169 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3155 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3155  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  100 
 
 		 246 aa  495  1e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2756  putative outer membrane protein  71.54 
 
 		 241 aa  326  2.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2714  outer membrane protein  70.85 
 
 		 243 aa  325  5e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155382  normal  0.61221 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4523  putative outer-membrane protein precursor  59.11 
 
 		 237 aa  285  5e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4375  putative outer-membrane protein  56.35 
 
 		 251 aa  281  5.000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.434769  normal  0.0632497 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1567  putative outer-membrane protein precursor  59.39 
 
 		 258 aa  280  2e-74  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2756  putative outer membrane protein  57.09 
 
 		 247 aa  267  1e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0841875  normal  0.703235 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2080  putative outer-membrane protein precursor  59.46 
 
 		 251 aa  264  8e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.366829  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4376  putative outer-membrane protein  56.15 
 
 		 260 aa  249  2e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.36541  normal  0.0609964 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2763  putative outer-membrane protein precursor  51.36 
 
 		 251 aa  242  3e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.285911 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1543  putative outer-membrane protein  48.18 
 
 		 258 aa  228  1e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.403441  normal  0.192756 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4525  putative outer-membrane protein  48.61 
 
 		 257 aa  218  6e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3614  putative outer membrane protein  48.56 
 
 		 235 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4826  OmpA-like transmembrane region  43.48 
 
 		 251 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4377  putative outer-membrane protein  37.5 
 
 		 245 aa  143  3e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.222597  normal  0.062323 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2145  outer membrane protein  41.11 
 
 		 274 aa  128  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.225218  normal  0.619069 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2199  putative outer membrane protein  39.38 
 
 		 237 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3234  putative outer membrane protein  36.19 
 
 		 237 aa  125  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  37.45 
 
 		 255 aa  125  5e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  38.75 
 
 		 997 aa  122  6e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3853  porin  38.08 
 
 		 240 aa  121  9e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  36.26 
 
 		 236 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4560  outer membrane protein  41.8 
 
 		 238 aa  116  3e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.400354  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0925  porin  42.47 
 
 		 243 aa  116  3e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.743956  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0841  putative outer membrane protein  40.61 
 
 		 242 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.227029 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0278  OmpA-like transmembrane region  37.6 
 
 		 245 aa  113  3e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.670906  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4374  putative outer-membrane protein  39.29 
 
 		 248 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0950016 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0244  outer membrane protein  35.8 
 
 		 241 aa  110  3e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1941  outer membrane protein  36.95 
 
 		 254 aa  108  5e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0188  outer membrane protein  36.99 
 
 		 453 aa  108  1e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0566764  normal  0.419379 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  36.36 
 
 		 236 aa  105  4e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  33.2 
 
 		 225 aa  103  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  38.16 
 
 		 258 aa  102  8e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0866  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  35.17 
 
 		 243 aa  101  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649997 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  34.12 
 
 		 452 aa  98.6  7e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  37.79 
 
 		 248 aa  97.4  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0795  putative outer membrane protein  37.02 
 
 		 454 aa  96.7  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.755835 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  34.98 
 
 		 232 aa  96.3  4e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0873  porin  37.8 
 
 		 449 aa  95.9  5e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0140955  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4615  outer membrane protein  36.95 
 
 		 449 aa  94.7  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  31.74 
 
 		 250 aa  93.2  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0748  putative outer membrane protein  35.2 
 
 		 447 aa  91.3  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.272117 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2735  hypothetical protein  32.71 
 
 		 570 aa  90.1  3e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  33.81 
 
 		 254 aa  89.7  4e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2788  hypothetical protein  33.59 
 
 		 578 aa  89  7e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0959536  normal  0.707292 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3175  hypothetical protein  29.37 
 
 		 566 aa  88.6  8e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424838  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4691  hypothetical protein  30.71 
 
 		 562 aa  88.6  9e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0108  porin  28.4 
 
 		 244 aa  88.2  1e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.0665959 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5301  hypothetical protein  30.51 
 
 		 561 aa  87.4  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2780  hypothetical protein  31.82 
 
 		 570 aa  87.4  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0733  outer membrane protein  34.69 
 
 		 209 aa  85.9  6e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.130321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1666  OmpA-like transmembrane region  35.02 
 
