More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3338 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
253 aa  506  9.999999999999999e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0947  gluconate 5-dehydrogenase oxidoreductase protein  70.75 
 
 
258 aa  368  1e-101  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.815693 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3524  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.4 
 
 
272 aa  361  7.0000000000000005e-99  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.382394  normal  0.103507 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9124  gluconate 5-dehydrogenase  62.55 
 
 
256 aa  321  6e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.991877  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0777  gluconate 5-dehydrogenase  64.82 
 
 
251 aa  318  3.9999999999999996e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.618291  hitchhiker  0.00200145 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7084  gluconate 5-dehydrogenase  62.15 
 
 
255 aa  316  2e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46750  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.48 
 
 
257 aa  310  2e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.658343  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4511  gluconate 5-dehydrogenase  58.73 
 
 
254 aa  310  2e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6414  gluconate 5-dehydrogenase  58.73 
 
 
254 aa  308  8e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0118789  normal  0.389185 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3756  gluconate 5-dehydrogenase  58.89 
 
 
257 aa  306  2.0000000000000002e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04132  gluconate 5-dehydrogenase  57.89 
 
 
254 aa  306  3e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.89 
 
 
254 aa  306  3e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04096  hypothetical protein  57.89 
 
 
254 aa  306  3e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4522  gluconate 5-dehydrogenase  57.89 
 
 
254 aa  306  3e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0305607  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4747  gluconate 5-dehydrogenase  57.49 
 
 
254 aa  305  5.0000000000000004e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.63 
 
 
261 aa  303  2.0000000000000002e-81  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.718128 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0620  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.47 
 
 
255 aa  301  4.0000000000000003e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.58504  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.1 
 
 
255 aa  297  9e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4831  gluconate 5-dehydrogenase  55.87 
 
 
254 aa  296  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5798  gluconate 5-dehydrogenase  63.49 
 
 
251 aa  296  3e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.475551  hitchhiker  0.00243591 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4738  gluconate 5-dehydrogenase  55.87 
 
 
254 aa  296  3e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.120281 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4768  gluconate 5-dehydrogenase  55.87 
 
 
254 aa  296  3e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.136475  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4868  gluconate 5-dehydrogenase  55.65 
 
 
254 aa  295  4e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.113188 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5032  gluconate 5-dehydrogenase  62.06 
 
 
252 aa  295  4e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.930013  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4887  gluconate 5-dehydrogenase  55.47 
 
 
254 aa  294  9e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.851377  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3725  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.1 
 
 
269 aa  292  3e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.725023  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3288  gluconate 5-dehydrogenase  54.37 
 
 
254 aa  292  4e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.978364  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.71 
 
 
257 aa  291  7e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.71 
 
 
257 aa  291  7e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.31 
 
 
257 aa  288  4e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.600374  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0349  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  57.71 
 
 
257 aa  288  6e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.202503  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1576  gluconate 5-dehydrogenase  55.06 
 
 
289 aa  288  8e-77  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.106738  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1800  gluconate 5-dehydrogenase  54.66 
 
 
254 aa  286  2e-76  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.69698  normal  0.0411543 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1470  gluconate 5-dehydrogenase  54.66 
 
 
254 aa  286  2e-76  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.35 
 
 
257 aa  282  5.000000000000001e-75  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.355177  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0222  gluconate 5-dehydrogenase  53.23 
 
 
254 aa  281  9e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.76 
 
 
256 aa  270  2e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1591  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.17 
 
 
265 aa  267  1e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.222007  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0471  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.8 
 
 
256 aa  264  8.999999999999999e-70  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0949  gluconate 5-dehydrogenase  49.21 
 
 
264 aa  263  2e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000161447 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2452  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.6 
 
 
256 aa  262  4.999999999999999e-69  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.358595  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.8 
 
 
256 aa  261  6e-69  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1540  gluconate 5-dehydrogenase  50 
 
 
255 aa  255  5e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0166996  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4263  gluconate 5-dehydrogenase  48.62 
 
 
263 aa  254  9e-67  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.4 
 
 
254 aa  245  4e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.40266  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0946  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.83 
 
 
255 aa  240  2e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.245481  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1164  gluconate 5-dehydrogenase  45.82 
 
