More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2112 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_2674  2-isopropylmalate synthase  68.85 
 
 		 520 aa  741    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.151029  normal  0.154507 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0596  2-isopropylmalate synthase  66.67 
 
 		 532 aa  736    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2666  2-isopropylmalate synthase  69.69 
 
 		 521 aa  747    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.390091  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0683  2-isopropylmalate synthase  67.98 
 
 		 526 aa  730    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.725586 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1005  2-isopropylmalate synthase  61.25 
 
 		 529 aa  652    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2259  2-isopropylmalate synthase  96.18 
 
 		 524 aa  1054    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.044795  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2338  2-isopropylmalate synthase  74.76 
 
 		 519 aa  801    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.862568 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2330  2-isopropylmalate synthase  61.06 
 
 		 529 aa  651    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1485  2-isopropylmalate synthase  64.29 
 
 		 524 aa  670    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.221108 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0596  2-isopropylmalate synthase  60.39 
 
 		 525 aa  645    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3330  2-isopropylmalate synthase  95.8 
 
 		 524 aa  1050    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.372535 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3235  2-isopropylmalate synthase  82.46 
 
 		 521 aa  911    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.134931  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2112  2-isopropylmalate synthase  100 
 
 		 524 aa  1086    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2715  2-isopropylmalate synthase  75.72 
 
 		 520 aa  829    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1598  2-isopropylmalate synthase  61.64 
 
 		 529 aa  653    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.292541  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0953  2-isopropylmalate synthase  70.71 
 
 		 520 aa  766    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1444  2-isopropylmalate synthase  71.18 
 
 		 519 aa  765    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.274001  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2901  2-isopropylmalate synthase  69.04 
 
 		 520 aa  742    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.162698 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0534  2-isopropylmalate synthase  61.83 
 
 		 524 aa  642    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6044  2-isopropylmalate synthase  82.52 
 
 		 523 aa  912    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1329  2-isopropylmalate synthase  74.9 
 
 		 527 aa  799    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2796  2-isopropylmalate synthase  68.85 
 
 		 520 aa  741    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.731216 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2282  2-isopropylmalate synthase  60.39 
 
 		 527 aa  633  1e-180  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4030  2-isopropylmalate synthase  58.53 
 
 		 520 aa  609  1e-173  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.800606 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0586  2-isopropylmalate synthase  57.99 
 
 		 524 aa  598  1e-170  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.237599  hitchhiker  0.000000030119 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0561  2-isopropylmalate synthase  60.55 
 
 		 513 aa  598  1e-170  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.692388  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3643  2-isopropylmalate synthase  56.92 
 
 		 519 aa  593  1e-168  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.168419 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2275  2-isopropylmalate synthase  54.85 
 
 		 514 aa  560  1e-158  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42440  2-isopropylmalate synthase  56.11 
 
 		 516 aa  558  1e-158  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.892988  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2477  2-isopropylmalate synthase  56.02 
 
 		 516 aa  559  1e-158  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2516  2-isopropylmalate synthase  53.86 
 
 		 511 aa  551  1e-156  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2153  2-isopropylmalate synthase  53.89 
 
 		 516 aa  551  1e-155  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0611  2-isopropylmalate synthase  53.89 
 
 		 514 aa  543  1e-153  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000725227  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0453  2-isopropylmalate synthase  54.37 
 
 		 510 aa  543  1e-153  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0989  2-isopropylmalate synthase  55.51 
 
 		 515 aa  544  1e-153  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000770176 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3071  2-isopropylmalate synthase  53.83 
 
 		 513 aa  541  9.999999999999999e-153  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000941582 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1791  2-isopropylmalate synthase  54.51 
 
 		 514 aa  535  1e-151  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.265436 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2777  2-isopropylmalate synthase  54.51 
 
 		 511 aa  537  1e-151  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5587  2-isopropylmalate synthase  54.27 
 
 		 514 aa  533  1e-150  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.774339 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3715  2-isopropylmalate synthase  52.44 
 
 		 516 aa  532  1e-150  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000112658  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0903  2-isopropylmalate synthase  52.96 
 
 		 513 aa  533  1e-150  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3325  2-isopropylmalate synthase  51.76 
 
 		 519 aa  530  1e-149  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3218  2-isopropylmalate synthase  53.97 
 
 		 507 aa  528  1e-149  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1648  2-isopropylmalate synthase  53.88 
 
 		 514 aa  529  1e-149  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2283  2-isopropylmalate synthase  53.88 
 
 		 514 aa  529  1e-149  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.923372 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2259  2-isopropylmalate synthase  53.88 
 
 		 514 aa  529  1e-149  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0690  2-isopropylmalate synthase  54.24 
 
 		 516 aa  529  1e-149  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1906  2-isopropylmalate synthase  51.48 
 
 		 512 aa  528  1e-148  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00355798  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1986  2-isopropylmalate synthase  52.87 
 
 		 511 aa  526  1e-148  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1907  2-isopropylmalate synthase  52.13 
 
 		 513 aa  526  1e-148  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2523  2-isopropylmalate synthase  52.57 
 
 		 515 aa  525  1e-148  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.735275  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3225  2-isopropylmalate synthase  53.6 
 
 		 515 aa  527  1e-148  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.808229 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2742  2-isopropylmalate synthase  51.96 
 
