More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0339 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A0339  short chain dehydrogenase  100 
 
 
263 aa  515  1.0000000000000001e-145  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5172  short chain dehydrogenase  75.19 
 
 
259 aa  365  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144134  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4368  short chain dehydrogenase  67.68 
 
 
259 aa  352  2.9999999999999997e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.494566  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3998  short chain dehydrogenase  67.68 
 
 
259 aa  352  2.9999999999999997e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.219529  normal  0.855518 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4577  short chain dehydrogenase  66.03 
 
 
259 aa  345  3e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.795837 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0279  short chain dehydrogenase  65.02 
 
 
259 aa  343  2e-93  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.946845  normal  0.64471 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0350  short chain dehydrogenase  66.79 
 
 
260 aa  343  2e-93  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6404  short chain dehydrogenase  68.32 
 
 
259 aa  340  2e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.327689 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3525  short chain dehydrogenase  67.3 
 
 
259 aa  334  9e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.698621 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4387  short chain dehydrogenase  69.85 
 
 
260 aa  332  4e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3349  short chain dehydrogenase  62.36 
 
 
260 aa  328  4e-89  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0740  short chain dehydrogenase  64.26 
 
 
259 aa  309  2.9999999999999997e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2029  short chain dehydrogenase  64.64 
 
 
259 aa  307  9e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0368  short chain dehydrogenase  64.5 
 
 
259 aa  303  2.0000000000000002e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0765  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.31 
 
 
259 aa  297  1e-79  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0621  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.31 
 
 
259 aa  297  1e-79  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.787894 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0882  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.61 
 
 
262 aa  270  2e-71  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.845671  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0878  short chain dehydrogenase  52.47 
 
 
261 aa  266  2e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.787197  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3849  short chain dehydrogenase  51.71 
 
 
260 aa  259  2e-68  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4238  short chain dehydrogenase  52.27 
 
 
264 aa  258  8e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.210209  normal  0.968836 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6983  short chain dehydrogenase  52.47 
 
 
261 aa  257  1e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.129744  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3042  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.84 
 
 
264 aa  242  5e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2733  short chain dehydrogenase  53.31 
 
 
262 aa  238  8e-62  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.126682  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.3 
 
 
264 aa  232  6e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.319531  normal  0.0832513 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4622  short chain dehydrogenase  52.53 
 
 
258 aa  214  9.999999999999999e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5339  short chain dehydrogenase  40.77 
 
 
264 aa  171  2e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.146559  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5428  short chain dehydrogenase  40.77 
 
 
264 aa  171  2e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.819965  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.54 
 
 
176 aa  169  4e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5718  short chain dehydrogenase  40.38 
 
 
264 aa  167  1e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5918  short chain dehydrogenase  39.53 
 
 
264 aa  160  2e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0943  short chain dehydrogenase  38.98 
 
 
264 aa  155  5.0000000000000005e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4239  short chain dehydrogenase  38.97 
 
 
268 aa  155  8e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0369625 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3622  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.89 
 
 
262 aa  153  2.9999999999999998e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.154401  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3004  short chain dehydrogenase  38.43 
 
 
268 aa  150  2e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.11 
 
 
261 aa  148  8e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 
268 aa  147  2.0000000000000003e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.02 
 
 
262 aa  146  3e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2190  short chain dehydrogenase  41.47 
 
 
258 aa  145  5e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4328  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.63 
 
 
294 aa  145  9e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5651  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.18 
 
 
259 aa  140  1.9999999999999998e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.78 
 
 
261 aa  136  3.0000000000000003e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2001  putative short-chain alcohol dehydrogenase  37.55 
 
 
262 aa  136  3.0000000000000003e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.354016 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4180  putative oxidoreductase  37.93 
 
 
260 aa  135  5e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.66264  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2944  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.38 
 
 
256 aa  135  8e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.38 
 
 
256 aa  135  9e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0162  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.64 
 
 
267 aa  134  9.999999999999999e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00177695  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.62 
 
 
256 aa  134  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00849421 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3777  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 
262 aa  133  3e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31260  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  35.82 
 
 
266 aa  132  5e-30  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.974628  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.58 
 
 
263 aa  131  1.0000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.288132 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.41 
 
 
255 aa  130  2.0000000000000002e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.104801  normal  0.849017 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16490  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.94 
 
 
263 aa  129  4.0000000000000003e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.62 
 
 
256 aa  129  5.0000000000000004e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.0058487  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1131  acetoacetyl-CoA reductase  34.9 
 
 
248 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.735079  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0127  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.22 
 
 
252 aa  125  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.83 
 
 
265 aa  124  1e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.60133 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2809  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.19 
 
 
264 aa  124  1e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.53126  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
260 aa  125  1e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.628756 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
254 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.496264  normal 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3915  acetoacetyl-CoA reductase  31.25 
 
 
252 aa  124  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0610  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.84 
 
 
268 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.21 
 
 
262 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2801  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.96 
 
 
249 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1607  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.57 
 
 
248 aa  120  1.9999999999999998e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000319104  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5756  acetoacetyl-CoA reductase  34.75 
 
 
249 aa  120  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.788384  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46890  putative short-chain dehydrogenase  33.7 
 
 
264 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000947706 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0112  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
263 aa  119  4.9999999999999996e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3865  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  34.9 
 
 
277 aa  119  7e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6325  putative short-chain dehydrogenase  37.36 
 
 
260 aa  118  7.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1769  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.92 
 
 
245 aa  118  9e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.485655 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1545  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.6 
 
 
261 aa  118  9e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00435006  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2852  putative short-chain dehydrogenase/reductase  32.22 
 
 
264 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2036  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.11 
 
 
258 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3449  acetoacetyl-CoA reductase  32.42 
 
 
248 aa  117  1.9999999999999998e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0871838  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5566  acetoacetyl-CoA reductase  34.51 
 
 
248 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.431609  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1646  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.41 
 
 
237 aa  116  3e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02908  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.91 
 
 
245 aa  116  3e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1799  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.22 
 
 
261 aa  116  3.9999999999999997e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3588  hypothetical protein  34.46 
 
 
254 aa  116  5e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00208776  normal  0.410255 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002996  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  31.52 
 
 
245 aa  115  5e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000487281  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0462  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.21 
 
 
267 aa  116  5e-25  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0923  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.55 
 
 
263 aa  115  6e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.148481  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1603  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.03 
 
 
248 aa  115  6e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000401343  decreased coverage  0.000161546 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.54 
 
 
246 aa  115  6e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.86578  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.76 
 
 
244 aa  115  6e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.372052 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2241  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.2 
 
 
245 aa  115  6.9999999999999995e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000319418  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4447  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.71 
 
 
268 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4079  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.71 
 
 
268 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2143  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.48 
 
 
251 aa  114  1.0000000000000001e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.00162277  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2157  acetoacetyl-CoA reductase  34.25 
 
 
264 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.722529  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2771  acetoacetyl-CoA reductase  34.25 
 
 
264 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4514  acetoacetyl-CoA reductase  31.73 
 
 
241 aa  115  1.0000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.59438 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3138  oxidoreductase protein  35.45 
 
 
262 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.06 
 
 
262 aa  114  2.0000000000000002e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0110  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.09 
 
 
264 aa  114  2.0000000000000002e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0585429 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2383  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.46 
 
 
263 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.378112  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2823  acetoacetyl-CoA reductase  32.94 
 
 
247 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.83 
 
 
278 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2799  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.29 
 
 
246 aa  113  3e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.786413  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2690  acetoacetyl-CoA reductase  33.07 
 
 
247 aa  113  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0685514  normal  0.204101 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>