More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4454 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014165  Tbis_2867  AMP-dependent synthetase and ligase  61.19 
 
 
552 aa  688    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533017  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0928  AMP-dependent synthetase and ligase  58.81 
 
 
553 aa  656    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1238  AMP-dependent synthetase and ligase  60.47 
 
 
555 aa  691    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0662  AMP-dependent synthetase and ligase  68.88 
 
 
548 aa  777    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.27921  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1821  AMP-dependent synthetase and ligase  59.46 
 
 
550 aa  659    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4454  long-chain-fatty-acid-CoA ligase  100 
 
 
555 aa  1135    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.100007 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2382  AMP-dependent synthetase and ligase  52.78 
 
 
561 aa  556  1e-157  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4754  AMP-dependent synthetase and ligase  47.66 
 
 
573 aa  497  1e-139  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.548745  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  40.07 
 
 
557 aa  377  1e-103  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.61 
 
 
582 aa  353  4e-96  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.68 
 
 
561 aa  352  7e-96  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.86 
 
 
582 aa  352  8.999999999999999e-96  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.86 
 
 
563 aa  352  1e-95  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.68 
 
 
563 aa  352  1e-95  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.86 
 
 
563 aa  352  1e-95  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.86 
 
 
563 aa  352  1e-95  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.25 
 
 
561 aa  351  2e-95  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.43 
 
 
561 aa  351  2e-95  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  38.46 
 
 
566 aa  350  3e-95  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.08 
 
 
561 aa  349  8e-95  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2635  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.16 
 
 
566 aa  347  4e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000204928  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  38.97 
 
 
559 aa  344  2e-93  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  34.9 
 
 
551 aa  343  4e-93  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.21 
 
 
561 aa  343  5e-93  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  39.62 
 
 
539 aa  340  2.9999999999999998e-92  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  36.49 
 
 
583 aa  340  4e-92  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  36.99 
 
 
569 aa  338  9.999999999999999e-92  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0823  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.26 
 
 
571 aa  335  1e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0594953  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0878  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.75 
 
 
567 aa  334  2e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0253772  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0256  AMP-dependent synthetase and ligase  35.71 
 
 
583 aa  333  5e-90  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0139167 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3157  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.12 
 
 
569 aa  332  1e-89  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.61239  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  38.41 
 
 
561 aa  331  3e-89  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0807  AMP-dependent synthetase and ligase  35.35 
 
 
513 aa  330  4e-89  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3469  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.83 
 
 
559 aa  330  4e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1756  AMP-dependent synthetase and ligase  35.35 
 
 
564 aa  330  6e-89  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.598576 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  39.57 
 
 
549 aa  327  3e-88  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0371  AMP-dependent synthetase and ligase  38.34 
 
 
544 aa  326  7e-88  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00566676  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0727  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.03 
 
 
568 aa  326  8.000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0737822  normal  0.538259 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4545  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.25 
 
 
564 aa  323  5e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.18473  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0797  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.03 
 
 
568 aa  323  5e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.058688  normal  0.254571 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4502  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.02 
 
 
564 aa  322  8e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.404  normal  0.065196 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1943  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.22 
 
 
560 aa  322  9.000000000000001e-87  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3663  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.03 
 
 
565 aa  322  9.000000000000001e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.717786  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1611  AMP-dependent synthetase and ligase  35.88 
 
 
584 aa  322  9.999999999999999e-87  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.187495  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.78 
 
 
514 aa  321  3e-86  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  36.25 
 
 
565 aa  320  3.9999999999999996e-86  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  36.33 
 
 
512 aa  319  7e-86  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1725  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.57 
 
 
585 aa  319  7.999999999999999e-86  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00134138  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1015  AMP-dependent synthetase and ligase  37.04 
 
 
498 aa  319  7.999999999999999e-86  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  decreased coverage  0.00519801 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  36.7 
 
 
521 aa  318  1e-85  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3115  AMP-dependent synthetase and ligase  34.92 
 
 
584 aa  318  2e-85  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0780  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.49 
 
 
568 aa  317  3e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.324898  decreased coverage  0.00366167 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  38.26 
 
 
506 aa  317  3e-85  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1784  AMP-dependent synthetase and ligase  34.55 
 
 
590 aa  316  8e-85  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.682843  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.16 
 
