More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2282 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6044  2-isopropylmalate synthase  60.94 
 
 		 523 aa  639    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1329  2-isopropylmalate synthase  61.14 
 
 		 527 aa  640    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2330  2-isopropylmalate synthase  78.29 
 
 		 529 aa  847    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3330  2-isopropylmalate synthase  60.78 
 
 		 524 aa  638    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.372535 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1005  2-isopropylmalate synthase  78.48 
 
 		 529 aa  848    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3643  2-isopropylmalate synthase  76.35 
 
 		 519 aa  813    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.168419 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3235  2-isopropylmalate synthase  61.57 
 
 		 521 aa  649    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.134931  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2282  2-isopropylmalate synthase  100 
 
 		 527 aa  1080    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2259  2-isopropylmalate synthase  60.89 
 
 		 524 aa  642    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.044795  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0596  2-isopropylmalate synthase  77.84 
 
 		 525 aa  851    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4030  2-isopropylmalate synthase  75.44 
 
 		 520 aa  803    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.800606 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1598  2-isopropylmalate synthase  78.1 
 
 		 529 aa  846    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.292541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2112  2-isopropylmalate synthase  60.39 
 
 		 524 aa  633  1e-180  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1485  2-isopropylmalate synthase  61.9 
 
 		 524 aa  625  1e-178  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.221108 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0683  2-isopropylmalate synthase  60.51 
 
 		 526 aa  627  1e-178  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.725586 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0953  2-isopropylmalate synthase  60.55 
 
 		 520 aa  622  1e-177  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2796  2-isopropylmalate synthase  61.88 
 
 		 520 aa  623  1e-177  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.731216 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2901  2-isopropylmalate synthase  61.68 
 
 		 520 aa  619  1e-176  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.162698 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1444  2-isopropylmalate synthase  59.92 
 
 		 519 aa  620  1e-176  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.274001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2674  2-isopropylmalate synthase  61.68 
 
 		 520 aa  619  1e-176  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.151029  normal  0.154507 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2715  2-isopropylmalate synthase  59.17 
 
 		 520 aa  614  9.999999999999999e-175  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2666  2-isopropylmalate synthase  59.92 
 
 		 521 aa  610  1e-173  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.390091  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0596  2-isopropylmalate synthase  57.56 
 
 		 532 aa  608  9.999999999999999e-173  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2338  2-isopropylmalate synthase  58.58 
 
 		 519 aa  589  1e-167  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.862568 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0534  2-isopropylmalate synthase  58.65 
 
 		 524 aa  585  1e-166  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0586  2-isopropylmalate synthase  54.96 
 
 		 524 aa  564  1.0000000000000001e-159  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.237599  hitchhiker  0.000000030119 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2153  2-isopropylmalate synthase  55.42 
 
 		 516 aa  547  1e-154  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0611  2-isopropylmalate synthase  55.69 
 
 		 514 aa  548  1e-154  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000725227  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0561  2-isopropylmalate synthase  56.35 
 
 		 513 aa  546  1e-154  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.692388  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2275  2-isopropylmalate synthase  54.2 
 
 		 514 aa  541  9.999999999999999e-153  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2777  2-isopropylmalate synthase  54.15 
 
 		 511 aa  539  9.999999999999999e-153  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1576  2-isopropylmalate synthase  55.4 
 
 		 527 aa  538  9.999999999999999e-153  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.725891  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2477  2-isopropylmalate synthase  56.45 
 
 		 516 aa  540  9.999999999999999e-153  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42440  2-isopropylmalate synthase  54.38 
 
 		 516 aa  537  1e-151  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.892988  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0989  2-isopropylmalate synthase  55.51 
 
 		 515 aa  535  1e-151  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000770176 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2516  2-isopropylmalate synthase  53.4 
 
 		 511 aa  530  1e-149  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3071  2-isopropylmalate synthase  51.98 
 
 		 513 aa  524  1e-147  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000941582 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0453  2-isopropylmalate synthase  54.02 
 
 		 510 aa  524  1e-147  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1986  2-isopropylmalate synthase  53.66 
 
 		 511 aa  521  1e-146  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2523  2-isopropylmalate synthase  54.18 
 
 		 515 aa  519  1e-146  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.735275  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0551  2-isopropylmalate synthase  53.48 
 
 		 517 aa  519  1e-146  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.235647  hitchhiker  0.000444348 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0903  2-isopropylmalate synthase  52.72 
 
 		 513 aa  519  1e-146  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0690  2-isopropylmalate synthase  52.58 
 
 		 516 aa  521  1e-146  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2283  2-isopropylmalate synthase  52.86 
 
 		 514 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.923372 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1648  2-isopropylmalate synthase  52.86 
 
 		 514 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2225  2-isopropylmalate synthase  56.02 
 
 		 513 aa  515  1.0000000000000001e-145  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.324069  normal  0.905076 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2259  2-isopropylmalate synthase  52.86 
 
 		 514 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2596  2-isopropylmalate synthase  56.02 
 
 		 513 aa  515  1.0000000000000001e-145  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5587  2-isopropylmalate synthase  52.86 
 
 		 514 aa  514  1e-144  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.774339 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0093  2-isopropylmalate synthase  50.95 
 
 		 521 aa  511  1e-144  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3325  2-isopropylmalate synthase  51.07 
 
 		 519 aa  514  1e-144  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2374  2-isopropylmalate synthase  51.98 
 
