107 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_5342 on replicon NC_012849
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012849  Rpic12D_5342  putative cointegrate resolution protein S / recombinase  100 
 
 		 277 aa  560  1.0000000000000001e-159  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1640  integrase family protein  88.56 
 
 		 320 aa  488  1e-137  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5281  integrase family protein  88.56 
 
 		 320 aa  488  1e-137  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2981  Tn4652, cointegrate resolution protein S  59.64 
 
 		 323 aa  343  2e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0457753 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2926  Phage integrase  60.15 
 
 		 312 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0537176  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25710  cointegrate resolution protein S  61.09 
 
 		 325 aa  340  1e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.602375  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2976  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  58.18 
 
 		 319 aa  339  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0607408  normal  0.0219571 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35820  cointegrate resolution protein S  59.27 
 
 		 323 aa  336  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000225241  decreased coverage  6.17783e-20 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3058  cointegrate resolution protein S  59.27 
 
 		 323 aa  336  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3109  cointegrate resolution protein S  58.52 
 
 		 319 aa  336  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00637573  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2105  integrase family protein  60.37 
 
 		 313 aa  332  5e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2392  integrase family protein  60.37 
 
 		 313 aa  332  5e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0530338  normal  0.472164 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2249  phage integrase family protein  60.22 
 
 		 319 aa  331  7.000000000000001e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.020372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2511  phage integrase  57.62 
 
 		 448 aa  326  3e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.133481 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2535  phage integrase family protein  55.93 
 
 		 326 aa  314  8e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2680  integrase family protein  56.3 
 
 		 316 aa  314  9e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3181  phage integrase family site specific recombinase  55.56 
 
 		 316 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2669  integrase family protein  55.56 
 
 		 316 aa  312  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.261954  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00624  cointegrase  58.89 
 
 		 322 aa  309  2.9999999999999997e-83  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.281729  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1987  phage integrase family protein  54.44 
 
 		 319 aa  308  6.999999999999999e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2276  integrase family protein  48.5 
 
 		 311 aa  249  3e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00370914  hitchhiker  0.000967634 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1698  Phage integrase  41.57 
 
 		 328 aa  193  2e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.265406  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1962  AP endonuclease  38.95 
 
 		 326 aa  178  9e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1382  Phage integrase  40.45 
 
 		 335 aa  171  9e-42  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3968  phage integrase family protein  38.64 
 
 		 347 aa  171  1e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4367  phage integrase family protein  38.26 
 
 		 335 aa  170  2e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02951  Phage integrase  37.5 
 
 		 336 aa  169  6e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.203842  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4316  phage integrase family protein  36.6 
 
 		 340 aa  159  5e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3964  phage integrase family protein  30.14 
 
 		 380 aa  153  2.9999999999999998e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00221994  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0008  DNA integration/recombination/inversion protein  37.4 
 
 		 314 aa  153  4e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.856285  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3041  cointegrase  34.65 
 
 		 291 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0918  integrase family protein  34.85 
 
 		 329 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.512331  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0046  putative integrase  35.56 
 
 		 189 aa  108  1e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2995  integrase family protein  29.71 
 
 		 323 aa  106  4e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.941848  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2304  phage integrase  32 
 
 		 362 aa  101  2e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0327568  normal  0.0181167 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2870  integrase family protein  32 
 
 		 322 aa  100  3e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00943332  normal  0.0896073 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6146  integrase family protein  29.89 
 
 		 311 aa  99.8  4e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2466  integrase family protein  30.53 
 
 		 342 aa  99.4  6e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0580014  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3277  phage integrase domain/SAM domain-containing protein  32.73 
 
 		 375 aa  97.4  2e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3434  phage integrase domain/SAM domain-containing protein  32.73 
 
 		 375 aa  95.9  6e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1943  phage integrase family protein  28.72 
 
 		 369 aa  95.1  1e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.171548  normal  0.0940691 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1996  phage integrase family protein  28.38 
 
 		 369 aa  95.1  1e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0736379 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1908  phage integrase family protein  31.7 
 
 		 338 aa  94.7  1e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.454202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0031  DNA integration/recombination/inversion protein  36.77 
 
 		 163 aa  95.1  1e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.976428  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2033  phage integrase family protein  29.05 
 
 		 369 aa  93.6  3e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.294731 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2384  phage integrase family site specific recombinase  26.76 
 
 		 369 aa  92  9e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3359  integrase family protein  30.97 
 
 		 307 aa  92  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2382  integrase family protein  26.58 
 
 		 354 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0941885  normal  0.501513 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7902  integrase family protein  30.21 
 
 		 353 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.356547  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4157  integrase domain-containing protein  31.32 
 
