More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5798 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_5798  gluconate 5-dehydrogenase  100 
 
 
251 aa  506  9.999999999999999e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.475551  hitchhiker  0.00243591 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5032  gluconate 5-dehydrogenase  82.14 
 
 
252 aa  415  9.999999999999999e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.930013  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0777  gluconate 5-dehydrogenase  78.88 
 
 
251 aa  409  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.618291  hitchhiker  0.00200145 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3756  gluconate 5-dehydrogenase  69.29 
 
 
257 aa  352  2.9999999999999997e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6414  gluconate 5-dehydrogenase  69.72 
 
 
254 aa  351  5e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0118789  normal  0.389185 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7084  gluconate 5-dehydrogenase  68.63 
 
 
255 aa  350  8e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4511  gluconate 5-dehydrogenase  69.32 
 
 
254 aa  348  4e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9124  gluconate 5-dehydrogenase  66.14 
 
 
256 aa  337  8e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.991877  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.14 
 
 
255 aa  329  3e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.64 
 
 
261 aa  328  6e-89  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.718128 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0947  gluconate 5-dehydrogenase oxidoreductase protein  63.75 
 
 
258 aa  313  1.9999999999999998e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.815693 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0349  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  62 
 
 
257 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.202503  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3725  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.6 
 
 
269 aa  305  4.0000000000000004e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.725023  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.35 
 
 
257 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.600374  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.56 
 
 
257 aa  299  2e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.56 
 
 
257 aa  299  2e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46750  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.43 
 
 
257 aa  298  6e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.658343  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3524  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58 
 
 
272 aa  293  3e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.382394  normal  0.103507 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0620  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.61 
 
 
255 aa  284  9e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.58504  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.49 
 
 
253 aa  280  1e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.33 
 
 
257 aa  264  8.999999999999999e-70  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.355177  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.12 
 
 
256 aa  261  8e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1576  gluconate 5-dehydrogenase  50.6 
 
 
289 aa  258  6e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.106738  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3288  gluconate 5-dehydrogenase  49.8 
 
 
254 aa  258  6e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.978364  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1591  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.83 
 
 
265 aa  258  7e-68  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.222007  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0222  gluconate 5-dehydrogenase  50.6 
 
 
254 aa  257  1e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1800  gluconate 5-dehydrogenase  50.2 
 
 
254 aa  257  2e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.69698  normal  0.0411543 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1470  gluconate 5-dehydrogenase  50.2 
 
 
254 aa  257  2e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2452  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.6 
 
 
256 aa  255  5e-67  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.358595  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0471  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.8 
 
 
256 aa  254  6e-67  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4747  gluconate 5-dehydrogenase  50.2 
 
 
254 aa  253  3e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.8 
 
 
256 aa  251  6e-66  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04132  gluconate 5-dehydrogenase  49.8 
 
 
254 aa  251  7e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
254 aa  251  7e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4522  gluconate 5-dehydrogenase  49.8 
 
 
254 aa  251  7e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0305607  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04096  hypothetical protein  49.8 
 
 
254 aa  251  7e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.81 
 
 
254 aa  250  2e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.40266  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1540  gluconate 5-dehydrogenase  48.43 
 
 
255 aa  246  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0166996  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4887  gluconate 5-dehydrogenase  48.21 
 
 
254 aa  246  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.851377  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4831  gluconate 5-dehydrogenase  48.61 
 
 
254 aa  244  6.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4738  gluconate 5-dehydrogenase  48.21 
 
 
254 aa  244  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.120281 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4768  gluconate 5-dehydrogenase  48.21 
 
 
254 aa  244  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.136475  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4868  gluconate 5-dehydrogenase  48.21 
 
 
254 aa  243  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.113188 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0946  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.03 
 
 
255 aa  242  3e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.245481  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3622  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.02 
 
 
255 aa  229  4e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.808003  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0949  gluconate 5-dehydrogenase  43.19 
 