 		 238 aa  84.3  0.000000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2845  outer membrane autotransporter barrel  31.3 
 
 		 652 aa  82.4  0.000000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0901  outer membrane autotransporter  32.02 
 
 		 638 aa  82.4  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4401  OmpA-like transmembrane region  30.83 
 
 		 559 aa  82  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0096  outer membrane protein, 31 kDa  32.84 
 
 		 237 aa  81.6  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4378  putative outer-membrane protein, putative secreted protein  31.92 
 
 		 212 aa  81.6  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.0231919 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  36.9 
 
 		 689 aa  80.5  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  29.43 
 
 		 255 aa  78.2  0.0000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4249  Carbohydrate-selective porin OprB  31.8 
 
 		 670 aa  76.6  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3979  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  32.1 
 
 		 262 aa  75.9  0.0000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1013  Outer membrane autotransporter barrel  30.74 
 
 		 645 aa  75.9  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.645383  normal  0.106647 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0423  outer membrane protein, 31 kDa  28.8 
 
 		 240 aa  75.5  0.0000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.91759  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3232  OmpA domain-containing protein  30.83 
 
 		 230 aa  75.5  0.0000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000209958  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  30.68 
 
 		 261 aa  74.3  0.000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  30.89 
 
 		 692 aa  73.9  0.000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1337  putative outer membrane protein  33.33 
 
 		 241 aa  73.6  0.000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  32.52 
 
 		 661 aa  73.6  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1729  putative outer membrane protein precursor  31.12 
 
 		 206 aa  73.6  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.259515 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0125  porin  27.37 
 
 		 283 aa  72.8  0.000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0329  carbohydrate-selective porin OprB  32.89 
 
 		 674 aa  72.8  0.000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3564  carbohydrate-selective porin OprB  33.49 
 
 		 724 aa  72.4  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0366  outer membrane protein Omp31  26.83 
 
 		 240 aa  72.4  0.000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0932  hypothetical protein  33.02 
 
 		 205 aa  72  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.544275  normal  0.834774 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2010  carbohydrate-selective porin OprB  29.72 
 
 		 703 aa  71.6  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.10211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0475  porin  32.44 
 
 		 283 aa  70.9  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0556645  normal  0.835122 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2286  Carbohydrate-selective porin OprB  28 
 
 		 703 aa  70.5  0.00000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.725177 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2567  hypothetical protein  32.07 
 
 		 234 aa  69.7  0.00000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7235  putative outer membrane protein  29.72 
 
 		 193 aa  69.7  0.00000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.791611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3142  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  26.48 
 
 		 240 aa  69.3  0.00000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2343  porin  28.46 
 
 		 207 aa  68.2  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3147  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  31.74 
 
 		 206 aa  67.4  0.0000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0657581  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4191  porin  30.6 
 
 		 277 aa  67  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.572189  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0819  porin  32.04 
 
 		 204 aa  66.6  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0719605  normal  0.506038 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2294  porin  30.36 
 
 		 250 aa  66.2  0.0000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5086  porin  30.17 
 
 		 274 aa  65.9  0.0000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.62657  normal  0.99686 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6124  porin  33.5 
 
 		 288 aa  65.5  0.0000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0900  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  29.72 
 
 		 207 aa  65.5  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.801875  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5028  porin  29.2 
 
 		 274 aa  65.1  0.0000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.654238  normal  0.049005 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4568  porin  29.2 
 
 		 274 aa  65.1  0.0000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170806  normal  0.117161 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3299  porin  35.96 
 
 		 287 aa  65.1  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.466189  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1363  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  30.16 
 
 		 207 aa  63.9  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.76499  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  33.53 
 
 		 662 aa  63.9  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  32.77 
 
 		 236 aa  64.3  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1238  outer membrane protein, 31 kDa  28.85 
 
 		 234 aa  63.2  0.000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2527  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  31.74 
 
 		 206 aa  62.8  0.000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.442194 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5409  porin  33.18 
 
 		 279 aa  63.2  0.000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.801907  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1972  Carbohydrate-selective porin OprB  28.32 
 
 		 703 aa  63.2  0.000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0983998 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1001  porin  32.58 
 
 		 288 aa  63.2  0.000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.221202  normal  0.319403 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1292  porin  30.96 
 
 		 276 aa  62.8  0.000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>