 		 366 aa  84.7  0.000000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.118927  normal  0.593362 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8481  integrase family protein  30.21 
 
 		 353 aa  83.6  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383754  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2752  integrase domain protein SAM domain protein  33.01 
 
 		 362 aa  83.2  0.000000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00014768  normal  0.023237 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4579  phage integrase  26.9 
 
 		 406 aa  82.8  0.000000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.18624  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4576  phage integrase  26.99 
 
 		 357 aa  82.4  0.000000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2263  phage integrase family protein  25.76 
 
 		 371 aa  82.4  0.000000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00650578  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2380  phage integrase family protein  26.1 
 
 		 371 aa  82.4  0.000000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.503709  normal  0.032696 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2082  integrase family protein  25.76 
 
 		 371 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.024543  hitchhiker  0.000210845 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2244  phage integrase family protein  27.35 
 
 		 380 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.111867  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2092  phage integrase family protein  25.09 
 
 		 406 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4792  integrase family protein  27.05 
 
 		 363 aa  79.3  0.00000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.00356022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2094  integrase family protein  25.52 
 
 		 400 aa  79.3  0.00000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000349759  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6972  integrase family protein  24.81 
 
 		 329 aa  79.3  0.00000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0164563  normal  0.0336098 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4548  phage integrase  25.77 
 
 		 421 aa  75.5  0.0000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.832393  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1883  site-specific recombinase XerD-like  29.6 
 
 		 649 aa  75.1  0.000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4358  phage integrase  25.95 
 
 		 408 aa  74.7  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.245213  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1553  putative integrase/recombinase  28.57 
 
 		 343 aa  74.3  0.000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9008  phage integrase family protein  26.62 
 
 		 377 aa  74.3  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8553  integrase family protein  32.05 
 
 		 424 aa  73.6  0.000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.453986  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6128  integrase family protein  26.59 
 
 		 353 aa  72.8  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.440777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6280  integrase family protein  29.74 
 
 		 335 aa  72.4  0.000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.737923 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4195  phage integrase  25.95 
 
 		 408 aa  72  0.000000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0564405  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4027  integrase family protein  25.61 
 
 		 372 aa  72  0.000000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.461361  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4820  phage integrase family protein  26.03 
 
 		 356 aa  72  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8006  integrase protein  26.87 
 
 		 378 aa  72  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5150  phage integrase domain/SAM domain-containing protein  30.52 
 
 		 399 aa  70.9  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.384118  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7008  phage integrase family protein  25.34 
 
 		 387 aa  70.5  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6311  integrase family protein  33.56 
 
 		 380 aa  68.2  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.692197  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4511  phage integrase  27.59 
 
 		 369 aa  67.8  0.0000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.694348  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3751  integrase family protein  26.47 
 
 		 369 aa  67.8  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.542126  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3780  integrase family protein  26.54 
 
 		 383 aa  66.6  0.0000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.325182  normal  0.557184 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2480  integrase family protein  27.55 
 
 		 354 aa  66.6  0.0000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.608661 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6851  integrase family protein  27.54 
 
 		 323 aa  65.1  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.100628  normal  0.271303 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4680  integrase family protein  25.7 
 
 		 346 aa  64.3  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.163759 
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4297  integrase family protein  27.6 
 
 		 394 aa  64.3  0.000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5646  integrase family protein  26.49 
 
 		 353 aa  64.3  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.575287  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9510  phage-related integrase  28.57 
 
 		 370 aa  63.5  0.000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0464246  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6161  integrase family protein  28.14 
 
 		 382 aa  63.2  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.365462  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2185  integrase family protein  28.79 
 
 		 413 aa  62.4  0.000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0291516  hitchhiker  0.00000847111 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4516  phage integrase  28.32 
 
 		 422 aa  60.8  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1674  phage integrase family protein  25.19 
 
 		 330 aa  61.2  0.00000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.198845 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1972  integrase family protein  25.73 
 
 		 359 aa  61.2  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.713568  normal  0.0793814 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5431  phage integrase family protein  33.76 
 
 		 391 aa  60.5  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.606096  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4524  phage integrase family protein  27.83 
 
 		 380 aa  59.7  0.00000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2261  phage integrase  24.43 
 
 		 353 aa  58.9  0.00000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.245925  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5471  integrase family protein  31.08 
 
 		 382 aa  58.5  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4716  phage integrase family protein  24.02 
 
 		 379 aa  57.8  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4239  hypothetical protein  26.56 
 
 		 365 aa  56.2  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0653636  normal  0.519885 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3773  integrase family protein  30.97 
 
 		 390 aa  51.6  0.00001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3042  phage integrase  29.32 
 
 		 366 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2722  phage integrase family protein  28.9 
 
 		 367 aa  49.3  0.00006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.907602  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>