More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS04793 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RS04793  serine/threonine dehydratase  100 
 
 
323 aa  657    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.821388  normal  0.0296686 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4113  serine/threonine dehydratase  86.75 
 
 
325 aa  547  1e-155  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.559381  normal  0.528842 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4000  serine/threonine dehydratase  86.75 
 
 
325 aa  547  1e-155  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3470  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  72.78 
 
 
318 aa  451  1.0000000000000001e-126  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.380484  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3783  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  72.5 
 
 
323 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.930239  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3215  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  72.22 
 
 
324 aa  451  1e-125  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1493  serine/threonine dehydratase  72.27 
 
 
324 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144238  normal  0.317282 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3882  serine/threonine dehydratase  71.34 
 
 
324 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0375891 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4343  serine/threonine dehydratase  71.34 
 
 
324 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675522  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2250  serine/threonine dehydratase  71.56 
 
 
324 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2556  serine/threonine dehydratase  71.88 
 
 
324 aa  443  1e-123  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3918  serine/threonine dehydratase  70.72 
 
 
324 aa  443  1e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4450  serine/threonine dehydratase  70.72 
 
 
324 aa  443  1e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5857  serine/threonine dehydratase  70.72 
 
 
324 aa  442  1e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5756  serine/threonine dehydratase  71.65 
 
 
320 aa  439  9.999999999999999e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000717119  hitchhiker  0.000000000000616455 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29410  serine/threonine dehydratase  72.1 
 
 
320 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4825  serine/threonine dehydratase  68.63 
 
 
322 aa  434  1e-121  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00349984  normal  0.301328 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0755  serine/threonine dehydratase  68.14 
 
 
327 aa  431  1e-120  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.284278  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2154  serine/threonine dehydratase  68.14 
 
 
327 aa  431  1e-120  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.160639  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2589  serine/threonine dehydratase  68.14 
 
 
327 aa  431  1e-120  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3024  serine/threonine dehydratase  68.45 
 
 
327 aa  433  1e-120  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.657455  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3108  serine/threonine dehydratase  68.14 
 
 
327 aa  431  1e-120  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2024  serine/threonine dehydratase  68.14 
 
 
327 aa  431  1e-120  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3078  serine/threonine dehydratase  68.14 
 
 
327 aa  431  1e-120  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.642158  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3108  serine/threonine dehydratase  75 
 
 
321 aa  434  1e-120  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.611552  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1524  serine/threonine dehydratase  68.14 
 
 
327 aa  431  1e-119  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00616628  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0886  serine/threonine dehydratase  76.29 
 
 
321 aa  425  1e-118  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4177  serine/threonine dehydratase  69.69 
 
 
326 aa  424  1e-117  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0534  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  69.33 
 
 
321 aa  418  1e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0996  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  69.52 
 
 
338 aa  420  1e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.100397  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4347  serine/threonine dehydratase  68.94 
 
 
322 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1807  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  67.4 
 
 
322 aa  416  9.999999999999999e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4565  serine/threonine dehydratase  68.14 
 
 
320 aa  414  1e-114  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.026373 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1698  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  66.98 
 
 
328 aa  401  1e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0152  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  67.61 
 
 
318 aa  398  9.999999999999999e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3217  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  66.67 
 
 
324 aa  397  1e-109  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.555071  normal  0.861719 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1999  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  63.52 
 
 
327 aa  391  1e-108  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.232127  normal  0.0256185 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3519  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  65.09 
 
 
339 aa  393  1e-108  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00283546  normal  0.133146 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1894  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  63.34 
 
 
324 aa  383  1e-105  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0510457  normal  0.19276 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2749  serine/threonine dehydratase  59.37 
 
 
329 aa  380  1e-104  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.976068  normal  0.188122 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4607  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  64.78 
 
 
318 aa  365  1e-100  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0567423 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  54.6 
 
 
320 aa  353  2e-96  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2122  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  57.86 
 
 
332 aa  349  4e-95  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.113848  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0305  serine/threonine dehydratase  57.19 
 
 
322 aa  345  6e-94  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.333559 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4359  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  53.33 
 
 
321 aa  332  4e-90  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2376  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  48.23 
 
 
317 aa  286  2.9999999999999996e-76  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.799861 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0888  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.55 
 
