161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_1458 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_1458  putative DNA repair enzyme  100 
 
 		 534 aa  1026    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0108  putative DNA repair enzyme  99.06 
 
 		 534 aa  1013    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0727599 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0055  hypothetical protein  78.09 
 
 		 536 aa  794    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.845742 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3231  putative DNA repair enzyme  56.75 
 
 		 552 aa  543  1e-153  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3997  hypothetical protein  44.42 
 
 		 499 aa  388  1e-106  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0176  hypothetical protein  42.11 
 
 		 433 aa  320  6e-86  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.876193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2530  nucleotidyltransferase/DNA polymerase  36.68 
 
 		 548 aa  281  2e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397333 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4575  hypothetical protein  38.39 
 
 		 500 aa  261  2e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.782674  normal  0.448511 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3381  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  31.54 
 
 		 499 aa  250  4e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.130693  normal  0.720575 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2399  cytosolic protein  30.61 
 
 		 500 aa  249  8e-65  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.843761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3891  putative nucleotidyltransferase protein  35.1 
 
 		 471 aa  248  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0759407 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2986  putative DNA-directed DNA polymerase  35.21 
 
 		 529 aa  248  2e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.579616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1559  hypothetical protein  36.03 
 
 		 477 aa  246  4.9999999999999997e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.293786 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5035  hypothetical protein  38.59 
 
 		 467 aa  244  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.878273  normal  0.0411477 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3146  hypothetical protein  34.14 
 
 		 507 aa  244  3.9999999999999997e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.41691  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3264  hypothetical protein  35.5 
 
 		 477 aa  243  6e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1332  hypothetical protein  38.25 
 
 		 472 aa  241  2.9999999999999997e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5394  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  31.27 
 
 		 503 aa  238  2e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.280036  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0809  hypothetical protein  33.95 
 
 		 507 aa  238  2e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5093  hypothetical protein  38.31 
 
 		 471 aa  237  4e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.085083  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5156  hypothetical protein  37.1 
 
 		 472 aa  235  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.249554  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3022  hypothetical protein  35.42 
 
 		 471 aa  234  2.0000000000000002e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.302557 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2344  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  30.44 
 
 		 499 aa  234  3e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0116755  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4462  hypothetical protein  38.03 
 
 		 525 aa  233  5e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.234838  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5202  hypothetical protein  34.3 
 
 		 474 aa  231  2e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.45217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2801  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase-like protein  35.55 
 
 		 452 aa  230  6e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.236313 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2779  hypothetical protein  35.36 
 
 		 545 aa  229  9e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.989391 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3293  nucleotidyltransferase/DNA polymerase involved in DNA repair-like protein  33.45 
 
 		 522 aa  228  2e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.247641  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3766  hypothetical protein  33.53 
 
 		 486 aa  227  5.0000000000000005e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1120  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase-like protein  36.35 
 
 		 515 aa  226  6e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.881049 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4948  nucleotidyltransferase/DNA polymerase involved in DNA repair-like protein  31.46 
 
 		 519 aa  224  2e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.777522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3469  hypothetical protein  36.42 
 
 		 480 aa  219  1e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.757841 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4290  hypothetical protein  35.55 
 
 		 506 aa  216  5.9999999999999996e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1537  hypothetical protein  34.81 
 
 		 472 aa  215  9.999999999999999e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2005  hypothetical protein  34.22 
 
 		 478 aa  216  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4497  hypothetical protein  34.88 
 
 		 472 aa  215  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0330891 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2295  hypothetical protein  34.12 
 
 		 472 aa  215  1.9999999999999998e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5158  putative nucleotidyltransferase protein  33.33 
 
 		 474 aa  215  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.777825 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2667  hypothetical protein  34.18 
 
 		 462 aa  214  2.9999999999999995e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5604  hypothetical protein  33.39 
 
 		 503 aa  213  7e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000770787 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1902  hypothetical protein  35.64 
 
 		 478 aa  209  8e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1830  hypothetical protein  37.63 
 
 		 449 aa  209  1e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0080  hypothetical protein  31.89 
 
 		 489 aa  209  1e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1072  hypothetical protein  36.11 
 
 		 488 aa  205  1e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.289779 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2256  hypothetical protein  30.93 
 
 		 501 aa  205  2e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0070  hypothetical protein  33.53 
 
 		 483 aa  204  4e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3564  hypothetical protein  34.85 
 
 		 488 aa  200  5e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.677515 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3808  hypothetical protein  34.36 
 
 		 465 aa  200  6e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1732  hypothetical protein  33.75 
 
