More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_3622 on replicon NC_009050
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009050  Rsph17029_3622  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
255 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.808003  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.75 
 
 
256 aa  356  1.9999999999999998e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1540  gluconate 5-dehydrogenase  64.29 
 
 
255 aa  337  8e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0166996  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0946  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.7 
 
 
255 aa  333  2e-90  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.245481  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.45 
 
 
254 aa  325  5e-88  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.40266  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.03 
 
 
255 aa  308  5e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.51 
 
 
257 aa  286  2e-76  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.355177  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.16 
 
 
255 aa  276  2e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0471  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.36 
 
 
256 aa  273  3e-72  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.15 
 
 
256 aa  272  5.000000000000001e-72  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0947  gluconate 5-dehydrogenase oxidoreductase protein  51.57 
 
 
258 aa  269  2.9999999999999997e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.815693 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2452  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.36 
 
 
256 aa  267  1e-70  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.358595  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.74 
 
 
261 aa  263  1e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.718128 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3756  gluconate 5-dehydrogenase  48.4 
 
 
257 aa  258  5.0000000000000005e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7084  gluconate 5-dehydrogenase  47.45 
 
 
255 aa  253  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3524  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.4 
 
 
272 aa  253  2.0000000000000002e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.382394  normal  0.103507 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4511  gluconate 5-dehydrogenase  47.22 
 
 
254 aa  251  6e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6414  gluconate 5-dehydrogenase  46.43 
 
 
254 aa  249  4e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0118789  normal  0.389185 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3288  gluconate 5-dehydrogenase  47.18 
 
 
254 aa  248  9e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.978364  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5032  gluconate 5-dehydrogenase  49.8 
 
 
252 aa  245  4.9999999999999997e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.930013  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3725  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.24 
 
 
269 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.725023  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.24 
 
 
257 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.600374  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46750  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.8 
 
 
257 aa  243  1.9999999999999999e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.658343  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0777  gluconate 5-dehydrogenase  48.63 
 
 
251 aa  243  3e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.618291  hitchhiker  0.00200145 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1591  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.16 
 
 
265 aa  242  3.9999999999999997e-63  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.222007  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0620  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.63 
 
 
255 aa  241  7e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.58504  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.46 
 
 
257 aa  240  2e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.46 
 
 
257 aa  240  2e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1800  gluconate 5-dehydrogenase  45.97 
 
 
254 aa  237  2e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.69698  normal  0.0411543 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1470  gluconate 5-dehydrogenase  45.97 
 
 
254 aa  237  2e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1576  gluconate 5-dehydrogenase  45.97 
 
 
289 aa  237  2e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.106738  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5798  gluconate 5-dehydrogenase  49.8 
 
 
251 aa  236  4e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.475551  hitchhiker  0.00243591 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0349  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  45.28 
 
 
257 aa  234  8e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.202503  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4263  gluconate 5-dehydrogenase  43.87 
 
 
263 aa  234  1.0000000000000001e-60  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4887  gluconate 5-dehydrogenase  43.55 
 
 
254 aa  233  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.851377  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9124  gluconate 5-dehydrogenase  45.82 
 
 
256 aa  232  4.0000000000000004e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.991877  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4831  gluconate 5-dehydrogenase  43.55 
 
 
254 aa  231  6e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4738  gluconate 5-dehydrogenase  43.55 
 
 
254 aa  231  8.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.120281 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4768  gluconate 5-dehydrogenase  43.55 
 
 
254 aa  231  8.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.136475  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.22 
 
 
253 aa  229  2e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4868  gluconate 5-dehydrogenase  43.15 
 
 
254 aa  230  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.113188 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0949  gluconate 5-dehydrogenase  44.57 
 
 
264 aa  229  3e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000161447 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0222  gluconate 5-dehydrogenase  43.37 
 
 
254 aa  229  5e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4747  gluconate 5-dehydrogenase  42.74 
 
 
254 aa  228  8e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04132  gluconate 5-dehydrogenase  42.74 
 