 
510 aa  315  9.999999999999999e-85  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0303  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.92 
 
 
581 aa  315  9.999999999999999e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.993767  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2084  AMP-dependent synthetase and ligase  35.18 
 
 
591 aa  315  9.999999999999999e-85  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.557199 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.77 
 
 
510 aa  315  9.999999999999999e-85  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4351  AMP-dependent synthetase and ligase  37.24 
 
 
578 aa  315  9.999999999999999e-85  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2519  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.35 
 
 
562 aa  315  9.999999999999999e-85  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3077  AMP-dependent synthetase and ligase  38.3 
 
 
553 aa  315  9.999999999999999e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.96 
 
 
510 aa  314  1.9999999999999998e-84  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3549  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.47 
 
 
575 aa  314  1.9999999999999998e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.918334  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  36.63 
 
 
662 aa  314  1.9999999999999998e-84  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1398  AMP-dependent synthetase and ligase  33.81 
 
 
564 aa  315  1.9999999999999998e-84  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000129983 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.77 
 
 
510 aa  314  1.9999999999999998e-84  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0289  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.99 
 
 
554 aa  314  2.9999999999999996e-84  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.883702  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.96 
 
 
510 aa  314  2.9999999999999996e-84  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.08 
 
 
512 aa  314  2.9999999999999996e-84  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.96 
 
 
510 aa  313  4.999999999999999e-84  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.96 
 
 
510 aa  313  4.999999999999999e-84  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.57 
 
 
510 aa  313  4.999999999999999e-84  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0373  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.28 
 
 
581 aa  313  5.999999999999999e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.826783  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.77 
 
 
510 aa  313  5.999999999999999e-84  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1738  AMP-dependent synthetase and ligase  35.21 
 
 
549 aa  313  6.999999999999999e-84  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0121059  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  35.54 
 
 
577 aa  313  6.999999999999999e-84  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.305311  hitchhiker  0.00000703503 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5773  AMP-dependent synthetase and ligase  39.15 
 
 
563 aa  312  1e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.120445  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0904  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.4 
 
 
559 aa  312  1e-83  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6849  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.73 
 
 
586 aa  312  1e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.854568 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.77 
 
 
510 aa  312  1e-83  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5833  AMP-dependent synthetase and ligase  38.22 
 
 
569 aa  311  2e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2432  AMP-dependent synthetase and ligase  38.37 
 
 
508 aa  311  2.9999999999999997e-83  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2833  AMP-dependent synthetase and ligase  36.01 
 
 
568 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0839  AMP-dependent synthetase and ligase  35.03 
 
 
577 aa  310  5.9999999999999995e-83  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.36 
 
 
513 aa  309  8e-83  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4238  AMP-dependent synthetase and ligase  37.29 
 
 
527 aa  309  9e-83  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4379  AMP-dependent synthetase and ligase  38.19 
 
 
506 aa  308  1.0000000000000001e-82  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.177409 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17370  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.06 
 
 
551 aa  308  2.0000000000000002e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0381221  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1435  AMP-dependent synthetase and ligase  34.97 
 
 
577 aa  307  3e-82  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0654989  normal  0.0257553 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0394  AMP-dependent synthetase and ligase  36.23 
 
 
559 aa  307  3e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4457  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.51 
 
 
563 aa  306  5.0000000000000004e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.346578  hitchhiker  0.00901661 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1423  AMP-dependent synthetase and ligase  38.02 
 
 
510 aa  306  6e-82  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  36.55 
 
 
525 aa  306  6e-82  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2341  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.83 
 
 
560 aa  306  7e-82  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0330  AMP-dependent synthetase and ligase  33.68 
 
 
559 aa  304  2.0000000000000002e-81  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.648816  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0353  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase protein  35.98 
 
 
565 aa  304  3.0000000000000004e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.333466  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2064  long-chain fatty-acid-CoA ligase  35.87 
 
 
560 aa  304  3.0000000000000004e-81  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  33.21 
 
 
585 aa  304  3.0000000000000004e-81  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2424  AMP-dependent synthetase and ligase  34.46 
 
 
567 aa  303  6.000000000000001e-81  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3638  AMP-dependent synthetase and ligase  34.61 
 
 
543 aa  303  7.000000000000001e-81  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>