 
264 aa  224  1e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000161447 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4263  gluconate 5-dehydrogenase  45.53 
 
 
263 aa  219  5e-56  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.64 
 
 
255 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1164  gluconate 5-dehydrogenase  41.73 
 
 
263 aa  211  5.999999999999999e-54  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2534  gluconate 5-dehydrogenase  42.13 
 
 
262 aa  204  1e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0490  gluconate 5-dehydrogenase  41.76 
 
 
265 aa  204  1e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.06 
 
 
260 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0593655  normal  0.256231 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1904  gluconate 5-dehydrogenase  41.8 
 
 
270 aa  199  3e-50  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000312184  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2389  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  45.42 
 
 
255 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
254 aa  196  2.0000000000000003e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.6 
 
 
274 aa  194  9e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.686827  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0277  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  44.58 
 
 
251 aa  189  5e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.4 
 
 
257 aa  188  5.999999999999999e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.313012  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
259 aa  188  5.999999999999999e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0468  gluconate 5-dehydrogenase  44.84 
 
 
251 aa  187  1e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.175213  normal  0.323536 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  41.43 
 
 
254 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1283  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.2 
 
 
258 aa  186  4e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000166105  normal  0.890214 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.04 
 
 
254 aa  186  4e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2136  gluconate 5-dehydrogenase  39.2 
 
 
256 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.510387  normal  0.0477177 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0396  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.43 
 
 
258 aa  183  2.0000000000000003e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0232  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  43.62 
 
 
251 aa  182  4.0000000000000006e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0392  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.04 
 
 
258 aa  182  5.0000000000000004e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 
252 aa  181  8.000000000000001e-45  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
252 aa  180  2e-44  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0537  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  43.95 
 
 
256 aa  180  2e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6091  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 
260 aa  179  4e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.50583  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5878  gluconate 5-dehydrogenase  45.71 
 
 
259 aa  179  4e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.854497  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29820  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  41.57 
 
 
261 aa  179  4.999999999999999e-44  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3035  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  46.5 
 
 
251 aa  179  4.999999999999999e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.810122 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2747  gluconate 5-dehydrogenase  44.27 
 
 
253 aa  178  9e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.583516  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
255 aa  176  3e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
253 aa  176  4e-43  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0335723  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0380  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
266 aa  176  4e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.461648 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2380  gluconate 5-dehydrogenase  40.8 
 
 
256 aa  176  4e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.667021  decreased coverage  0.0022048 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.29 
 
 
257 aa  174  9e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0118  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.4 
 
 
256 aa  174  1.9999999999999998e-42  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_7371  short-chain alcohol dehydrogenase  43.6 
 
 
254 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1909  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.8 
 
 
253 aa  172  5e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00371976  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2133  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.98 
 
 
241 aa  172  5e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.617453 
 
 
-
 
NC_006670  CNA01160  LSDR, putative  39.18 
 
 
293 aa  171  9e-42  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.86 
 
 
251 aa  171  1e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.400321  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0669  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.15 
 
 
259 aa  170  2e-41  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0399726  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0481  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.56 
 
 
241 aa  169  3e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
255 aa  169  4e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710312  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2838  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
256 aa  169  5e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.936397  normal  0.224474 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
254 aa  168  7e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.203579  normal  0.799434 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0922  Short-chain alcohol dehydrogenase  38.31 
 
 
256 aa  168  8e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00000799282  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2306  gluconate 5-dehydrogenase  40.08 
 
 
262 aa  168  9e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00833457 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0987  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.46 
 
 
251 aa  167  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2383  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.46 
 
 
253 aa  167  1e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
257 aa  167  1e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000680094  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0935  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.46 
 
 
251 aa  167  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3369  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.46 
 
 
251 aa  167  1e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.589225 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2202  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.57 
 
 
253 aa  167  1e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0773662  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3515  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.43 
 
 
255 aa  167  1e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>