 
324 aa  275  7e-73  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.520177 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1010  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  47.1 
 
 
315 aa  273  3e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.929985 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0656  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.05 
 
 
325 aa  270  2.9999999999999997e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.360995  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1447  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  45.54 
 
 
330 aa  262  4.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0170532  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2700  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.49 
 
 
321 aa  259  5.0000000000000005e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.420698 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4366  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  44.44 
 
 
315 aa  259  6e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1722  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.95 
 
 
320 aa  257  2e-67  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6209  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.44 
 
 
319 aa  255  7e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0577806 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3309  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  43.04 
 
 
319 aa  254  2.0000000000000002e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0279719  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3920  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.39 
 
 
315 aa  254  2.0000000000000002e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.903955  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  39.94 
 
 
403 aa  252  7e-66  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4110  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.16 
 
 
333 aa  251  2e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579842  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4888  putative threonine dehydratase, catabolic  41.35 
 
 
325 aa  249  4e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4489  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.51 
 
 
331 aa  248  8e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2603  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.31 
 
 
320 aa  248  8e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000516286  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0687  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  46.23 
 
 
304 aa  247  2e-64  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0405  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.65 
 
 
315 aa  245  9.999999999999999e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0956264  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1632  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  45.51 
 
 
328 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.451091  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  39.76 
 
 
332 aa  244  1.9999999999999999e-63  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1623  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  44.72 
 
 
328 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2353  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.27 
 
 
304 aa  242  5e-63  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0980  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  39.62 
 
 
326 aa  239  5e-62  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.393122 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1389  putative threonine dehydratase  39.94 
 
 
326 aa  238  1e-61  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5562  L-threonine ammonia-lyase  43.85 
 
 
329 aa  236  3e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.653465 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2979  threonine dehydratase  42.22 
 
 
415 aa  237  3e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1902  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  45.85 
 
 
327 aa  236  5.0000000000000005e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  35.44 
 
 
403 aa  234  1.0000000000000001e-60  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1506  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.37 
 
 
340 aa  233  3e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.88993  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3581  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.69 
 
 
319 aa  231  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.961282  normal  0.253572 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3282  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.49 
 
 
324 aa  229  7e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0945  threonine dehydratase  38.82 
 
 
418 aa  228  8e-59  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  36.1 
 
 
403 aa  228  9e-59  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0309  L-threonine ammonia-lyase  44.52 
 
 
324 aa  228  1e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  35.78 
 
 
402 aa  228  1e-58  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9151  threonine dehydratase  43.67 
 
 
322 aa  227  2e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.272259  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0011  threonine dehydratase  40.84 
 
 
402 aa  227  2e-58  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.059163  normal  0.133507 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1660  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  43.44 
 
 
324 aa  226  3e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0211382  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1148  putative serine/threonine dehydratase  46.05 
 
 
320 aa  225  7e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.697315  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2502  threonine dehydratase  43.44 
 
 
333 aa  225  8e-58  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0237759  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0845  threonine dehydratase  35.46 
 
 
403 aa  225  8e-58  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  34.82 
 
 
402 aa  224  1e-57  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  38.32 
 
 
403 aa  224  2e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8547  threonine dehydratase  40.94 
 
 
402 aa  224  2e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2260  threonine dehydratase  43.12 
 
 
333 aa  223  2e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00014617  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2486  threonine dehydratase  43.12 
 
 
333 aa  223  2e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0915  threonine dehydratase  35.14 
 
 
403 aa  223  3e-57  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2297  threonine dehydratase  43.12 
 
 
333 aa  223  3e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2218  threonine dehydratase  43.44 
 
 
333 aa  223  3e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2469  threonine dehydratase  43.12 
 
 
333 aa  223  3e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2565  threonine dehydratase  43.75 
 
 
333 aa  223  4e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0373564  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0125  threonine dehydratase  35.53 
 
 
408 aa  222  6e-57  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2424  threonine dehydratase  42.5 
 
 
333 aa  221  9.999999999999999e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0103  threonine dehydratase  39.17 
 
 
401 aa  221  1.9999999999999999e-56  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0145026  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2906  threonine dehydratase  42.5 
 
 
333 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.161392 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>