More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2441 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2441  heme exporter protein CcmA  100 
 
 
210 aa  411  1e-114  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.311225 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2847  heme exporter protein CcmA  93.81 
 
 
210 aa  384  1e-106  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0803665  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4766  cytochrome c biogenesis protein CcmA  55.77 
 
 
226 aa  210  1e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4060  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.45 
 
 
211 aa  170  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.438117  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3991  cytochrome c biogenesis protein CcmA  44.44 
 
 
204 aa  159  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0370  ABC heme exporter, ATPase subunit CcmA  42.41 
 
 
228 aa  152  4e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000684252 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1217  cytochrome c biogenesis protein CcmA  43.01 
 
 
206 aa  151  7e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3896  cytochrome c biogenesis protein CcmA  42.11 
 
 
210 aa  143  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.102896  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4327  cytochrome c biogenesis protein CcmA  42.11 
 
 
210 aa  143  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1540  cytochrome c biogenesis protein CcmA  42.11 
 
 
210 aa  143  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2699  cytochrome c biogenesis protein CcmA  43.81 
 
 
209 aa  141  7e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1645  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.13 
 
 
207 aa  141  8e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0045  heme exporter protein CcmA  38.3 
 
 
210 aa  141  9e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002841  cytochrome c biogenesis ATPase component CcmA  37.68 
 
 
205 aa  140  9.999999999999999e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3024  heme exporter protein CcmA  35.24 
 
 
212 aa  139  1.9999999999999998e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03135  cytochrome c biogenesis protein CcmA  37.68 
 
 
205 aa  139  1.9999999999999998e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3508  heme exporter protein CcmA  43.06 
 
 
202 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00280297 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1364  heme exporter protein CcmA  43.01 
 
 
225 aa  137  8.999999999999999e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2791  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.71 
 
 
214 aa  135  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.324914  normal  0.539608 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0954  heme exporter protein CcmA  42.54 
 
 
188 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3393  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.13 
 
 
215 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0092  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.51 
 
 
218 aa  135  6.0000000000000005e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0094  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.51 
 
 
215 aa  134  8e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3852  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.89 
 
 
234 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.222084  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45380  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.39 
 
 
233 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0393  cytochrome c biogenesis protein CcmA  34.57 
 
 
217 aa  132  3e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06062  cytochrome c biogenesis protein CcmA  42.23 
 
 
214 aa  131  6e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0966414  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00865  cytochrome c biogenesis protein CcmA  42.23 
 
 
214 aa  131  6e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.238062  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1577  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.32 
 
 
211 aa  131  7.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0524  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40 
 
 
200 aa  131  7.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3391  cytochrome c biogenesis protein CcmA  37.95 
 
 
226 aa  131  7.999999999999999e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.371067  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4989  heme exporter protein CcmA  41.46 
 
 
204 aa  131  9e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3653  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.76 
 
 
210 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4004  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.45 
 
 
208 aa  130  1.0000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1866  ATP binding protein of heme exporter A  34.52 
 
 
223 aa  130  1.0000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1413  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.55 
 
 
210 aa  130  1.0000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.767688  normal  0.925167 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3663  heme exporter protein CcmA  45.08 
 
 
212 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.666894  hitchhiker  0.00457456 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03074  ATP binding protein of heme exporter A  36.89 
 
 
236 aa  130  2.0000000000000002e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2759  heme exporter protein CcmA  42.11 
 
 
216 aa  129  3e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0395  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.58 
 
 
218 aa  129  3e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.183524 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4659  cytochrome c biogenesis protein CcmA  37.5 
 
 
216 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000171074 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1496  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.58 
 
 
218 aa  129  4.0000000000000003e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2860  heme exporter protein CcmA  42.72 
 
 
215 aa  128  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1387  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.58 
 
 
218 aa  128  7.000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2635  heme exporter protein CcmA  42.23 
 
 
215 aa  128  7.000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4287  cytochrome c biogenesis protein CcmA  37.5 
 
 
216 aa  128  8.000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000142733 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3635  heme exporter protein CcmA  39.81 
 
 
212 aa  127  8.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2728  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.1 
 
 
206 aa  127  8.000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2281  cytochrome c biogenesis protein CcmA  34.78 
 
 
204 aa  127  9.000000000000001e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1960  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.67 
 
 
212 aa  127  9.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2438  cytochrome c biogenesis protein CcmA  43.69 
 