 		 515 aa  525  1e-148  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2101  2-isopropylmalate synthase  54.55 
 
 		 513 aa  522  1e-147  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0462257  normal  0.390804 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1576  2-isopropylmalate synthase  52.01 
 
 		 527 aa  522  1e-147  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.725891  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2017  2-isopropylmalate synthase  53.39 
 
 		 516 aa  525  1e-147  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.409159  normal  0.649599 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0551  2-isopropylmalate synthase  53.78 
 
 		 517 aa  525  1e-147  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.235647  hitchhiker  0.000444348 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1499  2-isopropylmalate synthase  51.96 
 
 		 515 aa  525  1e-147  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1333  2-isopropylmalate synthase  53.2 
 
 		 515 aa  524  1e-147  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.145859  normal  0.128519 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0391  2-isopropylmalate synthase  53.59 
 
 		 509 aa  525  1e-147  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0918  2-isopropylmalate synthase  55.58 
 
 		 513 aa  518  1e-146  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.711845  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0505  2-isopropylmalate synthase  51.57 
 
 		 515 aa  516  1.0000000000000001e-145  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1948  2-isopropylmalate synthase  53.07 
 
 		 512 aa  517  1.0000000000000001e-145  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0595  2-isopropylmalate synthase  51.09 
 
 		 532 aa  516  1.0000000000000001e-145  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000207046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0478  2-isopropylmalate synthase  50 
 
 		 518 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00000102603  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1721  2-isopropylmalate synthase  52.87 
 
 		 512 aa  518  1.0000000000000001e-145  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0714728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1774  2-isopropylmalate synthase  52.87 
 
 		 512 aa  516  1.0000000000000001e-145  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1265  2-isopropylmalate synthase  51.38 
 
 		 512 aa  514  1e-144  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000029461  decreased coverage  0.00000000000565514 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2596  2-isopropylmalate synthase  54.47 
 
 		 513 aa  514  1e-144  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1743  2-isopropylmalate synthase  51.29 
 
 		 510 aa  514  1e-144  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.461114  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2225  2-isopropylmalate synthase  54.47 
 
 		 513 aa  514  1e-144  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.324069  normal  0.905076 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2298  2-isopropylmalate synthase  53.48 
 
 		 514 aa  513  1e-144  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.16398  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2176  2-isopropylmalate synthase  53.48 
 
 		 514 aa  512  1e-144  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2374  2-isopropylmalate synthase  52.67 
 
 		 512 aa  513  1e-144  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0492807  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3108  2-isopropylmalate synthase  53.07 
 
 		 512 aa  514  1e-144  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.462035 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4862  2-isopropylmalate synthase  53.91 
 
 		 512 aa  512  1e-144  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2041  2-isopropylmalate synthase  50.99 
 
 		 511 aa  511  1e-143  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2072  2-isopropylmalate synthase  54.38 
 
 		 513 aa  508  1e-143  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_734  isopropylmalate/homocitrate/citramalate synthase  50.2 
 
 		 505 aa  509  1e-143  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.368888  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1018  2-isopropylmalate synthase  53.28 
 
 		 514 aa  508  1e-143  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.284952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1050  2-isopropylmalate synthase  54.09 
 
 		 515 aa  510  1e-143  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0101141  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2345  2-isopropylmalate synthase  52.87 
 
 		 512 aa  511  1e-143  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2322  2-isopropylmalate synthase  52.96 
 
 		 513 aa  510  1e-143  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_002936  DET0830  2-isopropylmalate synthase  50.2 
 
 		 505 aa  506  9.999999999999999e-143  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.141095  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0953  2-isopropylmalate synthase  54.18 
 
 		 513 aa  508  9.999999999999999e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.218393  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1424  2-isopropylmalate synthase  53.69 
 
 		 515 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2255  2-isopropylmalate synthase  49.6 
 
 		 517 aa  505  9.999999999999999e-143  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1286  2-isopropylmalate synthase  53.69 
 
 		 515 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1279  2-isopropylmalate synthase  53.69 
 
 		 515 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2223  2-isopropylmalate synthase  54.38 
 
 		 513 aa  508  9.999999999999999e-143  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.556121 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0749  2-isopropylmalate synthase  50.2 
 
 		 505 aa  505  9.999999999999999e-143  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3626  2-isopropylmalate synthase  52.48 
 
 		 512 aa  506  9.999999999999999e-143  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0093  2-isopropylmalate synthase  50.5 
 
 		 521 aa  504  1e-141  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1900  2-isopropylmalate synthase  53.98 
 
 		 513 aa  503  1e-141  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.183482  normal  0.348361 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0517  2-isopropylmalate synthase  50.6 
 
 		 515 aa  499  1e-140  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000128624  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2253  2-isopropylmalate synthase  48.51 
 
 		 541 aa  500  1e-140  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.412449  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1126  2-isopropylmalate synthase  49.42 
 
 		 536 aa  495  1e-139  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0285  2-isopropylmalate synthase  48.61 
 
 		 505 aa  495  1e-139  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0832  2-isopropylmalate synthase  48.94 
 
 		 536 aa  497  1e-139  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2888  2-isopropylmalate synthase  52.46 
 
 		 513 aa  497  1e-139  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0110293 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>