95 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0260 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0260  hypothetical protein  100 
 
 		 212 aa  431  1e-120  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2898  cytochrome c family protein  37.3 
 
 		 330 aa  97.8  1e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.808902  normal  0.561512 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0616  cytochrome c family protein  32.97 
 
 		 330 aa  92.4  4e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.105534  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3839  cytochrome C family protein  35.03 
 
 		 330 aa  90.5  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0615  cytochrome c family protein  35.59 
 
 		 362 aa  87  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.131648  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3163  cytochrome C family protein  32.28 
 
 		 442 aa  81.6  0.000000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2759  cytochrome C family protein  36.13 
 
 		 449 aa  80.9  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3840  cytochrome C family protein  31.88 
 
 		 331 aa  80.1  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000859924  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2899  cytochrome c family protein  36.88 
 
 		 374 aa  78.2  0.00000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.167025  normal  0.604733 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3114  cytochrome C family protein  34.66 
 
 		 440 aa  75.9  0.0000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3261  cytochrome C family protein  32.79 
 
 		 656 aa  75.5  0.0000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3068  cytochrome c family protein  33.33 
 
 		 650 aa  75.1  0.0000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3166  cytochrome C family protein  33.33 
 
 		 650 aa  75.1  0.0000000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1124  cytochrome C family protein  34.07 
 
 		 658 aa  73.9  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.932844  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3518  cytochrome C family protein  32.22 
 
 		 331 aa  73.2  0.000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000517887 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1125  cytochrome C family protein  33.76 
 
 		 426 aa  69.7  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.4798  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3218  cytochrome c family protein  31.37 
 
 		 480 aa  68.9  0.00000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0562793  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0934  cytochrome C family protein  33.13 
 
 		 337 aa  67.8  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0747  multiheme cytochrome  32.49 
 
 		 487 aa  67.8  0.0000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.568299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3260  cytochrome C family protein  31.16 
 
 		 436 aa  65.5  0.0000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3067  cytochrome c family protein  31.66 
 
 		 436 aa  65.1  0.0000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3165  cytochrome C family protein  31.16 
 
 		 436 aa  64.7  0.0000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1837  cytochrome C family protein  33.15 
 
 		 429 aa  64.3  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1996  cytochrome C family protein  33.54 
 
 		 427 aa  64.3  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0405741  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2494  cytochrome c family protein  31.75 
 
 		 434 aa  63.5  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1836  cytochrome C family protein  31.63 
 
 		 658 aa  63.2  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1995  cytochrome C family protein  32.04 
 
 		 658 aa  62.4  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.279857  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3775  cytochrome c family protein  31.55 
 
 		 384 aa  57.4  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.172971  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2495  cytochrome c family protein  34.96 
 
 		 646 aa  56.2  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1744  cytochrome c family protein  32.04 
 
 		 337 aa  55.8  0.0000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.740978 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0253  hypothetical protein  36 
 
 		 370 aa  55.8  0.0000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0397  cytochrome C family protein  29.3 
 
 		 299 aa  55.1  0.0000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.265526 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3831  cytochrome C family protein  30.95 
 
 		 358 aa  55.1  0.0000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2757  cytochrome C family protein  33.67 
 
 		 201 aa  54.3  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1777  decaheme cytochrome c MtrA  29.38 
 
 		 333 aa  53.9  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3915  cytochrome C family protein  30.36 
 
 		 358 aa  53.5  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2677  cytochrome C family protein  29.38 
 
 		 329 aa  53.1  0.000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.376662  normal  0.0163011 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3626  cytochrome C family protein  28.34 
 
 		 299 aa  53.1  0.000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2579  cytochrome C family protein  29.38 
 
 		 329 aa  53.1  0.000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.069167  normal  0.0206665 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2511  cytochrome C family protein  29.38 
 
 		 329 aa  53.1  0.000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.115309  hitchhiker  0.00672893 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1524  cytochrome c family protein  29.93 
 
 		 333 aa  52.4  0.000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.462693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2699  cytochrome C family protein  30.82 
 
 		 328 aa  52.4  0.000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.840713  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2526  cytochrome C family protein  28.57 
 
 		 329 aa  52  0.000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2766  cytochrome C family protein  28.81 
 
 		 333 aa  51.6  0.000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0218266  hitchhiker  0.000000422231 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4082  hypothetical protein  27.91 
 
 		 307 aa  51.6  0.000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0556738  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1577  cytochrome C family protein  28.81 
 
 		 333 aa  51.6  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000354628  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1611  cytochrome C family protein  28.81 
 
 		 333 aa  51.6  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.173927  normal  0.248798 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1228  cytochrome c family protein  28.73 
 
 		 337 aa  50.4  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0933631  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3126  cytochrome C family protein  28.02 
 
