71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1278 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1278  phage late control D  100 
 
 		 332 aa  664    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.487247 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1130  phage-related tail protein  39.21 
 
 		 360 aa  243  3.9999999999999997e-63  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0391  phage-related tail protein  39.21 
 
 		 360 aa  243  3.9999999999999997e-63  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1152  late control D family protein  39.21 
 
 		 360 aa  241  9e-63  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0881  late control D family protein  39.82 
 
 		 357 aa  238  2e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0986779  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0567  prophage P2W3, tail protein D, putative  30.94 
 
 		 314 aa  173  3.9999999999999995e-42  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.502953  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37340  Phage late control gene D protein-like protein  32.93 
 
 		 402 aa  169  7e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01338  bacteriophage P2 gpD protein  33.43 
 
 		 328 aa  166  4e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.405212  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1218  late control D family protein  32.04 
 
 		 347 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.868183  hitchhiker  0.000188343 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1372  phage late control D  33.64 
 
 		 338 aa  163  4.0000000000000004e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.475376  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3025  phage late control D family protein  32.49 
 
 		 366 aa  163  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00666291 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3390  tail protein D  31.34 
 
 		 347 aa  161  1e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.231627  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2842  phage late control D family protein  31.92 
 
 		 366 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3315  phage late control D family protein  31.4 
 
 		 344 aa  157  2e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3065  pyocin R2_PP, tail formation  29.82 
 
 		 347 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.561868  normal  0.32013 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2889  late control D family protein  30.29 
 
 		 375 aa  156  4e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2487  phage late control gene D protein  32.3 
 
 		 366 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4862  late control D family protein  31.44 
 
 		 383 aa  153  4e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0171627  normal  0.29405 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0355  late control D family protein  40.4 
 
 		 229 aa  153  5e-36  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3359  Phage tail protein D  33.85 
 
 		 324 aa  151  1e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0948  phage late control gene D protein  31.74 
 
 		 366 aa  152  1e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.210048  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1359  phage late control D family protein  31.36 
 
 		 366 aa  151  2e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2045  late control D family protein  31.01 
 
 		 373 aa  151  2e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3003  phage late control D family protein  34.46 
 
 		 324 aa  150  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2751  late control D family protein  31.74 
 
 		 366 aa  149  5e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000516519 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3476  phage late control D family protein  30.08 
 
 		 387 aa  148  1.0000000000000001e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.216601  normal  0.122645 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2352  late control D family protein  30.23 
 
 		 364 aa  147  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.065296  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4389  late control gene D protein  28.95 
 
 		 389 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.725346  normal  0.0652944 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0179  late control D family protein  29.94 
 
 		 383 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.457524  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4034  late control D family protein  31.45 
 
 		 344 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.356651  unclonable  0.0000000000000337876 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1912  hypothetical protein  30.45 
 
 		 374 aa  144  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0970485  normal  0.714106 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1623  phage-related tail protein  30.21 
 
 		 325 aa  144  2e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1325  fels-2 prophage protein  32.13 
 
 		 366 aa  144  3e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.370429  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2193  late control gene D protein  29.38 
 
 		 364 aa  142  6e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2305  late control D family protein  29.1 
 
 		 364 aa  139  7e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3198  late control D family protein  29.4 
 
 		 382 aa  138  1e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000789216  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08150  putative phage late control gene D protein  30.06 
 
 		 329 aa  136  5e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000948229  hitchhiker  0.000300765 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2665  late control D family protein  30.7 
 
 		 377 aa  135  9.999999999999999e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.132861  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0998  phage late control gene D protein  26.76 
 
 		 387 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.780637  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0753  phage late control gene D protein GPD  30.45 
 
 		 480 aa  133  5e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.514992  normal  0.317434 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3024  phage late control gene D protein  27.3 
 
 		 387 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.051519 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3318  phage late control D  31.85 
 
 		 361 aa  131  1.0000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4351  phage late control gene D protein  27.03 
 
 		 387 aa  130  3e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.395546 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2506  phage late control D family protein  29.41 
 
 		 338 aa  127  3e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1854  phage late control D family protein  29.27 
 
 		 349 aa  125  7e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.491572  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2371  phage late control D  32.44 
 
 		 356 aa  125  8.000000000000001e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2289  phage late control D family protein  29.52 
 
 		 384 aa  125  9e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.775888  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0772  tail protein D  30.06 
 
 		 331 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.325808  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2620  late control D family protein  26.44 
 
 		 333 aa  119  7.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000538396  hitchhiker  0.00000000174337 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2586  late control D family protein  26.44 
 
 		 333 aa  119  7.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.000462859  hitchhiker  0.00000849595 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02002  hypothetical protein  26.83 
 
 		 337 aa  108  1e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32130  Phage late control D protein  35.71 
 
 		 274 aa  107  4e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0698  late control D family protein  27.01 
 
 		 358 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2105  late control D family protein  24.14 
 
 		 401 aa  102  8e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0758552  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1918  pyocin R2_PP, tail formation  29.43 
 
 		 350 aa  101  1e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.319398  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1572  late control D family protein  26.49 
 
 		 386 aa  91.3  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.303406  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0857  late control D family protein  23.39 
 
 		 363 aa  89.7  6e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000149579  hitchhiker  0.00128029 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2890  late control D family protein  26.74 
 
 		 384 aa  88.2  2e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.198906  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0254  tail protein D, putative  25.62 
 
 		 325 aa  87.4  3e-16  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1151  Phage protein D-like  26.07 
 
 		 342 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0185813  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1809  late control D family protein  25.34 
 
 		 391 aa  85.5  0.000000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000332404  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0700  Phage protein D-like  25 
 
 		 328 aa  82  0.00000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4462  gp21  23.96 
 
 		 347 aa  79.3  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4546  gp47  24.4 
 
 		 347 aa  78.2  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.494674 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4547  gp47  24.63 
 
 		 347 aa  76.6  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.92987 
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4910  late control D family protein  25.07 
 
 		 329 aa  73.9  0.000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.642723 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1216  phage late control D family protein  21.96 
 
 		 339 aa  69.7  0.00000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2911  prophage MuMc02, late control gene D protein, putative  25.45 
 
 		 347 aa  57.4  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1485  phage late control D family protein  25 
 
 		 371 aa  51.6  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0928  Phage protein D-like protein  20.33 
 
 		 362 aa  50.1  0.00005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4124  late control D family protein  24.2 
 
 		 358 aa  48.1  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.442041 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>