 
263 aa  233  2.0000000000000002e-60  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2534  gluconate 5-dehydrogenase  46.25 
 
 
262 aa  225  5.0000000000000005e-58  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.06 
 
 
260 aa  225  7e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0593655  normal  0.256231 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3622  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.22 
 
 
255 aa  222  4e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.808003  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0490  gluconate 5-dehydrogenase  45.31 
 
 
265 aa  219  3e-56  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1904  gluconate 5-dehydrogenase  44.14 
 
 
270 aa  216  2.9999999999999998e-55  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000312184  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.64 
 
 
255 aa  214  7e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42 
 
 
255 aa  199  3.9999999999999996e-50  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2389  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.63 
 
 
255 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_7371  short-chain alcohol dehydrogenase  48 
 
 
254 aa  196  3e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.6 
 
 
274 aa  194  2e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.686827  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
259 aa  191  8e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1283  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.2 
 
 
258 aa  191  9e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000166105  normal  0.890214 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.65 
 
 
254 aa  189  2e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0380  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 
266 aa  189  4e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.461648 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0468  gluconate 5-dehydrogenase  43.82 
 
 
251 aa  187  1e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.175213  normal  0.323536 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5878  gluconate 5-dehydrogenase  44.9 
 
 
259 aa  187  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.854497  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2136  gluconate 5-dehydrogenase  39.2 
 
 
256 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.510387  normal  0.0477177 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 
257 aa  184  2.0000000000000003e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
254 aa  182  6e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  40.24 
 
 
254 aa  181  8.000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.37 
 
 
257 aa  181  1e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000680094  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6091  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.89 
 
 
260 aa  179  2.9999999999999997e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.50583  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1409  gluconate 5-dehydrogenase  41.31 
 
 
260 aa  179  2.9999999999999997e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1851  gluconate 5-dehydrogenase  40 
 
 
260 aa  179  2.9999999999999997e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.198252 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1443  gluconate 5-dehydrogenase  40.86 
 
 
260 aa  179  4e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325951  normal  0.0253033 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1763  gluconate 5-dehydrogenase  40.86 
 
 
260 aa  178  5.999999999999999e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.262128 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1484  gluconate 5-dehydrogenase  40.47 
 
 
260 aa  178  5.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0155973  normal  0.0417322 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2403  gluconate 5-dehydrogenase  42.52 
 
 
258 aa  179  5.999999999999999e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.525317  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 
255 aa  177  1e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.24294  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
252 aa  177  2e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0232  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.22 
 
 
251 aa  177  2e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3515  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.32 
 
 
255 aa  176  2e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.9 
 
 
252 aa  175  5e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.06 
 
 
261 aa  174  8e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.745234  normal  0.0404538 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0922  Short-chain alcohol dehydrogenase  39.27 
 
 
256 aa  174  1.9999999999999998e-42  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00000799282  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2462  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
261 aa  172  2.9999999999999996e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4030  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  38.8 
 
 
261 aa  172  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.721493  normal  0.432125 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29820  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  42.75 
 
 
261 aa  172  3.9999999999999995e-42  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2380  gluconate 5-dehydrogenase  40.8 
 
 
256 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.667021  decreased coverage  0.0022048 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
257 aa  172  5.999999999999999e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.313012  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0939  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
261 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.919564  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  38.67 
 
 
259 aa  172  6.999999999999999e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02618  predicted deoxygluconate dehydrogenase  38.4 
 
 
261 aa  171  7.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0277  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.24 
 
 
251 aa  171  7.999999999999999e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02581  hypothetical protein  38.4 
 
 
261 aa  171  7.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3075  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.4 
 
 
261 aa  171  7.999999999999999e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0202466  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2902  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.8 
 
 
261 aa  171  1e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.773254  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2006  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.8 
 
 
265 aa  171  1e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.243411  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2913  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38 
 
 
261 aa  171  1e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.12178  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0344  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.11 
 
 
258 aa  170  2e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2753  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.43 
 
 
260 aa  170  2e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.53957  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0396  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.9 
 
 
258 aa  170  2e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3003  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.45 
 
 
257 aa  170  2e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.605713  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>