More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_3420 on replicon NC_009427
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009427  Saro_3420  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
252 aa  491  9.999999999999999e-139  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.264483  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.19 
 
 
258 aa  222  4.9999999999999996e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.465274  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1751  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.09 
 
 
257 aa  209  4e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0168825 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.9 
 
 
257 aa  208  7e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4233  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.68 
 
 
257 aa  205  6e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 
254 aa  200  1.9999999999999998e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7068  SDR family dehydrogenase/reductase  42.28 
 
 
257 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.894165 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 
254 aa  194  1e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0597888  normal  0.281853 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.19 
 
 
255 aa  185  6e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.844576  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.78 
 
 
255 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4043  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.75 
 
 
254 aa  182  3e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3478  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.78 
 
 
255 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0236  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.31 
 
 
255 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00815339 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5098  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
255 aa  180  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.77 
 
 
258 aa  179  4e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.13463  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4745  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.9 
 
 
254 aa  177  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.146753  normal  0.0678899 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3705  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
255 aa  175  6e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.551214  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2264  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
255 aa  175  7e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.136651  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1822  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.08 
 
 
256 aa  170  2e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.675058  normal  0.0165705 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.82 
 
 
256 aa  160  1e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0224  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  39.02 
 
 
255 aa  159  4e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.717009 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4321  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.57 
 
 
255 aa  158  6e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0121776  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4902  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
254 aa  158  9e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.19521  normal  0.023029 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2614  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
257 aa  157  1e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.042976  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
260 aa  157  1e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0407787  normal  0.415093 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3037  short chain dehydrogenase  38 
 
 
254 aa  156  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0519224  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.75 
 
 
255 aa  156  3e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3219  short chain dehydrogenase  38 
 
 
254 aa  155  8e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.28746  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.4 
 
 
274 aa  154  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.686827  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5719  short chain dehydrogenase  37.2 
 
 
254 aa  153  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0833  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.4 
 
 
264 aa  153  2e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.943755 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4337  short chain dehydrogenase  37.2 
 
 
254 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351229  normal  0.909494 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2452  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
256 aa  152  4e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.358595  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4263  gluconate 5-dehydrogenase  36.5 
 
 
263 aa  152  4e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5079  short chain dehydrogenase  37.2 
 
 
260 aa  152  5e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.703587  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.46 
 
 
261 aa  152  5.9999999999999996e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.806821  normal  0.214566 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6836  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.77 
 
 
259 aa  152  7e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.394349  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.65 
 
 
247 aa  151  8e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000108862  hitchhiker  0.000102827 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.45 
 
 
262 aa  151  8.999999999999999e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2801  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.08 
 
 
249 aa  151  8.999999999999999e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 
255 aa  151  1e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2862  short chain dehydrogenase  36.14 
 
 
255 aa  150  1e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3515  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.57 
 
 
255 aa  151  1e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3637  short chain dehydrogenase  36.4 
 
 
254 aa  150  2e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4714  short chain dehydrogenase  36.4 
 
 
254 aa  150  2e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0274692  decreased coverage  0.00406557 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1540  gluconate 5-dehydrogenase  36.76 
 
 
255 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0166996  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0471  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
256 aa  150  3e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0646  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 
260 aa  149  3e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5018  short chain dehydrogenase  36.8 
 
 
254 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5842  short chain dehydrogenase  36.8 
 
 
254 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.443713  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2534  gluconate 5-dehydrogenase  38.19 
 
 
262 aa  149  3e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3622  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.9 
 
 
255 aa  150  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.808003  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2143  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
251 aa  149  5e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.00162277  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
250 aa  149  5e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
256 aa  148  6e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.26 
 
 
277 aa  149  6e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281211  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.06 
 
 
254 aa  148  8e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.251484  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3035  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.43 
 
 
251 aa  148  8e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.810122 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4747  gluconate 5-dehydrogenase  36.61 
 
 
254 aa  148  9e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04132  gluconate 5-dehydrogenase  36.61 
 
 
254 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.61 
 
 
254 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0947  gluconate 5-dehydrogenase oxidoreductase protein  36.65 
 
 
258 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.815693 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4522  gluconate 5-dehydrogenase  36.61 
 
 
254 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0305607  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.73 
 
 
252 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2389  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.36 
 
 
255 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04096  hypothetical protein  36.61 
 
 
254 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1164  gluconate 5-dehydrogenase  36.22 
 
 
263 aa  147  1.0000000000000001e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5273  short chain dehydrogenase  36.8 
 
 
254 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.15 
 
 
257 aa  147  2.0000000000000003e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.355177  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
254 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.393683 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1373  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.89 
 
 
248 aa  146  2.0000000000000003e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124306  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5278  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.29 
 
 
249 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.917289 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.61 
 
 
254 aa  146  3e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.40266  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11957  short chain dehydrogenase  35.86 
 
 
255 aa  146  3e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0556392  normal  0.717734 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0948  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  41.06 
 
 
249 aa  146  4.0000000000000006e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000118605  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1503  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.44 
 
 
248 aa  146  4.0000000000000006e-34  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.63 
 
 
254 aa  145  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.203579  normal  0.799434 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.98 
 
 
255 aa  146  4.0000000000000006e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01588  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  36.89 
 
 
255 aa  145  5e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2023  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.89 
 
 
255 aa  145  5e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.444586  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2011  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  36.89 
 
 
255 aa  145  5e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.617976  normal  0.65251 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.62 
 
 
256 aa  145  5e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0601767 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2331  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  36.89 
 
 
255 aa  145  5e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01578  hypothetical protein  36.89 
 
 
255 aa  145  5e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1806  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  36.89 
 
 
255 aa  145  5e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1694  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  36.48 
 
 
255 aa  145  5e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.49 
 
 
261 aa  145  5e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1313  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 
262 aa  145  6e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.133593  normal  0.554394 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1580  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  36.89 
 
 
255 aa  145  6e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2339  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.56 
 
 
251 aa  145  6e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.195862  normal  0.0790399 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1875  tropinone reductase  36.11 
 
 
258 aa  145  6e-34  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3287  short chain dehydrogenase  39.2 
 
 
256 aa  145  7.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6406  short chain dehydrogenase  35.2 
 
 
254 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1940  tropinone reductase  36.11 
 
 
258 aa  145  7.0000000000000006e-34  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.803191  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
263 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0949  gluconate 5-dehydrogenase  37.5 
 
 
264 aa  145  7.0000000000000006e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000161447 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0950  short chain dehydrogenase  39.2 
 
 
256 aa  145  7.0000000000000006e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.477872  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1827  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  36.89 
 
 
255 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3420  short chain dehydrogenase  39.2 
 
 
256 aa  145  7.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0769277  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5045  short chain dehydrogenase  35.2 
 
 
254 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>