More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0442 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0442  exodeoxyribonuclease III  100 
 
 		 352 aa  724    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.576927 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0379  exodeoxyribonuclease III  90.37 
 
 		 270 aa  513  1e-144  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0284  exodeoxyribonuclease III Xth  88.15 
 
 		 270 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.27736  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0278  exodeoxyribonuclease III (xth)  80 
 
 		 270 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.792783  normal  0.20072 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0179  putative exodeoxyribonuclease III (xthA)  80.44 
 
 		 271 aa  456  1e-127  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.59766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0085  exodeoxyribonuclease III xth  77.21 
 
 		 295 aa  444  1.0000000000000001e-124  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.780104  normal  0.0810533 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0092  exodeoxyribonuclease III (xth)  76.38 
 
 		 293 aa  445  1.0000000000000001e-124  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.209408  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0444  exodeoxyribonuclease III Xth  62.5 
 
 		 272 aa  347  2e-94  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.264331  normal  0.0814808 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3746  exodeoxyribonuclease III Xth  61.25 
 
 		 269 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.428533  normal  0.0169792 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4400  exodeoxyribonuclease III Xth  61.25 
 
 		 269 aa  333  4e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.794763  normal  0.299594 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4910  exodeoxyribonuclease III Xth  59.78 
 
 		 269 aa  332  5e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0832655  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4030  exodeoxyribonuclease III Xth  61.25 
 
 		 269 aa  332  5e-90  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.225807 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1927  exodeoxyribonuclease III  53.72 
 
 		 289 aa  332  8e-90  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2004  exodeoxyribonuclease III  58.89 
 
 		 268 aa  329  3e-89  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4512  exodeoxyribonuclease III Xth  60.15 
 
 		 269 aa  329  5.0000000000000004e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.273616 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0330  exodeoxyribonuclease III Xth  59.11 
 
 		 270 aa  329  6e-89  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0159885 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2893  exodeoxyribonuclease III Xth  59.04 
 
 		 269 aa  325  7e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0962  exodeoxyribonuclease III Xth  58.52 
 
 		 268 aa  323  2e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3233  exodeoxyribonuclease III Xth  57.72 
 
 		 284 aa  324  2e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0194  exodeoxyribonuclease III Xth  55.16 
 
 		 290 aa  317  2e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.074274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1294  exodeoxyribonuclease III Xth  57.2 
 
 		 268 aa  315  5e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.956147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3054  exodeoxyribonuclease III  57.2 
 
 		 268 aa  314  9.999999999999999e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.589919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4232  exodeoxyribonuclease III  58.3 
 
 		 267 aa  311  1e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00320873  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4090  exodeoxyribonuclease III Xth  55.19 
 
 		 267 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.424801  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3766  exodeoxyribonuclease III Xth  54.44 
 
 		 267 aa  309  5e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.818209 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0095  exodeoxyribonuclease III  52.96 
 
 		 271 aa  299  4e-80  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2948  exodeoxyribonuclease III  52.55 
 
 		 270 aa  286  2.9999999999999996e-76  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2372  exodeoxyribonuclease III Xth  52.99 
 
 		 261 aa  284  2.0000000000000002e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.681659  normal  0.847152 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0036  exodeoxyribonuclease III  51.85 
 
 		 262 aa  283  3.0000000000000004e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000572838 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0053  exodeoxyribonuclease III  51.11 
 
 		 262 aa  277  2e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.809091 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3788  exodeoxyribonuclease III Xth  50.35 
 
 		 285 aa  275  9e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.996968  normal  0.240216 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0414  exodeoxyribonuclease III Xth  52.04 
 
 		 267 aa  268  1e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.549191  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3127  exodeoxyribonuclease III Xth  50.18 
 
 		 262 aa  268  1e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.24469  hitchhiker  0.00159144 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0848  exodeoxyribonuclease III  49.45 
 
 		 262 aa  263  3e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0490344  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2506  exodeoxyribonuclease III Xth  49.08 
 
 		 262 aa  262  6e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.550237  normal  0.792362 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0421  exodeoxyribonuclease III  49.26 
 
 		 262 aa  261  1e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3190  exodeoxyribonuclease III  49.08 
 
 		 263 aa  258  1e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0045  exodeoxyribonuclease III Xth  52.09 
 
 		 270 aa  256  4e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.278915  normal  0.0499995 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2671  exodeoxyribonuclease III (xth)  48.5 
 
 		 264 aa  253  4.0000000000000004e-66  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.301429  normal  0.96147 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5009  exodeoxyribonuclease III Xth  46.21 
 
 		 268 aa  241  2e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3696  exodeoxyribonuclease III xth  43.6 
 
 		 249 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.804247  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0703  hypothetical protein  34.44 
 
