  7e-87  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4409  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.13 
 
 
504 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.421142  normal  0.735576 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1262  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.33 
 
 
463 aa  311  1e-83  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.103305  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.65 
 
 
511 aa  311  2e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2844  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.7 
 
 
499 aa  310  4e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758456  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6799  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.37 
 
 
499 aa  309  8e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000114492  decreased coverage  0.000000135491 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1759  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.47 
 
 
454 aa  304  2.0000000000000002e-81  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0257219  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2745  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.59 
 
 
513 aa  304  2.0000000000000002e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1441  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.92 
 
 
474 aa  302  7.000000000000001e-81  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511514  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0565  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.86 
 
 
518 aa  302  9e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.470462  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.07 
 
 
479 aa  300  3e-80  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0703  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.31 
 
 
525 aa  298  1e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0617  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.66 
 
 
518 aa  298  1e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00814306  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.27 
 
 
470 aa  296  6e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1577  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.25 
 
 
493 aa  294  3e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547552  normal  0.6563 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0849  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.51 
 
 
454 aa  292  1e-77  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.201808  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.64 
 
 
487 aa  291  2e-77  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.04 
 
 
481 aa  290  3e-77  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3586  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.37 
 
 
487 aa  288  1e-76  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.6 
 
 
472 aa  288  2e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1163  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.37 
 
 
487 aa  288  2e-76  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1112  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.07 
 
 
487 aa  287  2.9999999999999996e-76  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.196695  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  37.6 
 
 
473 aa  286  4e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.6 
 
 
472 aa  286  4e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0778  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.01 
 
 
453 aa  287  4e-76  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0625  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.6 
 
 
472 aa  286  5.999999999999999e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3694  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.21 
 
 
484 aa  285  1.0000000000000001e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0723  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.99 
 
 
472 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.121356  normal  0.867142 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.79 
 
 
490 aa  285  1.0000000000000001e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0704  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.03 
 
 
497 aa  285  2.0000000000000002e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0998  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.09 
 
 
457 aa  285  2.0000000000000002e-75  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50142  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0994  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.63 
 
 
462 aa  283  4.0000000000000003e-75  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2928  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.63 
 
 
472 aa  282  1e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0755  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.63 
 
 
472 aa  282  1e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.391934  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0798  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.22 
 
 
472 aa  281  1e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.825453  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3068  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.38 
 
 
500 aa  280  3e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.83 
 
 
492 aa  280  3e-74  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3349  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.7 
 
 
477 aa  278  1e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355989  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.58 
 
 
491 aa  278  2e-73  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1801  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.79 
 
 
488 aa  278  2e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>