75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_2193 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010465  YPK_2352  late control D family protein  96.43 
 
 
364 aa  687    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.065296  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2193  late control gene D protein  100 
 
 
364 aa  744    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2305  late control D family protein  97.8 
 
 
364 aa  692    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3025  phage late control D family protein  65.35 
 
 
366 aa  495  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00666291 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2842  phage late control D family protein  65.73 
 
 
366 aa  489  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2487  phage late control gene D protein  64.64 
 
 
366 aa  485  1e-136  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0948  phage late control gene D protein  64.36 
 
 
366 aa  485  1e-136  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.210048  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2751  late control D family protein  64.09 
 
 
366 aa  482  1e-135  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000516519 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1359  phage late control D family protein  63.48 
 
 
366 aa  477  1e-133  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3198  late control D family protein  57.38 
 
 
382 aa  414  9.999999999999999e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000789216  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4389  late control gene D protein  54.64 
 
 
389 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.725346  normal  0.0652944 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3024  phage late control gene D protein  53.25 
 
 
387 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.051519 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3476  phage late control D family protein  53.95 
 
 
387 aa  402  1e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.216601  normal  0.122645 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0998  phage late control gene D protein  52.77 
 
 
387 aa  402  1e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.780637  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4351  phage late control gene D protein  52.51 
 
 
387 aa  404  1e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.395546 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2889  late control D family protein  51 
 
 
375 aa  376  1e-103  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4862  late control D family protein  51.44 
 
 
383 aa  365  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0171627  normal  0.29405 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0179  late control D family protein  52.3 
 
 
383 aa  362  6e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.457524  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2665  late control D family protein  51.81 
 
 
377 aa  360  2e-98  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.132861  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1912  hypothetical protein  47.21 
 
 
374 aa  341  9e-93  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0970485  normal  0.714106 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0857  late control D family protein  47.69 
 
 
363 aa  330  3e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000149579  hitchhiker  0.00128029 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1809  late control D family protein  44.2 
 
 
391 aa  313  2.9999999999999996e-84  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000332404  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3315  phage late control D family protein  43.77 
 
 
344 aa  306  4.0000000000000004e-82  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01338  bacteriophage P2 gpD protein  45.09 
 
 
328 aa  300  3e-80  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.405212  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1372  phage late control D  44.29 
 
 
338 aa  297  2e-79  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.475376  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37340  Phage late control gene D protein-like protein  42.33 
 
 
402 aa  290  4e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2620  late control D family protein  42.86 
 
 
333 aa  286  2.9999999999999996e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000538396  hitchhiker  0.00000000174337 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2586  late control D family protein  42.86 
 
 
333 aa  286  2.9999999999999996e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.000462859  hitchhiker  0.00000849595 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1325  fels-2 prophage protein  42.61 
 
 
366 aa  279  6e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.370429  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2105  late control D family protein  40.69 
 
 
401 aa  254  1.0000000000000001e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0758552  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08150  putative phage late control gene D protein  32.46 
 
 
329 aa  176  7e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000948229  hitchhiker  0.000300765 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3065  pyocin R2_PP, tail formation  31.01 
 
 
347 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.561868  normal  0.32013 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00856  hypothetical protein  70.91 
 
 
122 aa  171  2e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00850  putative regulator of late gene expression  70.91 
 
 
122 aa  171  2e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1218  late control D family protein  31.32 
 
 
347 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.868183  hitchhiker  0.000188343 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3390  tail protein D  32.17 
 
 
347 aa  166  8e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.231627  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1854  phage late control D family protein  30.99 
 
 
349 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.491572  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32130  Phage late control D protein  38.43 
 
 
274 aa  161  1e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0772  tail protein D  31.88 
 
 
331 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.325808  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1918  pyocin R2_PP, tail formation  31.87 
 
 
350 aa  149  8e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.319398  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1278  phage late control D  30.45 
 
 
332 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.487247 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3359  Phage tail protein D  29.45 
 
 
324 aa  139  7e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3003  phage late control D family protein  29.45 
 
 
324 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2045  late control D family protein  30.53 
 
 
373 aa  137  4e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0881  late control D family protein  27.97 
 
 
357 aa  132  1.0000000000000001e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0986779  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0391  phage-related tail protein  28.25 
 
 
360 aa  131  2.0000000000000002e-29  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1130  phage-related tail protein  28.25 
 
 
360 aa  131  2.0000000000000002e-29  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4034  late control D family protein  30 
 
 
344 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.356651  unclonable  0.0000000000000337876 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3318  phage late control D  27.01 
 
 
361 aa  130  4.0000000000000003e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1152  late control D family protein  27.97 
 
 
360 aa  128  2.0000000000000002e-28  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2289  phage late control D family protein  25.86 
 
 
384 aa  125  8.000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.775888  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0567  prophage P2W3, tail protein D, putative  24.2 
 
 
314 aa  123  4e-27  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.502953  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0753  phage late control gene D protein GPD  27.53 
 
 
480 aa  121  1.9999999999999998e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.514992  normal  0.317434 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2371  phage late control D  26.72 
 
 
356 aa  119  6e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1623  phage-related tail protein  26.63 
 
 
325 aa  103  4e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2506  phage late control D family protein  30.57 
 
 
338 aa  103  4e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1151  Phage protein D-like  33.15 
 
 
342 aa  102  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0185813  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0700  Phage protein D-like  24.93 
 
 
328 aa  102  1e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02002  hypothetical protein  25.61 
 
 
337 aa  95.9  9e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2890  late control D family protein  29.94 
 
 
384 aa  95.9  1e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.198906  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1572  late control D family protein  29.94 
 
 
386 aa  91.3  3e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.303406  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2678  putative tail protein  54.22 
 
 
107 aa  89.4  9e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.705828  normal  0.016098 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2911  prophage MuMc02, late control gene D protein, putative  29.51 
 
 
347 aa  85.5  0.000000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4462  gp21  28.33 
 
 
347 aa  80.9  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4546  gp47  27.78 
 
 
347 aa  79.3  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.494674 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4547  gp47  27.78 
 
 
347 aa  78.2  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.92987 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0698  late control D family protein  24.37 
 
 
358 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0355  late control D family protein  25.22 
 
 
229 aa  72  0.00000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0254  tail protein D, putative  21.05 
 
 
325 aa  70.5  0.00000000004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1485  phage late control D family protein  23.71 
 
 
371 aa  70.1  0.00000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2347  hypothetical protein  23.43 
 
 
337 aa  66.6  0.0000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0628868  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1216  phage late control D family protein  22.6 
 
 
339 aa  64.7  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4910  late control D family protein  23.78 
 
 
329 aa  64.3  0.000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.642723 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4124  late control D family protein  24.08 
 
 
358 aa  53.9  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.442041 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0570  late control D family protein  25.98 
 
 
342 aa  50.8  0.00004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>