 
254 aa  227  1e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.74 
 
 
254 aa  227  1e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4522  gluconate 5-dehydrogenase  42.74 
 
 
254 aa  227  1e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0305607  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04096  hypothetical protein  42.74 
 
 
254 aa  227  1e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.2 
 
 
274 aa  222  3e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.686827  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1164  gluconate 5-dehydrogenase  42.63 
 
 
263 aa  215  7e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2534  gluconate 5-dehydrogenase  42.29 
 
 
262 aa  215  7e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.87 
 
 
260 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0593655  normal  0.256231 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1904  gluconate 5-dehydrogenase  42.97 
 
 
270 aa  213  2.9999999999999995e-54  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000312184  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0490  gluconate 5-dehydrogenase  40.08 
 
 
265 aa  203  2e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5878  gluconate 5-dehydrogenase  44.53 
 
 
259 aa  202  6e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.854497  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  44.35 
 
 
254 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.95 
 
 
254 aa  195  5.000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2747  gluconate 5-dehydrogenase  46.64 
 
 
253 aa  191  9e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.583516  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0380  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.43 
 
 
266 aa  191  1e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.461648 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
259 aa  190  2e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.77 
 
 
252 aa  189  2.9999999999999997e-47  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
252 aa  187  1e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_7371  short-chain alcohol dehydrogenase  47.18 
 
 
254 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2445  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.34 
 
 
257 aa  186  4e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2389  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.83 
 
 
255 aa  185  5e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2838  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.23 
 
 
256 aa  185  6e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.936397  normal  0.224474 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.5 
 
 
257 aa  184  9e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.313012  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2006  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
265 aa  182  3e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.243411  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
257 aa  183  3e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000680094  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
255 aa  182  4.0000000000000006e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0468  gluconate 5-dehydrogenase  41.77 
 
 
251 aa  182  4.0000000000000006e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.175213  normal  0.323536 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
254 aa  182  5.0000000000000004e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0922  Short-chain alcohol dehydrogenase  41.11 
 
 
256 aa  181  9.000000000000001e-45  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00000799282  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.65 
 
 
255 aa  181  1e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6105  short-chain dehydrogenase/reductase  40.55 
 
 
265 aa  180  2e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.542291  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2646  phosphatidylserine decarboxylase  41.27 
 
 
258 aa  180  2e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.229989  normal  0.216925 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4949  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.19 
 
 
255 aa  180  2e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.220607  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0232  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.92 
 
 
251 aa  179  2.9999999999999997e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29820  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  40.87 
 
 
261 aa  179  4e-44  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.71 
 
 
257 aa  179  4e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3404  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
257 aa  179  5.999999999999999e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.102605 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2136  gluconate 5-dehydrogenase  39.43 
 
 
256 aa  178  5.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.510387  normal  0.0477177 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
255 aa  178  7e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.199732  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03889  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G14350)  40.38 
 
 
394 aa  178  8e-44  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.696227  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0277  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.86 
 
 
251 aa  177  1e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2785  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
255 aa  177  1e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0537  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.13 
 
 
256 aa  177  1e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2829  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
255 aa  177  1e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.150517  normal  0.215397 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
260 aa  177  1e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0407787  normal  0.415093 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1283  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.13 
 
 
258 aa  176  2e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000166105  normal  0.890214 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
254 aa  176  3e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0672528  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0669  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.29 
 
 
259 aa  176  4e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0399726  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.39 
 
 
262 aa  176  4e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2902  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.09 
 
 
261 aa  175  7e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.773254  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2921  dehydrogenase  38.82 
 
 
261 aa  175  7e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.932836 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0498  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.91 
 
 
252 aa  174  8e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.726139  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2074  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.13 
 
 
257 aa  175  8e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00108701 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2380  gluconate 5-dehydrogenase  41.37 
 
 
256 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.667021  decreased coverage  0.0022048 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.15 
 
 
251 aa  173  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6825  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.73 
 
 
255 aa  172  5e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.966986 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>