85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E2487 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009800  EcHS_A0948  phage late control gene D protein  98.91 
 
 		 366 aa  745    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.210048  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2487  phage late control gene D protein  100 
 
 		 366 aa  748    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2751  late control D family protein  98.36 
 
 		 366 aa  736    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000516519 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2842  phage late control D family protein  86.07 
 
 		 366 aa  658    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3025  phage late control D family protein  85.79 
 
 		 366 aa  658    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00666291 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1359  phage late control D family protein  84.97 
 
 		 366 aa  648    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2305  late control D family protein  64.64 
 
 		 364 aa  484  1e-136  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2352  late control D family protein  65.47 
 
 		 364 aa  486  1e-136  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.065296  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2193  late control gene D protein  64.64 
 
 		 364 aa  486  1e-136  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4389  late control gene D protein  55.68 
 
 		 389 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.725346  normal  0.0652944 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3198  late control D family protein  56.49 
 
 		 382 aa  409  1e-113  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000789216  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3024  phage late control gene D protein  54.05 
 
 		 387 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.051519 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0998  phage late control gene D protein  54.86 
 
 		 387 aa  403  1e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.780637  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4351  phage late control gene D protein  54.05 
 
 		 387 aa  402  1e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.395546 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3476  phage late control D family protein  53.12 
 
 		 387 aa  387  1e-106  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.216601  normal  0.122645 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2665  late control D family protein  55.71 
 
 		 377 aa  369  1e-101  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.132861  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4862  late control D family protein  54.49 
 
 		 383 aa  365  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0171627  normal  0.29405 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0179  late control D family protein  54.49 
 
 		 383 aa  365  1e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.457524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2889  late control D family protein  47.53 
 
 		 375 aa  359  5e-98  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0857  late control D family protein  47.09 
 
 		 363 aa  337  2.9999999999999997e-91  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000149579  hitchhiker  0.00128029 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1912  hypothetical protein  47.19 
 
 		 374 aa  325  1e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0970485  normal  0.714106 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3315  phage late control D family protein  44.51 
 
 		 344 aa  303  4.0000000000000003e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01338  bacteriophage P2 gpD protein  45.48 
 
 		 328 aa  298  1e-79  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.405212  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1372  phage late control D  43.18 
 
 		 338 aa  294  2e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.475376  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37340  Phage late control gene D protein-like protein  43.68 
 
 		 402 aa  291  2e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1809  late control D family protein  41.95 
 
 		 391 aa  283  2.0000000000000002e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000332404  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1325  fels-2 prophage protein  44.09 
 
 		 366 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.370429  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2586  late control D family protein  40.58 
 
 		 333 aa  261  2e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.000462859  hitchhiker  0.00000849595 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2620  late control D family protein  40.58 
 
 		 333 aa  261  2e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000538396  hitchhiker  0.00000000174337 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2105  late control D family protein  39.26 
 
 		 401 aa  256  4e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0758552  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00856  hypothetical protein  98.36 
 
 		 122 aa  251  2e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00850  putative regulator of late gene expression  98.36 
 
 		 122 aa  251  2e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1218  late control D family protein  35.67 
 
 		 347 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.868183  hitchhiker  0.000188343 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08150  putative phage late control gene D protein  35.67 
 
 		 329 aa  194  2e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000948229  hitchhiker  0.000300765 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3390  tail protein D  35.96 
 
 		 347 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.231627  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1854  phage late control D family protein  33.24 
 
 		 349 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.491572  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3065  pyocin R2_PP, tail formation  32.46 
 
 		 347 aa  182  1e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.561868  normal  0.32013 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0772  tail protein D  33.92 
 
 		 331 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.325808  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1918  pyocin R2_PP, tail formation  34.97 
 
 		 350 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.319398  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32130  Phage late control D protein  41.23 
 
 		 274 aa  161  2e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4034  late control D family protein  35.58 
 
 		 344 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.356651  unclonable  0.0000000000000337876 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1278  phage late control D  32.2 
 