 		 512 aa  509  1e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0492807  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1948  2-isopropylmalate synthase  51.9 
 
 		 512 aa  510  1e-143  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1774  2-isopropylmalate synthase  51.7 
 
 		 512 aa  509  1e-143  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1906  2-isopropylmalate synthase  51.55 
 
 		 512 aa  507  9.999999999999999e-143  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00355798  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1058  2-isopropylmalate synthase  51.7 
 
 		 515 aa  505  9.999999999999999e-143  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3225  2-isopropylmalate synthase  51.28 
 
 		 515 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.808229 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3108  2-isopropylmalate synthase  51.9 
 
 		 512 aa  507  9.999999999999999e-143  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.462035 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0815  2-isopropylmalate synthase  50.7 
 
 		 515 aa  503  1e-141  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0517  2-isopropylmalate synthase  51.71 
 
 		 515 aa  501  1e-141  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000128624  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1333  2-isopropylmalate synthase  50.89 
 
 		 515 aa  503  1e-141  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.145859  normal  0.128519 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2017  2-isopropylmalate synthase  51.68 
 
 		 516 aa  503  1e-141  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.409159  normal  0.649599 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0478  2-isopropylmalate synthase  50 
 
 		 518 aa  502  1e-141  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00000102603  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1050  2-isopropylmalate synthase  52.56 
 
 		 515 aa  499  1e-140  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0101141  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2176  2-isopropylmalate synthase  52.47 
 
 		 514 aa  500  1e-140  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2298  2-isopropylmalate synthase  52.27 
 
 		 514 aa  499  1e-140  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.16398  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1424  2-isopropylmalate synthase  52.36 
 
 		 515 aa  497  1e-139  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2345  2-isopropylmalate synthase  50.79 
 
 		 512 aa  498  1e-139  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1286  2-isopropylmalate synthase  52.36 
 
 		 515 aa  497  1e-139  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1279  2-isopropylmalate synthase  52.36 
 
 		 515 aa  497  1e-139  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2101  2-isopropylmalate synthase  51.08 
 
 		 513 aa  497  1e-139  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0462257  normal  0.390804 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3626  2-isopropylmalate synthase  51.08 
 
 		 512 aa  496  1e-139  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2742  2-isopropylmalate synthase  51.77 
 
 		 515 aa  493  9.999999999999999e-139  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2072  2-isopropylmalate synthase  51.97 
 
 		 513 aa  494  9.999999999999999e-139  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2223  2-isopropylmalate synthase  51.57 
 
 		 513 aa  493  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.556121 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1907  2-isopropylmalate synthase  53.23 
 
 		 513 aa  493  9.999999999999999e-139  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3218  2-isopropylmalate synthase  51.31 
 
 		 507 aa  491  9.999999999999999e-139  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4862  2-isopropylmalate synthase  50.7 
 
 		 512 aa  493  9.999999999999999e-139  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1900  2-isopropylmalate synthase  52.17 
 
 		 513 aa  494  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.183482  normal  0.348361 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1018  2-isopropylmalate synthase  52.27 
 
 		 514 aa  495  9.999999999999999e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.284952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1721  2-isopropylmalate synthase  49.8 
 
 		 512 aa  494  9.999999999999999e-139  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0714728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3715  2-isopropylmalate synthase  51.59 
 
 		 516 aa  490  1e-137  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000112658  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1499  2-isopropylmalate synthase  51.38 
 
 		 515 aa  489  1e-137  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1265  2-isopropylmalate synthase  51.18 
 
 		 512 aa  490  1e-137  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000029461  decreased coverage  0.00000000000565514 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2322  2-isopropylmalate synthase  50.79 
 
 		 513 aa  491  1e-137  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0918  2-isopropylmalate synthase  51.9 
 
 		 513 aa  488  1e-137  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.711845  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0953  2-isopropylmalate synthase  51.3 
 
 		 513 aa  487  1e-136  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.218393  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0832  2-isopropylmalate synthase  51.95 
 
 		 536 aa  488  1e-136  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0860  2-isopropylmalate synthase  51.95 
 
 		 536 aa  488  1e-136  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.872251 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0391  2-isopropylmalate synthase  50.89 
 
 		 509 aa  488  1e-136  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1126  2-isopropylmalate synthase  50.39 
 
 		 536 aa  482  1e-135  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2888  2-isopropylmalate synthase  51.2 
 
 		 513 aa  483  1e-135  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0110293 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0749  2-isopropylmalate synthase  50.5 
 
 		 505 aa  482  1e-135  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0595  2-isopropylmalate synthase  49.21 
 
 		 532 aa  483  1e-135  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000207046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1553  2-isopropylmalate synthase  50.86 
 
 		 556 aa  479  1e-134  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.491054 
 
 
-
 
NC_002936  DET0830  2-isopropylmalate synthase  50.1 
 
 		 505 aa  479  1e-134  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.141095  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0226  2-isopropylmalate synthase  49.6 
 
 		 525 aa  480  1e-134  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.885298  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_734  isopropylmalate/homocitrate/citramalate synthase  50.1 
 
 		 505 aa  481  1e-134  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.368888  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1965  2-isopropylmalate synthase  51.05 
 
 		 556 aa  481  1e-134  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.130131 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1183  2-isopropylmalate synthase  51.3 
 
 		 515 aa  479  1e-134  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>