More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2453 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_2453  inner-membrane translocator  100 
 
 		 289 aa  554  1e-157  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.768144  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2060  inner-membrane translocator  99.31 
 
 		 289 aa  549  1e-155  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2248  transmembrane ABC transporter protein  92.04 
 
 		 289 aa  443  1e-123  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0687971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4007  inner-membrane translocator  79.24 
 
 		 287 aa  379  1e-104  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4781  putative branched-chain amino acid ABC transport system permease  76.9 
 
 		 288 aa  350  2e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0372095  normal  0.329091 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1587  inner-membrane translocator  56.25 
 
 		 288 aa  317  1e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4558  inner-membrane translocator  57.29 
 
 		 288 aa  316  3e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.815893  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1580  inner-membrane translocator  56.6 
 
 		 288 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.647042 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5706  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  59.17 
 
 		 289 aa  307  1.0000000000000001e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.407647  normal  0.956551 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0289  inner-membrane translocator  60.49 
 
 		 290 aa  306  3e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2729  inner-membrane translocator  62.02 
 
 		 290 aa  305  5.0000000000000004e-82  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.279205  decreased coverage  0.00299657 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3383  inner-membrane translocator  60.63 
 
 		 290 aa  301  1e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0509603 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1748  inner-membrane translocator  59.44 
 
 		 290 aa  300  2e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.294925  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0160  inner-membrane translocator  60.84 
 
 		 311 aa  299  3e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5149  inner-membrane translocator  56.62 
 
 		 274 aa  251  1e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.416573 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0649  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  46.21 
 
 		 289 aa  237  1e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3731  inner-membrane translocator  46.21 
 
 		 289 aa  238  1e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1178  inner-membrane translocator  46.37 
 
 		 288 aa  231  9e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2271  inner-membrane translocator  46.02 
 
 		 289 aa  225  8e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.921298  normal  0.585688 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1364  inner-membrane translocator  49.3 
 
 		 290 aa  219  5e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.934292 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3184  inner-membrane translocator  43.4 
 
 		 287 aa  215  7e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.819999 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3476  inner-membrane translocator  43.55 
 
 		 287 aa  210  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.218874 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4218  inner-membrane translocator  42.71 
 
 		 287 aa  199  3e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.745671  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5445  ABC transporter membrane spanning protein  44.13 
 
 		 285 aa  197  2.0000000000000003e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.596659  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4296  inner-membrane translocator  38.6 
 
 		 289 aa  187  2e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  37.01 
 
 		 286 aa  168  9e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  36.43 
 
 		 287 aa  167  2.9999999999999998e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  36.07 
 
 		 287 aa  166  4e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  36.07 
 
 		 287 aa  165  8e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4745  inner-membrane translocator  33.57 
 
 		 287 aa  160  2e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.397028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1227  inner-membrane translocator  34.55 
 
 		 288 aa  149  7e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358415  normal  0.0652986 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1288  inner-membrane translocator  38.75 
 
 		 294 aa  148  8e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3173  inner-membrane translocator  37.8 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0071568  normal  0.950113 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2951  inner-membrane translocator  34.77 
 
 		 315 aa  146  4.0000000000000006e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.59787 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0213  inner-membrane translocator  34.41 
 
 		 293 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.337  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3999  inner-membrane translocator  36.76 
 
 		 308 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1505  inner-membrane translocator  37.72 
 
 		 294 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1018  inner-membrane translocator  33.45 
 
 		 286 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0734  inner-membrane translocator  33.1 
 
 		 286 aa  143  3e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0078  inner-membrane translocator  35 
 
 		 290 aa  142  5e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3652  inner-membrane translocator  35.13 
 
 		 293 aa  142  5e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4821  inner-membrane translocator  32.86 
 
 		 313 aa  140  1.9999999999999998e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1991  inner-membrane translocator  31.17 
 
 		 306 aa  139  3.9999999999999997e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1330  inner-membrane translocator  34.55 
 
 		 288 aa  139  7e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  37.37 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0086  inner-membrane translocator  34.77 
 
 		 290 aa  138  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1242  inner-membrane translocator  34.36 
 
 		 628 aa  137  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6212  inner-membrane translocator  33.81 
 