 		 333 aa  49.7  0.00003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00631921  hitchhiker  0.0000243395 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1402  double CXXCH motif-containing protein  27.6 
 
 		 317 aa  50.1  0.00003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0638375 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003777  decaheme cytochrome c MtrA  31.2 
 
 		 326 aa  48.9  0.00005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1616  cytochrome C family protein  33.61 
 
 		 321 aa  49.3  0.00005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.093642  normal  0.713619 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1427  decaheme cytochrome c  34.38 
 
 		 318 aa  48.9  0.00005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3130  cytochrome C family protein  31.25 
 
 		 317 aa  48.9  0.00005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.849943  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1588  cytochrome C family protein  28.41 
 
 		 333 aa  48.9  0.00006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00373932  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2960  cytochrome  27.41 
 
 		 577 aa  48.9  0.00006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.992406  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3161  cytochrome C family protein  27.91 
 
 		 201 aa  48.9  0.00006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2820  cytochrome C family protein  31.47 
 
 		 312 aa  48.9  0.00006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2925  cytochrome c family protein  30.41 
 
 		 315 aa  48.9  0.00006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1477  cytochrome C family protein  30.17 
 
 		 334 aa  48.1  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000779097  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1207  decaheme cytochrome c MtrA  28.27 
 
 		 326 aa  47.8  0.0001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0298799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2230  cytochrome C family protein  30.89 
 
 		 309 aa  47.8  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0468166  decreased coverage  0.000802637 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0268  cytochrome C family protein  30.89 
 
 		 314 aa  48.1  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3828  multiheme cytochrome  32.52 
 
 		 307 aa  47.8  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.326628 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2761  cytochrome C family protein  32.79 
 
 		 319 aa  47  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.309572  hitchhiker  0.000367908 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0352  cytochrome c family protein  31.25 
 
 		 317 aa  47.4  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.101331 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1593  cytochrome C family protein  32.79 
 
 		 321 aa  47  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000481816  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3675  cytochrome C family protein  30.89 
 
 		 315 aa  47.4  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1582  cytochrome C family protein  32.79 
 
 		 321 aa  46.6  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000911408  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1530  cytochrome c family protein  31.62 
 
 		 321 aa  46.6  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.892773  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1402  cytochrome c family protein  34.78 
 
 		 316 aa  46.6  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2739  hypothetical protein  24.67 
 
 		 471 aa  46.2  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000852444  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0227  cytochrome c family protein  37.5 
 
 		 316 aa  46.6  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0817  cytochrome C family protein  28.88 
 
 		 540 aa  46.6  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2672  cytochrome C family protein  32.79 
 
 		 321 aa  46.2  0.0004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.655979  normal  0.0486911 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2381  cytochrome C family protein  24.31 
 
 		 315 aa  46.2  0.0004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.300688  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2574  cytochrome C family protein  32.79 
 
 		 321 aa  46.2  0.0004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.448859  hitchhiker  0.00699839 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1782  decaheme cytochrome c MtrD  32.79 
 
 		 306 aa  45.8  0.0004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2506  cytochrome C family protein  32.79 
 
 		 321 aa  46.2  0.0004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.365224  hitchhiker  0.00105775 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2638  cytochrome C family protein  29.58 
 
 		 329 aa  45.4  0.0005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.838087  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3926  hypothetical protein  32 
 
 		 211 aa  45.8  0.0005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3111  cytochrome C family protein  32.32 
 
 		 204 aa  45.4  0.0007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2583  cytochrome C family protein  26.18 
 
 		 259 aa  45.1  0.0009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2203  cytochrome c family protein  35.63 
 
 		 363 aa  43.5  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0741  hypothetical protein  24.86 
 
 		 645 aa  43.5  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0951377  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2149  cytochrome c family protein  36.78 
 
 		 304 aa  43.9  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0950345  normal  0.491991 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1988  TPR repeat-containing protein  30.51 
 
 		 764 aa  43.5  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.645033 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2731  polyheme membrane-associated cytochrome c  26.32 
 
 		 768 aa  43.1  0.003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.209433  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3686  cytochrome C family protein  30.33 
 
 		 314 aa  42.7  0.004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3223  cytochrome c family protein  29.91 
 
 		 195 aa  42.7  0.004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.591925  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3859  cytochrome C family protein  28.83 
 
 		 287 aa  42.4  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00158078  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2737  polyheme membrane-associated cytochrome c  25 
 
 		 744 aa  42.4  0.006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2692  cytochrome C family protein  30.93 
 
 		 319 aa  42.4  0.006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0361  decaheme cytochrome c MtrA  27.08 
 
 		 286 aa  42  0.007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.162857  hitchhiker  0.000223849 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2748  hypothetical protein  32.11 
 
 		 1601 aa  41.2  0.01  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>