More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3017 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3017  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 260 aa  532  1e-150  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3138  short chain dehydrogenase  83.4 
 
 		 260 aa  461  1e-129  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0721208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3982  short chain dehydrogenase  85 
 
 		 260 aa  463  1e-129  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0357942 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3288  short chain dehydrogenase  81.15 
 
 		 260 aa  446  1.0000000000000001e-124  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0233742  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1896  short chain dehydrogenase  80.62 
 
 		 260 aa  446  1.0000000000000001e-124  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.506281 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2067  short chain dehydrogenase  79.23 
 
 		 260 aa  441  1e-123  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0224014 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1448  short chain dehydrogenase  79.62 
 
 		 260 aa  418  1e-116  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.213081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1985  short chain dehydrogenase  72.69 
 
 		 261 aa  398  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1655  short chain dehydrogenase  72.31 
 
 		 261 aa  397  1e-109  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0365832  normal  0.0290451 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1568  short chain dehydrogenase  70.77 
 
 		 301 aa  392  1e-108  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1566  short chain dehydrogenase  70 
 
 		 258 aa  368  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2764  short chain dehydrogenase  70.38 
 
 		 258 aa  370  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.191986  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1363  short chain dehydrogenase  70 
 
 		 258 aa  367  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.737736 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1787  short chain dehydrogenase  68.85 
 
 		 258 aa  363  2e-99  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1147  short chain dehydrogenase  69.62 
 
 		 261 aa  360  1e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1263  short chain dehydrogenase  69.62 
 
 		 270 aa  357  9.999999999999999e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4607  short chain dehydrogenase  69.23 
 
 		 260 aa  345  3e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0183292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1440  short chain dehydrogenase  69.23 
 
 		 260 aa  345  5e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0980  short chain dehydrogenase  69.23 
 
 		 260 aa  345  5e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1462  short chain dehydrogenase  69.23 
 
 		 260 aa  345  5e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1387  short chain dehydrogenase  68.08 
 
 		 258 aa  344  8e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1347  short chain dehydrogenase  67.69 
 
 		 258 aa  342  2.9999999999999997e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2612  short chain dehydrogenase  67.94 
 
 		 259 aa  334  7.999999999999999e-91  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1557  short chain dehydrogenase  67.94 
 
 		 259 aa  333  2e-90  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396998  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1115  short chain dehydrogenase  67.94 
 
 		 259 aa  333  2e-90  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00652763  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1870  short chain dehydrogenase  67.94 
 
 		 259 aa  333  2e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0823567  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0943  short chain dehydrogenase  67.94 
 
 		 259 aa  333  2e-90  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1692  short chain dehydrogenase  67.94 
 
 		 259 aa  333  2e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.749857  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0218  short chain dehydrogenase  67.94 
 
 		 259 aa  333  2e-90  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0481209  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1716  short chain dehydrogenase  67.94 
 
 		 259 aa  333  2e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3083  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.84 
 
 		 259 aa  257  1e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.192229  normal  0.191447 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3848  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.62 
 
 		 253 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.43 
 
 		 253 aa  232  4.0000000000000004e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.91 
 
 		 255 aa  230  2e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710312  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.66 
 
 		 253 aa  230  2e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3793  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.06 
 
 		 253 aa  229  5e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.63 
 
 		 251 aa  222  4e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2673  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.03 
 
 		 253 aa  217  1e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.381753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6365  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.53 
 
 		 263 aa  215  5e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.54288  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1212  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  47.04 
 
 		 253 aa  215  5e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5289  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.53 
 
 		 263 aa  214  8e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0559291  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4614  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.22 
 
 		 250 aa  210  2e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.58 
 
 		 257 aa  191  9e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.807197  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.57 
 
 		 258 aa  191  1e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2348  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.75 
 
 		 281 aa  190  2e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1358  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.43 
 
 		 258 aa  188  5.999999999999999e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.469708  normal  0.558071 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2753  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.82 
 
 		 260 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.53957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0012  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.73 
 
 		 256 aa  188  8e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.777235  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.29 
 
