64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4005 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4005  hypothetical protein  100 
 
 		 300 aa  604  9.999999999999999e-173  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0062  fimbrial adhesin precursor  28.04 
 
 		 348 aa  70.9  0.00000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.571199  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4796  fimbrial protein FimF  33.14 
 
 		 176 aa  65.1  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3042  fimbrial protein  31.9 
 
 		 195 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000700395  normal  0.254903 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5824  fimbrial protein FimF  32.69 
 
 		 176 aa  63.2  0.000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4544  fimbrial protein FimF  32.69 
 
 		 176 aa  62.4  0.000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.596311  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3679  Fimbrial protein  32.69 
 
 		 176 aa  62.4  0.000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.544356  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04149  hypothetical protein  32.69 
 
 		 176 aa  62.4  0.000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04187  minor component of type 1 fimbriae  32.69 
 
 		 176 aa  62.4  0.000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4845  fimbrial protein FimF  32.05 
 
 		 176 aa  62.4  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0050  fimbrial protein  29.96 
 
 		 354 aa  62  0.00000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4915  protein FimF  31.41 
 
 		 176 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0060  fimbrial adhesin precursor  28.26 
 
 		 354 aa  60.1  0.00000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.485498  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1498  fimbrial protein  26.94 
 
 		 359 aa  59.7  0.00000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4253  fimbrial protein  28.52 
 
 		 336 aa  55.8  0.0000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000413623  normal  0.180606 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0027  fimbrial subunit  30.07 
 
 		 172 aa  53.9  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.036036  normal  0.161213 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0029  fimbrial subunit  30.07 
 
 		 172 aa  53.9  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2090  fimbrial protein  28.93 
 
 		 176 aa  54.3  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2033  fimbrial protein  28.93 
 
 		 176 aa  54.3  0.000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.833658  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0029  fimbrial subunit  30.07 
 
 		 172 aa  53.9  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0756629  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2233  fimbrial subunit  28.93 
 
 		 176 aa  54.3  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0918187  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4804  type-1 fimbrial protein homolog  27.63 
 
 		 165 aa  53.9  0.000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0028  fimbrial subunit  30.07 
 
 		 172 aa  53.9  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.454936  normal  0.0721141 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4842  type-1 fimbrial protein  27.63 
 
 		 165 aa  52.8  0.000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4541  type-1 fimbrial protein  27.63 
 
 		 179 aa  52.8  0.000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0222698  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6926  Fimbrial protein  24.37 
 
 		 340 aa  52.8  0.000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.289443  normal  0.816903 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04184  fimbrial protein involved in type 1 pilus biosynthesis  27.63 
 
 		 179 aa  52.8  0.000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04146  hypothetical protein  27.63 
 
 		 179 aa  52.8  0.000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3682  Fimbrial protein  27.63 
 
 		 179 aa  52.8  0.000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.548011  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1072  fimbrial protein  31.13 
 
 		 305 aa  52.8  0.000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.251459 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5821  type-1 fimbrial protein homolog  27.63 
 
 		 165 aa  52  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3393  fimbrial protein  31.82 
 
 		 176 aa  52  0.00001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0028  fimbrial protein  28.76 
 
 		 172 aa  49.7  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580839  normal  0.0519553 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2969  putative fimbrial protein  34.65 
 
 		 338 aa  49.3  0.00008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.9016 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0193  putative fimbrial subunit  28.85 
 
 		 179 aa  48.9  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0192  putative fimbrial subunit  27.92 
 
 		 179 aa  48.9  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2030  type-1 fimbrial protein, A subunit  31.41 
 
 		 323 aa  48.9  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1055  fimbrial protein  28.3 
 
 		 193 aa  48.5  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0378165 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4771  fimbrial protein  28.39 
 
 		 170 aa  47.8  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.560585  normal  0.583963 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0209  putative fimbrial subunit  28.85 
 
 		 177 aa  48.1  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2036  fimbrial protein  28.36 
 
 		 371 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.031194  normal  0.229432 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2230  type-1 fimbrial protein, A subunit  30.77 
 
 		 323 aa  47  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2087  major fimbrial subunit protein  30.77 
 
 		 323 aa  46.2  0.0006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0589  type-1 fimbrial protein, A chain  27.17 
 
 		 185 aa  46.2  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.108306  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2241  fimbrial protein  31.53 
 
 		 331 aa  45.8  0.0008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0288255  normal  0.0430038 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2878  fimbrial protein  35.87 
 
 		 175 aa  45.4  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.905487  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0196  putative fimbrial protein  27.95 
 
 		 183 aa  45.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.700219  normal  0.468344 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1024  type-1 fimbrial protein, A subunit  30.77 
 
 		 204 aa  45.4  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2234  fimbrial protein  27.74 
 
 		 338 aa  45.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.22557  normal  0.0194534 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1519  fimbrial protein  26.42 
 
 		 175 aa  45.8  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2279  Fimbrial protein  28.8 
 
 		 192 aa  44.3  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.79512  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0588  type-1 fimbrial protein, A chain  26.09 
 
 		 185 aa  44.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0138802 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0201  putative fimbrial subunit  28.85 
 
 		 180 aa  44.3  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6670  fimbrial protein  26.85 
 
 		 181 aa  43.9  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.12656 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0654  putative fimbrial protein  24.68 
 
 		 183 aa  43.5  0.004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.608236 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5820  type-1 fimbrial protein homolog  27.27 
 
 		 182 aa  43.9  0.004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3508  putative fimbrial protein  24.68 
 
 		 183 aa  43.5  0.004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000529621  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3221  putative fimbrial protein  24.68 
 
 		 183 aa  43.5  0.004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000501305  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02865  hypothetical protein  24.68 
 
 		 183 aa  43.5  0.004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.98021  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6274  type-1 fimbrial protein subunit A  28.87 
 
 		 306 aa  43.9  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.229557  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0657  Fimbrial protein  24.68 
 
 		 183 aa  43.5  0.004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02915  predicted fimbrial-like adhesin protein  24.68 
 
 		 183 aa  43.5  0.004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0653  type-1 fimbrial protein, A chain  27.17 
 
 		 185 aa  43.5  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0591  type-1 fimbrial protein subunit A  28.32 
 
 		 185 aa  42.4  0.01  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.645033  normal  0.190697 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>