 		 332 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.487247 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0391  phage-related tail protein  31.44 
 
 		 360 aa  151  2e-35  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1130  phage-related tail protein  31.44 
 
 		 360 aa  151  2e-35  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0567  prophage P2W3, tail protein D, putative  29.54 
 
 		 314 aa  149  1.0000000000000001e-34  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.502953  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1152  late control D family protein  31.16 
 
 		 360 aa  148  2.0000000000000003e-34  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0881  late control D family protein  31.55 
 
 		 357 aa  148  2.0000000000000003e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0986779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3318  phage late control D  29.89 
 
 		 361 aa  145  9e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2289  phage late control D family protein  35.57 
 
 		 384 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.775888  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3359  Phage tail protein D  30.12 
 
 		 324 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3003  phage late control D family protein  30.41 
 
 		 324 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2371  phage late control D  28.45 
 
 		 356 aa  135  9.999999999999999e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2045  late control D family protein  29.59 
 
 		 373 aa  133  5e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0753  phage late control gene D protein GPD  27.7 
 
 		 480 aa  119  9.999999999999999e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.514992  normal  0.317434 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1623  phage-related tail protein  28.93 
 
 		 325 aa  110  3e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2890  late control D family protein  27.45 
 
 		 384 aa  104  2e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.198906  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1572  late control D family protein  27.07 
 
 		 386 aa  103  3e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.303406  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02002  hypothetical protein  27.38 
 
 		 337 aa  101  2e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0700  Phage protein D-like  24.43 
 
 		 328 aa  100  6e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2506  phage late control D family protein  25.94 
 
 		 338 aa  99.8  7e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1151  Phage protein D-like  33.84 
 
 		 342 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0185813  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2678  putative tail protein  55.42 
 
 		 107 aa  88.6  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.705828  normal  0.016098 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0254  tail protein D, putative  24.79 
 
 		 325 aa  85.5  0.000000000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0698  late control D family protein  29.49 
 
 		 358 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4910  late control D family protein  24.44 
 
 		 329 aa  82.8  0.000000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.642723 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4546  gp47  25.24 
 
 		 347 aa  82  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.494674 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4462  gp21  25.24 
 
 		 347 aa  82  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0355  late control D family protein  29.02 
 
 		 229 aa  82  0.00000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4547  gp47  25.24 
 
 		 347 aa  79.7  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.92987 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0928  Phage protein D-like protein  26.05 
 
 		 362 aa  68.6  0.0000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2911  prophage MuMc02, late control gene D protein, putative  26.7 
 
 		 347 aa  68.2  0.0000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2347  hypothetical protein  23.32 
 
 		 337 aa  66.6  0.0000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0628868  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1485  phage late control D family protein  22.13 
 
 		 371 aa  65.9  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1216  phage late control D family protein  23.12 
 
 		 339 aa  60.8  0.00000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4124  late control D family protein  25.91 
 
 		 358 aa  52  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.442041 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0938  Phage protein D-like  28.07 
 
 		 427 aa  46.2  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0367858  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3822  phage protein D-like  27.49 
 
 		 427 aa  45.1  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2498  hypothetical protein  35.05 
 
 		 135 aa  44.7  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00376301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1040  Rhs element Vgr protein  26.83 
 
 		 545 aa  44.7  0.003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.605907  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0896  Rhs element Vgr protein  26.83 
 
 		 545 aa  44.7  0.003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.79786 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2945  Rhs element Vgr protein  23.02 
 
 		 589 aa  44.3  0.003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.703955  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0570  late control D family protein  27.13 
 
 		 342 aa  43.5  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0852  putative phage late control gene D protein  28.14 
 
 		 417 aa  43.1  0.007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1883  Phage protein D-like  27.49 
 
 		 427 aa  43.1  0.007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.109131  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2267  Rhs element Vgr protein  32.5 
 
 		 610 aa  42.7  0.01  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.267374  hitchhiker  0.000675551 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>