78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3198 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3198  late control D family protein  100 
 
 		 382 aa  780    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000789216  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4389  late control gene D protein  67.79 
 
 		 389 aa  544  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.725346  normal  0.0652944 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4351  phage late control gene D protein  66.32 
 
 		 387 aa  515  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.395546 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3024  phage late control gene D protein  66.58 
 
 		 387 aa  514  1e-144  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.051519 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3476  phage late control D family protein  65.27 
 
 		 387 aa  513  1e-144  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.216601  normal  0.122645 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0998  phage late control gene D protein  66.06 
 
 		 387 aa  510  1e-143  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.780637  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3025  phage late control D family protein  56.28 
 
 		 366 aa  418  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00666291 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2193  late control gene D protein  58.08 
 
 		 364 aa  415  9.999999999999999e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2352  late control D family protein  57.81 
 
 		 364 aa  415  9.999999999999999e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.065296  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2842  phage late control D family protein  56.01 
 
 		 366 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2305  late control D family protein  57.81 
 
 		 364 aa  411  1e-114  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1359  phage late control D family protein  55.74 
 
 		 366 aa  411  1e-114  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2487  phage late control gene D protein  56.76 
 
 		 366 aa  409  1e-113  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0948  phage late control gene D protein  56.49 
 
 		 366 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.210048  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2751  late control D family protein  55.68 
 
 		 366 aa  403  1e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000516519 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0857  late control D family protein  50.66 
 
 		 363 aa  384  1e-105  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000149579  hitchhiker  0.00128029 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2665  late control D family protein  50 
 
 		 377 aa  339  4e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.132861  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4862  late control D family protein  46.96 
 
 		 383 aa  323  2e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0171627  normal  0.29405 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2889  late control D family protein  44.32 
 
 		 375 aa  322  7e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0179  late control D family protein  46.96 
 
 		 383 aa  317  2e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.457524  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1809  late control D family protein  42.11 
 
 		 391 aa  310  2.9999999999999997e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000332404  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1912  hypothetical protein  45.63 
 
 		 374 aa  308  1.0000000000000001e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0970485  normal  0.714106 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1372  phage late control D  45.22 
 
 		 338 aa  306  5.0000000000000004e-82  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.475376  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01338  bacteriophage P2 gpD protein  43.82 
 
 		 328 aa  296  4e-79  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.405212  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3315  phage late control D family protein  42.74 
 
 		 344 aa  286  5e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37340  Phage late control gene D protein-like protein  41.11 
 
 		 402 aa  281  1e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2105  late control D family protein  42.57 
 
 		 401 aa  277  2e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0758552  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1325  fels-2 prophage protein  41.57 
 
 		 366 aa  262  6.999999999999999e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.370429  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2586  late control D family protein  35.39 
 
 		 333 aa  237  2e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.000462859  hitchhiker  0.00000849595 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2620  late control D family protein  35.39 
 
 		 333 aa  237  2e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000538396  hitchhiker  0.00000000174337 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3390  tail protein D  34.46 
 
 		 347 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.231627  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1218  late control D family protein  31.64 
 
 		 347 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.868183  hitchhiker  0.000188343 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1854  phage late control D family protein  31.9 
 
 		 349 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.491572  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08150  putative phage late control gene D protein  31.65 
 
 		 329 aa  162  7e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000948229  hitchhiker  0.000300765 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32130  Phage late control D protein  43.05 
 
 		 274 aa  162  1e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3065  pyocin R2_PP, tail formation  30.23 
 
 		 347 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.561868  normal  0.32013 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1918  pyocin R2_PP, tail formation  32.39 
 
 		 350 aa  151  2e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.319398  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0772  tail protein D  32.21 
 
 		 331 aa  149  8e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.325808  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0881  late control D family protein  29.81 
 
 		 357 aa  145  1e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0986779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1278  phage late control D  29.4 
 
 		 332 aa  143  5e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.487247 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00850  putative regulator of late gene expression  59.63 
 
 		 122 aa  138  1e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00856  hypothetical protein  59.63 
 
 		 122 aa  138  1e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2045  late control D family protein  31.62 
 
 		 373 aa  138  2e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1152  late control D family protein  29.32 
 
 		 360 aa  134  1.9999999999999998e-30  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0391  phage-related tail protein  29.04 
 
 		 360 aa  133  5e-30  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1130  phage-related tail protein  29.04 
 
 		 360 aa  133  5e-30  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0753  phage late control gene D protein GPD  29.64 
 
 		 480 aa  133  6e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.514992  normal  0.317434 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4034  late control D family protein  30.62 
 
 		 344 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.356651  unclonable  0.0000000000000337876 
 
 
-
 
NC_002978  WD0567  prophage P2W3, tail protein D, putative  26.41 
 
 		 314 aa  131  2.0000000000000002e-29  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.502953  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2289  phage late control D family protein  28.69 
 
 		 384 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.775888  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3359  Phage tail protein D  35 
 
 		 324 aa  125  2e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3003  phage late control D family protein  35.29 
 
 		 324 aa  123  7e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2890  late control D family protein  29.56 
 
 		 384 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.198906  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3318  phage late control D  24.59 
 
 		 361 aa  113  6e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1572  late control D family protein  30.92 
 
 		 386 aa  112  9e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.303406  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2371  phage late control D  24.23 
 
 		 356 aa  99.8  7e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1623  phage-related tail protein  27.2 
 
 		 325 aa  97.8  3e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1151  Phage protein D-like  32.82 
 
 		 342 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0185813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2506  phage late control D family protein  31.34 
 
 		 338 aa  94.4  3e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4462  gp21  29.27 
 
 		 347 aa  93.2  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4546  gp47  29.27 
 
 		 347 aa  93.2  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.494674 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4547  gp47  28.78 
 
 		 347 aa  90.5  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.92987 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0698  late control D family protein  26.52 
 
 		 358 aa  89.7  8e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0254  tail protein D, putative  23.92 
 
 		 325 aa  88.6  2e-16  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1485  phage late control D family protein  24.73 
 
 		 371 aa  87  5e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2911  prophage MuMc02, late control gene D protein, putative  33.52 
 
 		 347 aa  87  5e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0700  Phage protein D-like  23.32 
 
 		 328 aa  86.7  6e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02002  hypothetical protein  30 
 
 		 337 aa  84  0.000000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2678  putative tail protein  69.64 
 
 		 107 aa  80.9  0.00000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.705828  normal  0.016098 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4124  late control D family protein  27.6 
 
 		 358 aa  72  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.442041 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2347  hypothetical protein  27.02 
 
 		 337 aa  68.6  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0628868  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0355  late control D family protein  24.89 
 
 		 229 aa  66.2  0.0000000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0570  late control D family protein  30.56 
 
 		 342 aa  64.7  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4910  late control D family protein  28.32 
 
 		 329 aa  60.5  0.00000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.642723 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1216  phage late control D family protein  26.67 
 
 		 339 aa  57  0.0000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0928  Phage protein D-like protein  25.88 
 
 		 362 aa  48.9  0.0001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5384  Rhs element Vgr protein  26.99 
 
 		 602 aa  47  0.0006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2945  Rhs element Vgr protein  31.54 
 
 		 589 aa  46.6  0.0008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.703955  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>