 		 490 aa  195  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0965901  hitchhiker  0.00613419 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2013  hypothetical protein  32.47 
 
 		 562 aa  170  5e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.22343 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2794  hypothetical protein  28.49 
 
 		 487 aa  134  5e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.42838  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1326  nucleotidyltransferase/DNA polymerase  28.07 
 
 		 473 aa  127  7e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0974  hypothetical protein  27.6 
 
 		 473 aa  121  3e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2165  hypothetical protein  28.83 
 
 		 492 aa  118  3e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.255686  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4840  hypothetical protein  27.76 
 
 		 471 aa  116  7.999999999999999e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2598  hypothetical protein  24.77 
 
 		 506 aa  116  1.0000000000000001e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1935  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase-like protein  28.4 
 
 		 473 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.450324  normal  0.612311 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2522  hypothetical protein  27.72 
 
 		 476 aa  114  6e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0740789  normal  0.855778 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55600  hypothetical protein  27.38 
 
 		 471 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.325851 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2739  hypothetical protein  27.7 
 
 		 472 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2427  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  27.22 
 
 		 472 aa  108  3e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3150  hypothetical protein  25.75 
 
 		 471 aa  105  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1941  hypothetical protein  28.1 
 
 		 479 aa  102  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0469275 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2599  hypothetical protein  27.38 
 
 		 472 aa  101  4e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.938894 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3118  hypothetical protein  27.38 
 
 		 472 aa  100  7e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.617034 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0829  hypothetical protein  30.96 
 
 		 467 aa  100  9e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.692902  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2379  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase-like protein  28.35 
 
 		 469 aa  98.2  3e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.286987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1094  hypothetical protein  28.7 
 
 		 437 aa  97.4  5e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.095311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1475  hypothetical protein  27.53 
 
 		 488 aa  97.1  8e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2903  hypothetical protein  27.53 
 
 		 488 aa  97.1  8e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0691  hypothetical protein  27.53 
 
 		 491 aa  96.3  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.494486  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0113  hypothetical protein  27.53 
 
 		 491 aa  96.7  1e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0509  hypothetical protein  27.53 
 
 		 491 aa  96.3  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02867  hypothetical protein  23.5 
 
 		 467 aa  96.3  1e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0526  hypothetical protein  27.53 
 
 		 491 aa  95.5  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0618  hypothetical protein  28.05 
 
 		 392 aa  93.6  7e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0254373 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4129  nucleotidyltransferase/DNA polymerase  29.03 
 
 		 527 aa  93.2  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2887  hypothetical protein  28.46 
 
 		 495 aa  92  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.524264  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4537  hypothetical protein  26.71 
 
 		 445 aa  92.4  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23157  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02090  hypothetical protein  26.33 
 
 		 472 aa  90.1  9e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4524  hypothetical protein  29.74 
 
 		 528 aa  88.6  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2902  hypothetical protein  27.24 
 
 		 547 aa  87.8  5e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.107212 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3205  hypothetical protein  28 
 
 		 449 aa  85.9  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0102672  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6157  hypothetical protein  27.74 
 
 		 498 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.594108  normal  0.405129 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1743  hypothetical protein  25.71 
 
 		 432 aa  85.1  0.000000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0203  hypothetical protein  23.89 
 
 		 487 aa  82  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.276332 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00039  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  21.01 
 
 		 484 aa  81.3  0.00000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000511104  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4622  hypothetical protein  28.01 
 
 		 540 aa  80.9  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0814384  normal  0.0497308 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4489  hypothetical protein  28.01 
 
 		 527 aa  80.9  0.00000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0757544  normal  0.599232 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1029  aspartate decarboxylase  20.94 
 
 		 541 aa  80.5  0.00000000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2733  hypothetical protein  26.65 
 
 		 441 aa  80.1  0.00000000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.340285  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003015  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  22.89 
 
 		 467 aa  79.7  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.600573  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2745  hypothetical protein  27.66 
 
 		 495 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0444  hypothetical protein  26.34 
 
 		 491 aa  77.8  0.0000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.404806  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4054  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase-like protein  26.22 
 
 		 526 aa  77.8  0.0000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1545  hypothetical protein  28.11 
 
 		 470 aa  78.2  0.0000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00402889 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1971  hypothetical protein  26.73 
 
 		 489 aa  77  0.0000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0476  hypothetical protein  26.93 
 
 		 495 aa  77  0.0000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.181741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2299  hypothetical protein  28.79 
 
 		 505 aa  76.6  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01908  hypothetical protein  25.53 
 
 		 523 aa  75.9  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.223055 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>