79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A4389 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009436  Ent638_3476  phage late control D family protein  82.69 
 
 		 387 aa  651    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.216601  normal  0.122645 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4389  late control gene D protein  100 
 
 		 389 aa  791    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.725346  normal  0.0652944 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3024  phage late control gene D protein  78.09 
 
 		 387 aa  603  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.051519 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4351  phage late control gene D protein  77.72 
 
 		 387 aa  598  1e-170  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.395546 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0998  phage late control gene D protein  77.32 
 
 		 387 aa  597  1e-169  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.780637  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3198  late control D family protein  66.5 
 
 		 382 aa  523  1e-147  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000789216  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2352  late control D family protein  54.91 
 
 		 364 aa  409  1e-113  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.065296  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2193  late control gene D protein  53.85 
 
 		 364 aa  406  1.0000000000000001e-112  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2305  late control D family protein  53.85 
 
 		 364 aa  404  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2487  phage late control gene D protein  54.59 
 
 		 366 aa  401  1e-111  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0948  phage late control gene D protein  54.32 
 
 		 366 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.210048  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2751  late control D family protein  54.05 
 
 		 366 aa  401  9.999999999999999e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000516519 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3025  phage late control D family protein  53.35 
 
 		 366 aa  401  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00666291 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1359  phage late control D family protein  53.64 
 
 		 366 aa  397  1e-109  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2842  phage late control D family protein  52.82 
 
 		 366 aa  395  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0857  late control D family protein  48.43 
 
 		 363 aa  384  1e-105  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000149579  hitchhiker  0.00128029 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4862  late control D family protein  50.14 
 
 		 383 aa  351  2e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0171627  normal  0.29405 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0179  late control D family protein  50.27 
 
 		 383 aa  351  2e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.457524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2889  late control D family protein  46.67 
 
 		 375 aa  345  6e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2665  late control D family protein  50.27 
 
 		 377 aa  343  4e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.132861  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1809  late control D family protein  43.41 
 
 		 391 aa  315  6e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000332404  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1372  phage late control D  44.75 
 
 		 338 aa  312  4.999999999999999e-84  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.475376  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1912  hypothetical protein  46.05 
 
 		 374 aa  307  2.0000000000000002e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0970485  normal  0.714106 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37340  Phage late control gene D protein-like protein  44.38 
 
 		 402 aa  306  3e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01338  bacteriophage P2 gpD protein  44.32 
 
 		 328 aa  301  1e-80  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.405212  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3315  phage late control D family protein  43.36 
 
 		 344 aa  289  7e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2105  late control D family protein  38.25 
 
 		 401 aa  268  1e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0758552  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1325  fels-2 prophage protein  40.77 
 
 		 366 aa  261  2e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.370429  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2620  late control D family protein  38.4 
 
 		 333 aa  254  2.0000000000000002e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000538396  hitchhiker  0.00000000174337 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2586  late control D family protein  38.4 
 
 		 333 aa  254  2.0000000000000002e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.000462859  hitchhiker  0.00000849595 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3390  tail protein D  33.8 
 
 		 347 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.231627  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1218  late control D family protein  32.04 
 
 		 347 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.868183  hitchhiker  0.000188343 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1854  phage late control D family protein  31.28 
 
 		 349 aa  172  9e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.491572  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08150  putative phage late control gene D protein  31.55 
 
 		 329 aa  168  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000948229  hitchhiker  0.000300765 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3065  pyocin R2_PP, tail formation  30.36 
 
 		 347 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.561868  normal  0.32013 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1918  pyocin R2_PP, tail formation  39.72 
 
 		 350 aa  160  3e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.319398  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32130  Phage late control D protein  42.15 
 
 		 274 aa  158  2e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0772  tail protein D  31.75 
 
 		 331 aa  149  8e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.325808  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1278  phage late control D  28.95 
 
 		 332 aa  145  1e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.487247 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0881  late control D family protein  29.95 
 
 		 357 aa  144  2e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0986779  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0567  prophage P2W3, tail protein D, putative  26.89 
 
 		 314 aa  137  3.0000000000000003e-31  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.502953  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0753  phage late control gene D protein GPD  28.14 
 
 		 480 aa  136  7.000000000000001e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.514992  normal  0.317434 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2045  late control D family protein  30.21 
 
 		 373 aa  135  9e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1152  late control D family protein  29.46 
 
 		 360 aa  132  7.999999999999999e-30  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3318  phage late control D  30.45 
 
 		 361 aa  132  1.0000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4034  late control D family protein  30.73 
 
 		 344 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.356651  unclonable  0.0000000000000337876 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00850  putative regulator of late gene expression  54.63 
 
 		 122 aa  128  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00856  hypothetical protein  54.63 
 
 		 122 aa  128  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0391  phage-related tail protein  37.04 
 
 		 360 aa  127  3e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1130  phage-related tail protein  37.04 
 
 		 360 aa  127  3e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2289  phage late control D family protein  36.22 
 
 		 384 aa  122  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.775888  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3359  Phage tail protein D  32.61 
 
 		 324 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2371  phage late control D  28.61 
 
 		 356 aa  119  9.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3003  phage late control D family protein  32.61 
 
 		 324 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2890  late control D family protein  33.48 
 
 		 384 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.198906  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1623  phage-related tail protein  27.64 
 
 		 325 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1572  late control D family protein  34.09 
 
 		 386 aa  103  4e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.303406  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0700  Phage protein D-like  24.09 
 
 		 328 aa  96.7  7e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0698  late control D family protein  27.49 
 
 		 358 aa  95.5  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4462  gp21  27.95 
 
 		 347 aa  95.1  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2506  phage late control D family protein  28.57 
 
 		 338 aa  90.1  6e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4546  gp47  25.6 
 
 		 347 aa  89  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.494674 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4547  gp47  25.6 
 
 		 347 aa  88.2  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.92987 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1151  Phage protein D-like  31.78 
 
 		 342 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0185813  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2911  prophage MuMc02, late control gene D protein, putative  30.68 
 
 		 347 aa  85.1  0.000000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0254  tail protein D, putative  22.07 
 
 		 325 aa  81.6  0.00000000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2678  putative tail protein  60.34 
 
 		 107 aa  76.3  0.0000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.705828  normal  0.016098 
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4910  late control D family protein  26.91 
 
 		 329 aa  75.1  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.642723 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4124  late control D family protein  25.2 
 
 		 358 aa  70.5  0.00000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.442041 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1485  phage late control D family protein  25.87 
 
 		 371 aa  66.6  0.0000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0355  late control D family protein  24.79 
 
 		 229 aa  64.7  0.000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02002  hypothetical protein  26.92 
 
 		 337 aa  63.2  0.000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2347  hypothetical protein  25 
 
 		 337 aa  57.8  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0628868  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0570  late control D family protein  28.57 
 
 		 342 aa  57.8  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1216  phage late control D family protein  26.11 
 
 		 339 aa  55.8  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0928  Phage protein D-like protein  25 
 
 		 362 aa  53.1  0.000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0938  Phage protein D-like  27.78 
 
 		 427 aa  48.5  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0367858  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3822  phage protein D-like  27.27 
 
 		 427 aa  47.8  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1883  Phage protein D-like  28.19 
 
 		 427 aa  43.9  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.109131  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>