 		 253 aa  181  1e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.88 
 
 		 258 aa  181  1e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.332641 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.22 
 
 		 257 aa  178  7e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6403  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.37 
 
 		 258 aa  177  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.82 
 
 		 255 aa  174  9e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0894  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.86 
 
 		 266 aa  174  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35950  putative dehydrogenase  43.82 
 
 		 255 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00392824  hitchhiker  0.00000000000000176535 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0996  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.29 
 
 		 249 aa  172  3.9999999999999995e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.201274  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1379  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.9 
 
 		 249 aa  172  5.999999999999999e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2794  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.82 
 
 		 255 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 		 259 aa  170  3e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0947  gluconate 5-dehydrogenase oxidoreductase protein  38.19 
 
 		 258 aa  168  8e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.815693 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.02 
 
 		 255 aa  167  1e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3524  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 		 272 aa  166  2.9999999999999998e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.382394  normal  0.103507 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0981  2-deoxy-d-gluconate 3-dehydrogenase, putative  39.84 
 
 		 249 aa  166  4e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0918  putative 2-deoxy-d-gluconate 3-dehydrogenase  39.84 
 
 		 249 aa  166  4e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.311873  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4841  sorbitol dehydrogenase  39.85 
 
 		 256 aa  166  5e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7084  gluconate 5-dehydrogenase  36.19 
 
 		 255 aa  165  5.9999999999999996e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  37.5 
 
 		 260 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  37.11 
 
 		 259 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  37.25 
 
 		 254 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 		 255 aa  163  2.0000000000000002e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.24294  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2718  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.27 
 
 		 253 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.410014 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1763  gluconate 5-dehydrogenase  36.98 
 
 		 260 aa  162  4.0000000000000004e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.262128 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.86 
 
 		 254 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22070  short chain dehydrogenase  36.08 
 
 		 252 aa  162  6e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.82 
 
 		 253 aa  161  8.000000000000001e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.044107  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.86 
 
 		 257 aa  160  2e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000174096  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0363  short chain dehydrogenase  36.33 
 
 		 256 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1811  short chain dehydrogenase  36.33 
 
 		 256 aa  160  2e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.780661  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1794  short chain dehydrogenase  36.33 
 
 		 256 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.503189  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2073  short chain dehydrogenase  36.33 
 
 		 256 aa  160  2e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.844507  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1100  short chain dehydrogenase  36.33 
 
 		 256 aa  160  2e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0809  short chain dehydrogenase  36.33 
 
 		 256 aa  160  2e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 		 255 aa  160  3e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.631776 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.22 
 
 		 254 aa  159  3e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.40266  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1540  gluconate 5-dehydrogenase  34.9 
 
 		 255 aa  159  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0166996  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2873  gluconate 5-dehydrogenase  36.68 
 
 		 263 aa  159  4e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1484  gluconate 5-dehydrogenase  36.23 
 
 		 260 aa  159  4e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0155973  normal  0.0417322 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1443  gluconate 5-dehydrogenase  36.23 
 
 		 260 aa  159  4e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325951  normal  0.0253033 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2231  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.16 
 
 		 257 aa  159  5e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000702714  hitchhiker  0.00000000852913 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0458  short chain dehydrogenase  35.94 
 
 		 256 aa  159  5e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.82 
 
 		 252 aa  159  6e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.635702  normal  0.434149 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2403  gluconate 5-dehydrogenase  36.05 
 
 		 258 aa  158  9e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.525317  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2567  gluconate 5-dehydrogenase  35.38 
 
 		 267 aa  157  1e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0700463  normal  0.82906 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0946  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.12 
 
 		 255 aa  157  1e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.245481  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2919  gluconate 5-dehydrogenase  36.29 
 
 		 264 aa  157  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3756  gluconate 5-dehydrogenase  34.25 
 
 		 257 aa  157  2e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4511  gluconate 5-dehydrogenase  34.65 
 
 		 254 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2493  gluconate 5-dehydrogenase  35.77 
 
 		 274 aa  157  2e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.68 
 
 		 266 aa  157  2e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.416605  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.15 
 
 		 256 aa  156  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.281486  normal  0.727455 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>