73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3065 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3065  pyocin R2_PP, tail formation  100 
 
 		 347 aa  715    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.561868  normal  0.32013 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1218  late control D family protein  83.29 
 
 		 347 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.868183  hitchhiker  0.000188343 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3390  tail protein D  76.37 
 
 		 347 aa  530  1e-149  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.231627  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4034  late control D family protein  64.26 
 
 		 344 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.356651  unclonable  0.0000000000000337876 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08150  putative phage late control gene D protein  53.96 
 
 		 329 aa  388  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000948229  hitchhiker  0.000300765 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0772  tail protein D  56.21 
 
 		 331 aa  370  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.325808  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1854  phage late control D family protein  45.99 
 
 		 349 aa  317  1e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.491572  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1918  pyocin R2_PP, tail formation  44.41 
 
 		 350 aa  297  2e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.319398  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32130  Phage late control D protein  47.44 
 
 		 274 aa  213  3.9999999999999995e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2889  late control D family protein  34.37 
 
 		 375 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1372  phage late control D  36.36 
 
 		 338 aa  189  8e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.475376  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0948  phage late control gene D protein  33.04 
 
 		 366 aa  182  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.210048  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2751  late control D family protein  32.46 
 
 		 366 aa  182  6e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000516519 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2487  phage late control gene D protein  32.46 
 
 		 366 aa  181  2e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3025  phage late control D family protein  32.16 
 
 		 366 aa  179  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00666291 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2842  phage late control D family protein  32.46 
 
 		 366 aa  179  8e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1359  phage late control D family protein  31.29 
 
 		 366 aa  174  1.9999999999999998e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01338  bacteriophage P2 gpD protein  32 
 
 		 328 aa  169  7e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.405212  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37340  Phage late control gene D protein-like protein  32.31 
 
 		 402 aa  166  4e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0998  phage late control gene D protein  31.11 
 
 		 387 aa  166  5e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.780637  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2352  late control D family protein  31.59 
 
 		 364 aa  166  6.9999999999999995e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.065296  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4389  late control gene D protein  30.94 
 
 		 389 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.725346  normal  0.0652944 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4351  phage late control gene D protein  31.39 
 
 		 387 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.395546 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2193  late control gene D protein  31.01 
 
 		 364 aa  165  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0857  late control D family protein  30.77 
 
 		 363 aa  165  1.0000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000149579  hitchhiker  0.00128029 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3024  phage late control gene D protein  31.11 
 
 		 387 aa  162  9e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.051519 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3476  phage late control D family protein  30.19 
 
 		 387 aa  161  2e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.216601  normal  0.122645 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2305  late control D family protein  30.72 
 
 		 364 aa  160  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3315  phage late control D family protein  29.14 
 
 		 344 aa  160  3e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2586  late control D family protein  31.27 
 
 		 333 aa  160  4e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.000462859  hitchhiker  0.00000849595 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2620  late control D family protein  31.27 
 
 		 333 aa  160  4e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000538396  hitchhiker  0.00000000174337 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1912  hypothetical protein  29.94 
 
 		 374 aa  157  3e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0970485  normal  0.714106 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1278  phage late control D  29.82 
 
 		 332 aa  157  4e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.487247 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3198  late control D family protein  29.94 
 
 		 382 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000789216  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4862  late control D family protein  30.72 
 
 		 383 aa  152  7e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0171627  normal  0.29405 
 
 
-
 
NC_002978  WD0567  prophage P2W3, tail protein D, putative  27.74 
 
 		 314 aa  152  1e-35  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.502953  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0753  phage late control gene D protein GPD  32 
 
 		 480 aa  149  8e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.514992  normal  0.317434 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0179  late control D family protein  31.03 
 
 		 383 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.457524  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0391  phage-related tail protein  29.22 
 
 		 360 aa  149  1.0000000000000001e-34  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1130  phage-related tail protein  29.22 
 
 		 360 aa  149  1.0000000000000001e-34  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1152  late control D family protein  28.7 
 
 		 360 aa  145  1e-33  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1325  fels-2 prophage protein  29.7 
 
 		 366 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.370429  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2665  late control D family protein  28.78 
 
 		 377 aa  138  1e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.132861  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3359  Phage tail protein D  28.57 
 
 		 324 aa  135  9e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0881  late control D family protein  29.85 
 
 		 357 aa  135  9e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0986779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3003  phage late control D family protein  28.57 
 
 		 324 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2045  late control D family protein  28.65 
 
 		 373 aa  123  4e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3318  phage late control D  27.88 
 
 		 361 aa  123  4e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1809  late control D family protein  26.33 
 
 		 391 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000332404  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2105  late control D family protein  26.55 
 
 		 401 aa  117  3e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0758552  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2289  phage late control D family protein  25.23 
 
 		 384 aa  117  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.775888  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2371  phage late control D  27.58 
 
 		 356 aa  113  5e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0698  late control D family protein  25.71 
 
 		 358 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2890  late control D family protein  27.64 
 
 		 384 aa  107  4e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.198906  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1572  late control D family protein  25.92 
 
 		 386 aa  102  9e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.303406  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1623  phage-related tail protein  26.19 
 
 		 325 aa  101  2e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4462  gp21  27.46 
 
 		 347 aa  97.1  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4546  gp47  26.87 
 
 		 347 aa  95.1  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.494674 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4547  gp47  26.27 
 
 		 347 aa  90.9  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.92987 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2506  phage late control D family protein  27.78 
 
 		 338 aa  89  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1485  phage late control D family protein  26.21 
 
 		 371 aa  87.4  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4910  late control D family protein  25.23 
 
 		 329 aa  87  4e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.642723 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0700  Phage protein D-like  26.73 
 
 		 328 aa  85.1  0.000000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0355  late control D family protein  27.18 
 
 		 229 aa  82.8  0.000000000000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2911  prophage MuMc02, late control gene D protein, putative  32.92 
 
 		 347 aa  82.4  0.000000000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02002  hypothetical protein  25.96 
 
 		 337 aa  79.3  0.00000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0254  tail protein D, putative  23.81 
 
 		 325 aa  77.8  0.0000000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1216  phage late control D family protein  24.17 
 
 		 339 aa  73.9  0.000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1151  Phage protein D-like  27.24 
 
 		 342 aa  72.8  0.000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0185813  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0928  Phage protein D-like protein  21.65 
 
 		 362 aa  56.2  0.0000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2678  putative tail protein  33.8 
 
 		 107 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.705828  normal  0.016098 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2347  hypothetical protein  22.49 
 
 		 337 aa  48.9  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0628868  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4124  late control D family protein  23.56 
 
 		 358 aa  47.4  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.442041 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>