More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0989 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0989  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 296 aa  600  1.0000000000000001e-171  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3863  LysR family transcriptional regulator  62.12 
 
 		 293 aa  382  1e-105  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3988  LysR family transcriptional regulator  62.12 
 
 		 293 aa  382  1e-105  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3159  regulatory protein, LysR  44.22 
 
 		 294 aa  239  4e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01849  transcriptional regulator  29.76 
 
 		 290 aa  100  3e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3588  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 292 aa  99.8  5e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2672  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 306 aa  93.2  4e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0510  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 311 aa  92.4  8e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143381  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1185  transcriptional regulator, LysR family  26.3 
 
 		 295 aa  92.4  9e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0161  putative transcriptional regulator  27.95 
 
 		 297 aa  91.3  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0599648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3183  LysR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 295 aa  90.9  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3184  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 295 aa  91.3  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3327  LysR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 295 aa  90.9  3e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3742  putative transcriptional regulator  28.14 
 
 		 292 aa  90.1  4e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3798  LysR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 290 aa  89.7  5e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003833  putative transcriptional regulator  28.98 
 
 		 292 aa  89.7  6e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0141  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 305 aa  89.4  6e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5842  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 302 aa  89  8e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.328842  hitchhiker  0.000251126 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2058  LysR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 304 aa  89.4  8e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.154037  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 302 aa  89  9e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2976  LysR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 313 aa  89  9e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288954 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4052  LysR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 292 aa  87.8  2e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1149  LysR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 291 aa  87.4  3e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.229306  normal  0.0812943 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0349  LysR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 294 aa  86.7  5e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1242  LysR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 292 aa  86.3  6e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.310475 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4763  LysR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 307 aa  85.9  7e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1825  transcriptional regulator, LysR family protein  24.62 
 
 		 315 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.401328  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 294 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1214  LysR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 299 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1164  transcriptional regulator, LysR family  26.94 
 
 		 302 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0760  LysR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 299 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1241  LysR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 299 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5095  transcriptional regulator, LysR family  26.94 
 
 		 302 aa  83.2  0.000000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4390  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 293 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.262876 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0421  LysR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 291 aa  82.8  0.000000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4433  LysR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 297 aa  82.8  0.000000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.942011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1037  LysR substrate-binding  26.57 
 
 		 302 aa  81.6  0.00000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.170285 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0883  transcriptional regulator, LysR family  28.95 
 
 		 291 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000429967 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0922  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 294 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.534573  normal  0.0707168 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1232  HTH-type transcription regulator, LysR family  24.81 
 
 		 287 aa  80.5  0.00000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3141  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 296 aa  80.1  0.00000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1136  LysR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 292 aa  79.3  0.00000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1422  LysR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 295 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.295916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1729  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 291 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0978912  normal  0.139934 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1342  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 292 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00332672  hitchhiker  0.00012242 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 294 aa  78.6  0.0000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0302  LysR family transcriptional regulator  25.46 
 
 		 297 aa  79  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0355  transcriptional regulator, LysR family  28.21 
 
 		 298 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3186  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 291 aa  78.2  0.0000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.992217 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0567  LysR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 326 aa  76.6  0.0000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2840  LysR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 299 aa  76.6  0.0000000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2693  LysR, substrate-binding  28.52 
 
 		 313 aa  76.6  0.0000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.426832  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0637  metal dependent phosphohydrolase  34.52 
 
 		 293 aa  76.3  0.0000000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.191049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2728  LysR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 304 aa  75.5  0.0000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159737  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0055  hypothetical protein  22.22 
 
 		 302 aa  75.1  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0489  LysR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 300 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.013623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5696  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 294 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.542935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02856  Transcriptional regulator  26.8 
 
 		 295 aa  75.1  0.000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1130  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  23.93 
 
 		 302 aa  74.3  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3489  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 291 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0943  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 294 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.167297  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1604  transcriptional regulator, LysR family  27.17 
 
 		 322 aa  74.3  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.709865  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2875  LysR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 297 aa  74.3  0.000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  26 
 
 		 294 aa  73.9  0.000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 302 aa  73.9  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1929  LysR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 308 aa  73.9  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 304 aa  73.6  0.000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.58 
 
 		 300 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0501585 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  27.02 
 
 		 300 aa  73.6  0.000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3775  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 292 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1677  LysR substrate-binding  26.74 
 
 		 296 aa  73.2  0.000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1996  transcriptional regulator, LysR family  26.74 
 
 		 296 aa  73.2  0.000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4846  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 306 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5439  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 306 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0923  putative DNA-binding transcriptional regulator  23.42 
 
 		 300 aa  73.2  0.000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5423  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 306 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0829573  normal  0.0352079 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1345  transcriptional regulator, LysR family  24.44 
 
 		 307 aa  72.8  0.000000000007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2378  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 294 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2901  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 325 aa  72.8  0.000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0129461 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1745  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 294 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2357  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 294 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  23.02 
 
 		 296 aa  72.8  0.000000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2000  putative DNA-binding transcriptional regulator  23.91 
 
 		 329 aa  72.4  0.000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000154279  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 297 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0057  hypothetical protein  23.33 
 
 		 302 aa  71.6  0.00000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 297 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5518  LysR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 292 aa  72  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.593502  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0810  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 304 aa  72  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.174247  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 297 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3576  LysR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 293 aa  71.6  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.322821  normal  0.0297722 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49340  LysR family transcriptional regulator protein  34.03 
 
 		 312 aa  72  0.00000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2373  LysR family transcriptional regulator  25.55 
 
 		 300 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0629728  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2212  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 294 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0697  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 294 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1303  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 294 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0336  LysR family transcriptional regulator  22.9 
 
 		 293 aa  71.2  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2324  LysR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 306 aa  70.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00136  transcriptional regulator  27.84 
 
 		 314 aa  70.9  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0939848  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2531  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 294 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1150  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 294 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.529975  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>