 
207 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.065124  normal  0.512058 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4209  cytochrome c biogenesis protein CcmA  43.69 
 
 
208 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4102  cytochrome c biogenesis protein CcmA  43.69 
 
 
208 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4151  cytochrome c biogenesis protein CcmA  43.69 
 
 
208 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2389  cytochrome c biogenesis protein CcmA  43.69 
 
 
207 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2494  cytochrome c biogenesis protein CcmA  43.69 
 
 
207 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00277722 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2597  cytochrome c biogenesis protein CcmA  43.69 
 
 
207 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.984357  normal  0.326318 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4047  cytochrome c biogenesis protein CcmA  43.69 
 
 
208 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2480  cytochrome c biogenesis protein CcmA  43.69 
 
 
207 aa  126  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0106  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.58 
 
 
205 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.557498  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0292  cytochrome c biogenesis protein CcmA  37.81 
 
 
200 aa  126  3e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0314378 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3415  heme exporter protein CcmA  39.79 
 
 
204 aa  125  4.0000000000000003e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1404  heme exporter protein CcmA  41.29 
 
 
213 aa  125  5e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2059  heme exporter protein CcmA  39.22 
 
 
229 aa  124  8.000000000000001e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4030  cytochrome c biogenesis protein CcmA  43.2 
 
 
205 aa  124  9e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0190  cytochrome c biogenesis protein CcmA  35.9 
 
 
216 aa  124  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000146102  hitchhiker  0.00172001 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2385  heme exporter protein CcmA  39.9 
 
 
207 aa  124  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00141503  hitchhiker  0.0000187001 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30450  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.3 
 
 
211 aa  124  1e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3358  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.15 
 
 
202 aa  124  1e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.502748  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2424  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.09 
 
 
210 aa  123  2e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1383  heme exporter protein CcmA  36.92 
 
 
201 aa  123  2e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.288119  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0200  cytochrome c biogenesis protein CcmA  37.13 
 
 
200 aa  123  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0402446  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0175  heme exporter protein CcmA  42.49 
 
 
215 aa  123  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.25008  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0215  cytochrome c biogenesis protein CcmA  34.9 
 
 
216 aa  122  5e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0686674  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0245  cytochrome c biogenesis protein CcmA  35.94 
 
 
217 aa  122  6e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000419227  hitchhiker  0.00343887 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0179  cytochrome c biogenesis protein CcmA  34.36 
 
 
216 aa  121  6e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1518  heme exporter protein CcmA  37.17 
 
 
215 aa  121  9.999999999999999e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1034  cytochrome c biogenesis protein CcmA  34.63 
 
 
219 aa  120  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.359278  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4188  cytochrome c biogenesis protein CcmA  37.82 
 
 
221 aa  120  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1855  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.38 
 
 
205 aa  119  3e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.125429  normal  0.876599 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0589  heme exporter protein CcmA  44.55 
 
 
214 aa  119  3.9999999999999996e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3739  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.72 
 
 
215 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1458  heme exporter protein CcmA  40.91 
 
 
205 aa  118  6e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2339  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.91 
 
 
205 aa  118  6e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0740  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.91 
 
 
205 aa  118  6e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2500  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.71 
 
 
205 aa  118  6e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1449  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.91 
 
 
205 aa  118  6e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02128  heme exporter subunit  40.91 
 
 
207 aa  118  7e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.854384  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02087  hypothetical protein  40.91 
 
 
207 aa  118  7e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.809709  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0263  cytochrome c biogenesis protein CcmA  34.9 
 
 
216 aa  117  9e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4062  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.58 
 
 
215 aa  117  9e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.722912  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0231  cytochrome c biogenesis protein CcmA  33.85 
 
 
216 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00963254  normal  0.11492 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0228  cytochrome c biogenesis protein CcmA  33.85 
 
 
216 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000507963  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4024  cytochrome c biogenesis protein CcmA  33.85 
 
 
216 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00131929  hitchhiker  0.0000298628 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2349  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.71 
 
 
205 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0228  cytochrome c biogenesis protein CcmA  33.85 
 
 
216 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0024682  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3727  cytochrome c biogenesis protein CcmA  33.85 
 
 
216 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.549494  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1284  cytochrome c biogenesis protein CcmA  35.68 
 
 
208 aa  116  1.9999999999999998e-25  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.339928  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3338  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.23 
 
 
205 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0887  cytochrome c biogenesis protein CcmA  32.12 
 
 
200 aa  115  3e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>