 		 286 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3499  urea ABC transporter, permease protein UrtB  34.71 
 
 		 296 aa  136  4e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0664  inner-membrane translocator  36.43 
 
 		 286 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0176  inner-membrane translocator  34.69 
 
 		 306 aa  136  5e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.535047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0793  inner-membrane translocator  33.9 
 
 		 306 aa  135  6.0000000000000005e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.901447 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3269  inner-membrane translocator  34.13 
 
 		 305 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0852  inner-membrane translocator  34.4 
 
 		 288 aa  135  8e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.147102  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0618  inner-membrane translocator  36.43 
 
 		 286 aa  135  9e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0658  inner-membrane translocator  36.43 
 
 		 286 aa  135  9e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.585154  normal  0.0364428 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1582  inner-membrane translocator  35.59 
 
 		 286 aa  135  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4661  inner-membrane translocator  34.16 
 
 		 290 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2937  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.6 
 
 		 287 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3328  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.94 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3697  inner-membrane translocator  35.48 
 
 		 291 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2777  urea ABC transporter, permease protein UrtB  34.59 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3459  inner-membrane translocator  34.05 
 
 		 286 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1794  inner-membrane translocator  33.57 
 
 		 293 aa  133  3e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.385321  hitchhiker  0.00053204 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2121  inner-membrane translocator  32.89 
 
 		 306 aa  133  3.9999999999999996e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.459721 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3211  inner-membrane translocator  37.14 
 
 		 285 aa  133  3.9999999999999996e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.64226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2062  inner-membrane translocator  32.06 
 
 		 353 aa  133  3.9999999999999996e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.813813  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1606  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  31.69 
 
 		 294 aa  132  5e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0197  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.69 
 
 		 294 aa  132  5e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.294895  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4063  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  31.69 
 
 		 294 aa  132  5e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.974177  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3374  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  31.69 
 
 		 294 aa  132  5e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3989  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  31.69 
 
 		 294 aa  132  5e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2996  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  31.69 
 
 		 294 aa  132  5e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2417  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.14 
 
 		 293 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0499  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.48 
 
 		 286 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0809896  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2900  inner-membrane translocator  35.94 
 
 		 291 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2565  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.07 
 
 		 286 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  34.38 
 
 		 290 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0897  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.33 
 
 		 295 aa  131  1.0000000000000001e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4644  inner-membrane translocator  35.13 
 
 		 291 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.706844  normal  0.122145 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0956  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.99 
 
 		 295 aa  129  5.0000000000000004e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.824506  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3492  ABC transporter membrane spanning protein (urea/amide)  33.45 
 
 		 542 aa  129  5.0000000000000004e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.290236  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4476  branched-chain amino acid ABC transporter permease  33.81 
 
 		 285 aa  129  6e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.903087  normal  0.0213123 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2204  inner-membrane translocator  33.79 
 
 		 300 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.749515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2771  inner-membrane translocator  33.81 
 
 		 288 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0497861  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3210  inner-membrane translocator  35.31 
 
 		 527 aa  128  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.380368  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4487  inner-membrane translocator  35.62 
 
 		 306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3210  inner-membrane translocator  31.93 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4210  inner-membrane translocator  30.17 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2554  inner-membrane translocator  32.75 
 
 		 330 aa  127  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.639448  normal  0.862916 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6434  inner-membrane translocator  32.36 
 
 		 295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.263735  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0987  inner-membrane translocator  34.12 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000226194 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1394  inner-membrane translocator  35.38 
 
 		 524 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.22997  normal  0.640869 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5128  inner-membrane translocator  30.64 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0570101 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1954  branched chain amino acid ABC transporter permease  35.69 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1444  urea ABC transporter, permease protein UrtB  32.29 
 
 		 523 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.619152  hitchhiker  0.00108111 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6573  inner-membrane translocator  36.07 
 
 		 286 aa  127  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0445304  hitchhiker  0.00930416 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3536  inner-membrane translocator  31.58 
 
 		 294 aa  126  3e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0293486 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0088  inner-membrane translocator  30.63 
 
 		 294 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.240945  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0077  inner-membrane translocator  30.63 
 
 		 294 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.981824  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>