77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1218 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1218  late control D family protein  100 
 
 
347 aa  714    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.868183  hitchhiker  0.000188343 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3065  pyocin R2_PP, tail formation  82.92 
 
 
347 aa  564  1e-160  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.561868  normal  0.32013 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3390  tail protein D  74.93 
 
 
347 aa  524  1e-147  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.231627  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4034  late control D family protein  61.06 
 
 
344 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.356651  unclonable  0.0000000000000337876 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08150  putative phage late control gene D protein  54.41 
 
 
329 aa  391  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000948229  hitchhiker  0.000300765 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0772  tail protein D  55.28 
 
 
331 aa  362  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.325808  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1854  phage late control D family protein  46.6 
 
 
349 aa  311  1e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.491572  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1918  pyocin R2_PP, tail formation  43.82 
 
 
350 aa  280  2e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.319398  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32130  Phage late control D protein  48.29 
 
 
274 aa  213  3.9999999999999995e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2487  phage late control gene D protein  35.67 
 
 
366 aa  196  7e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0948  phage late control gene D protein  35.67 
 
 
366 aa  195  8.000000000000001e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.210048  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1372  phage late control D  36.62 
 
 
338 aa  195  1e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.475376  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2751  late control D family protein  35.09 
 
 
366 aa  194  2e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000516519 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2842  phage late control D family protein  34.8 
 
 
366 aa  193  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2889  late control D family protein  34.11 
 
 
375 aa  194  3e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3025  phage late control D family protein  34.5 
 
 
366 aa  192  9e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00666291 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1359  phage late control D family protein  33.33 
 
 
366 aa  187  3e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37340  Phage late control gene D protein-like protein  33.85 
 
 
402 aa  180  2.9999999999999997e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0998  phage late control gene D protein  32.22 
 
 
387 aa  176  8e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.780637  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0857  late control D family protein  32.25 
 
 
363 aa  175  8e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000149579  hitchhiker  0.00128029 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4389  late control gene D protein  32.04 
 
 
389 aa  172  5e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.725346  normal  0.0652944 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4351  phage late control gene D protein  32.22 
 
 
387 aa  171  1e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.395546 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3024  phage late control gene D protein  32.22 
 
 
387 aa  171  2e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.051519 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3198  late control D family protein  31.65 
 
 
382 aa  168  2e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000789216  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1278  phage late control D  32.04 
 
 
332 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.487247 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2352  late control D family protein  31.61 
 
 
364 aa  164  3e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.065296  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3476  phage late control D family protein  30.75 
 
 
387 aa  163  3e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.216601  normal  0.122645 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3315  phage late control D family protein  30.3 
 
 
344 aa  163  4.0000000000000004e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01338  bacteriophage P2 gpD protein  32.32 
 
 
328 aa  163  5.0000000000000005e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.405212  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1912  hypothetical protein  31.25 
 
 
374 aa  163  5.0000000000000005e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0970485  normal  0.714106 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2193  late control gene D protein  31.03 
 
 
364 aa  162  6e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1130  phage-related tail protein  30.57 
 
 
360 aa  160  3e-38  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0391  phage-related tail protein  30.57 
 
 
360 aa  160  3e-38  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1152  late control D family protein  30.46 
 
 
360 aa  159  7e-38  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2305  late control D family protein  30.75 
 
 
364 aa  159  7e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3359  Phage tail protein D  32.13 
 
 
324 aa  157  3e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0881  late control D family protein  31.86 
 
 
357 aa  155  1e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0986779  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2665  late control D family protein  32.66 
 
 
377 aa  154  2e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.132861  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3003  phage late control D family protein  31.23 
 
 
324 aa  153  5e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2620  late control D family protein  29.72 
 
 
333 aa  152  7e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000538396  hitchhiker  0.00000000174337 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2586  late control D family protein  29.72 
 
 
333 aa  152  7e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.000462859  hitchhiker  0.00000849595 
 
 
-
 
NC_002978  WD0567  prophage P2W3, tail protein D, putative  28.93 
 
 
314 aa  150  3e-35  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.502953  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1325  fels-2 prophage protein  31.5 
 
 
366 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.370429  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0753  phage late control gene D protein GPD  32.34 
 
 
480 aa  146  6e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.514992  normal  0.317434 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4862  late control D family protein  30.72 
 
 
383 aa  145  9e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0171627  normal  0.29405 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0179  late control D family protein  30.06 
 
 
383 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.457524  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2105  late control D family protein  27.73 
 
 
401 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0758552  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1809  late control D family protein  26.33 
 
 
391 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000332404  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2045  late control D family protein  29.25 
 
 
373 aa  127  4.0000000000000003e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2289  phage late control D family protein  27.08 
 
 
384 aa  123  6e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.775888  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3318  phage late control D  26.67 
 
 
361 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1572  late control D family protein  26.91 
 
 
386 aa  107  2e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.303406  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2371  phage late control D  26.97 
 
 
356 aa  108  2e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2890  late control D family protein  28.05 
 
 
384 aa  108  2e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.198906  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0698  late control D family protein  26.03 
 
 
358 aa  106  7e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4462  gp21  27.38 
 
 
347 aa  103  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4546  gp47  27.68 
 
 
347 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.494674 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4547  gp47  27.38 
 
 
347 aa  100  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.92987 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1623  phage-related tail protein  26.87 
 
 
325 aa  99.4  8e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0700  Phage protein D-like  28.75 
 
 
328 aa  92  1e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0355  late control D family protein  28.3 
 
 
229 aa  89  1e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1485  phage late control D family protein  26.57 
 
 
371 aa  84.3  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02002  hypothetical protein  25.64 
 
 
337 aa  82.8  0.000000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4910  late control D family protein  24.31 
 
 
329 aa  82.8  0.000000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.642723 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2506  phage late control D family protein  27.56 
 
 
338 aa  79.3  0.00000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0254  tail protein D, putative  23.74 
 
 
325 aa  78.6  0.0000000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2911  prophage MuMc02, late control gene D protein, putative  26.51 
 
 
347 aa  77  0.0000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1216  phage late control D family protein  22.8 
 
 
339 aa  70.1  0.00000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1151  Phage protein D-like  26.53 
 
 
342 aa  70.5  0.00000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0185813  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4124  late control D family protein  25.67 
 
 
358 aa  54.7  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.442041 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2678  putative tail protein  33.33 
 
 
107 aa  53.9  0.000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.705828  normal  0.016098 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2347  hypothetical protein  21.15 
 
 
337 aa  48.5  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0628868  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0928  Phage protein D-like protein  21.24 
 
 
362 aa  45.4  0.001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0570  late control D family protein  23.64 
 
 
342 aa  43.9  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3822  Rhs element Vgr protein  23.75 
 
 
578 aa  43.9  0.004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.112104  normal  0.0443202 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0982  hypothetical protein  25.99 
 
 
362 aa  43.1  0.007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0662  putative phage late control gene D protein  23.55 
 
 
417 aa  43.1  0.008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>