More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3208 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_3208  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
261 aa  526  1e-148  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2262  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  92.34 
 
 
261 aa  493  1e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3707  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  91.19 
 
 
261 aa  488  1e-137  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.372057  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5100  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR family protein  83.91 
 
 
261 aa  454  1e-127  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.917841  normal  0.678944 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  83.91 
 
 
281 aa  444  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.223454  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.92 
 
 
261 aa  361  6e-99  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2657  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.82 
 
 
276 aa  288  5.0000000000000004e-77  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.81 
 
 
267 aa  281  1e-74  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.49838  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2337  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.25 
 
 
265 aa  267  1e-70  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.159524  normal  0.273576 
 
 
-
 
NC_006694  CNI03690  2,4-dienoyl-CoA reductase (NADPH), putative  47.39 
 
 
331 aa  222  4e-57  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.308331  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00574  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase (AFU_orthologue; AFUA_6G11210)  52.97 
 
 
287 aa  206  3e-52  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.098237 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.25 
 
 
256 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  41.04 
 
 
256 aa  179  4.999999999999999e-44  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  38.25 
 
 
255 aa  177  1e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.6 
 
 
246 aa  176  4e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.6 
 
 
246 aa  176  4e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3027  Short-chain dehydrogenase/reductase  38.19 
 
 
259 aa  175  6e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.730472  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  36.86 
 
 
249 aa  175  8e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2421  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 
259 aa  174  9e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1835  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.98 
 
 
244 aa  173  1.9999999999999998e-42  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.686329  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
256 aa  173  2.9999999999999996e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.04 
 
 
253 aa  172  5.999999999999999e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
248 aa  171  1e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.57 
 
 
265 aa  170  2e-41  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
250 aa  170  2e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
282 aa  169  3e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.64 
 
 
254 aa  169  4e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.749829  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 
252 aa  169  4e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
252 aa  168  9e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.15 
 
 
251 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4222  putative Levodione reductase  36.9 
 
 
257 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.47 
 
 
257 aa  165  6.9999999999999995e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3930  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.45 
 
 
255 aa  164  1.0000000000000001e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.271838  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 
245 aa  164  1.0000000000000001e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
252 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
246 aa  164  1.0000000000000001e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.76 
 
 
255 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.87 
 
 
246 aa  163  3e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  38.8 
 
 
253 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_03190  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  38.28 
 
 
255 aa  161  8.000000000000001e-39  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3173  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
245 aa  162  8.000000000000001e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.43 
 
 
262 aa  161  9e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 
262 aa  161  9e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 
246 aa  160  2e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  39.68 
 
 
251 aa  160  2e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.61 
 
 
258 aa  160  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.607221 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04760  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  38.13 
 
 
255 aa  160  2e-38  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.92681  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.89 
 
 
249 aa  160  2e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2647  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.59 
 
 
252 aa  159  3e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000389723  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
257 aa  159  4e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 
253 aa  159  4e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.024976  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0520  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.07 
 
 
262 aa  159  4e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.45 
 
 
249 aa  159  5e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1406  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.97 
 
 
251 aa  159  6e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3466  glucose 1-dehydrogenase  36.65 
 
 
247 aa  159  6e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0764776  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2225  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38 
 
 
267 aa  158  7e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.801106 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3652  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.92 
 
 
269 aa  158  7e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.368434  normal  0.604753 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0533  short chain dehydrogenase  40.71 
 
 
257 aa  158  8e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4626  short chain dehydrogenase  39.44 
 
 
254 aa  158  8e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.130325  normal  0.180414 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.02 
 
 
251 aa  158  9e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.93 
 
 
257 aa  157  1e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.401645  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3284  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.34 
 
 
248 aa  157  1e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.849975  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
258 aa  157  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1783  glucose 1-dehydrogenase  36.25 
 
 
247 aa  157  2e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.88349  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.03 
 
 
287 aa  157  2e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.38962  normal  0.0399907 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0772  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.94 
 
 
256 aa  157  2e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 
258 aa  157  2e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 
254 aa  157  2e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.575966  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.43 
 
 
252 aa  156  4e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.78 
 
 
252 aa  155  5.0000000000000005e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.58 
 
 
253 aa  155  5.0000000000000005e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
263 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000760103 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  38.19 
 
 
253 aa  155  6e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1709  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.47 
 
 
266 aa  155  6e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1686  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
257 aa  155  6e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
257 aa  155  6e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  37.01 
 
 
253 aa  155  7e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4356  short chain dehydrogenase  38.74 
 
 
254 aa  155  8e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.146165 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.08 
 
 
259 aa  155  9e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3810  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 
254 aa  154  1e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3492  short chain dehydrogenase  41.04 
 
 
256 aa  154  1e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.55 
 
 
246 aa  154  1e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3438  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.36 
 
 
252 aa  154  1e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2045  short chain dehydrogenase  35.77 
 
 
272 aa  154  2e-36  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0630  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.57 
 
 
246 aa  153  2e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.86 
 
 
253 aa  153  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1723  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.63 
 
 
247 aa  153  2e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000657249  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2788  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
254 aa  153  2e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.743418 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2307  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.11 
 
 
247 aa  154  2e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.55 
 
 
246 aa  153  2.9999999999999998e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4265  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36 
 
 
250 aa  153  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  36.4 
 
 
253 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4325  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36 
 
 
250 aa  153  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00118279  normal  0.0328571 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  36.4 
 
 
253 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
277 aa  152  7e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281211  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.04 
 
 
253 aa  152  7e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.840312  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3299  hypothetical protein  37.01 
 
 
257 aa  152  7e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.982919  normal  0.296802 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.22 
 
 
246 aa  151  8e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3329  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.72 
 
 
260 aa  152  8e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
249 aa  151  8e-36  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.598625  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>