 		 256 aa  147  3e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0685  hypothetical protein  34.81 
 
 		 256 aa  145  8.000000000000001e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1637  exodeoxyribonuclease III Xth  37.08 
 
 		 261 aa  145  8.000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1911  exodeoxyribonuclease III Xth  34.2 
 
 		 264 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.566879  normal  0.517852 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2232  exodeoxyribonuclease III Xth  32.97 
 
 		 264 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.410107 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1956  exodeoxyribonuclease III Xth  32.6 
 
 		 264 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0751549  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2496  exodeoxyribonuclease III  34.74 
 
 		 267 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.0083215  normal  0.338343 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05481  exodeoxyribonuclease III  32.5 
 
 		 281 aa  140  3e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2700  exodeoxyribonuclease III Xth  34.19 
 
 		 270 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.6811 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1817  exodeoxyribonuclease III  34.19 
 
 		 275 aa  139  6e-32  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.170882  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05411  exodeoxyribonuclease III  33.82 
 
 		 275 aa  139  6e-32  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.186769 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2607  exodeoxyribonuclease III  31.87 
 
 		 265 aa  139  7.999999999999999e-32  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0881671 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1154  exodeoxyribonuclease III Xth  34.94 
 
 		 263 aa  138  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.311062  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0549  exodeoxyribonuclease III Xth  34.7 
 
 		 264 aa  138  1e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00024282 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0929  exodeoxyribonuclease III Xth  33.7 
 
 		 261 aa  137  2e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2467  exodeoxyribonuclease III  34.31 
 
 		 257 aa  138  2e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.184552 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3266  exodeoxyribonuclease III Xth  33.46 
 
 		 263 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4997  exodeoxyribonuclease III  35.56 
 
 		 258 aa  137  3.0000000000000003e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.541642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1820  exodeoxyribonuclease III  35.21 
 
 		 267 aa  135  8e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.458905  hitchhiker  0.00350077 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06981  exodeoxyribonuclease III  34.19 
 
 		 279 aa  135  8e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3070  exodeoxyribonuclease III  35.69 
 
 		 256 aa  135  9e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2221  exodeoxyribonuclease III  32.23 
 
 		 270 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.162729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2180  exodeoxyribonuclease III (xth)  30.86 
 
 		 256 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2776  exodeoxyribonuclease III Xth  33.96 
 
 		 260 aa  135  1.9999999999999998e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0418103 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2804  exodeoxyribonuclease III  35.61 
 
 		 263 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.96481  normal  0.323562 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1755  exodeoxyribonuclease III (xth)  33.7 
 
 		 266 aa  133  3.9999999999999996e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05401  exodeoxyribonuclease III  31.93 
 
 		 281 aa  133  5e-30  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.889276  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0258  exodeoxyribonuclease III  34.3 
 
 		 264 aa  132  6.999999999999999e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0433178  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0485  exodeoxyribonuclease III  30.96 
 
 		 281 aa  132  7.999999999999999e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.229415  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04851  exodeoxyribonuclease III  33.7 
 
 		 277 aa  132  9e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.416527  normal  0.309597 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3911  exodeoxyribonuclease III  31.52 
 
 		 271 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1194  exodeoxyribonuclease III Xth  36.84 
 
 		 258 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.118144  normal  0.796496 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0065  exodeoxyribonuclease III Xth  36.06 
 
 		 259 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1114  exodeoxyribonuclease III Xth  36.84 
 
 		 258 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1686  exodeoxyribonuclease III  31.34 
 
 		 262 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4438  exodeoxyribonuclease III  32.96 
 
 		 263 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1964  exodeoxyribonuclease III Xth  30.97 
 
 		 258 aa  131  2.0000000000000002e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0747161  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1810  exodeoxyribonuclease III xth  31.2 
 
 		 266 aa  130  3e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.962919 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0864  exodeoxyribonuclease III  32.73 
 
 		 279 aa  130  3e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4446  exodeoxyribonuclease III Xth  36.09 
 
 		 258 aa  130  3e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.499589 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5986  exodeoxyribonuclease III Xth  31.77 
 
 		 270 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.294616 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1246  exodeoxyribonuclease III Xth  35.61 
 
 		 254 aa  130  5.0000000000000004e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0137674 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35330  Exodeoxyribonuclease III  33.45 
 
 		 263 aa  129  5.0000000000000004e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.139332  normal  0.143456 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1180  exodeoxyribonuclease III  34.56 
 
 		 264 aa  129  6e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.346551  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4240  exodeoxyribonuclease III Xth  30.97 
 
 		 262 aa  129  7.000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.381888  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2680  exonuclease III  32.08 
 
 		 264 aa  129  8.000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.112967  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1677  exodeoxyribonuclease III Xth  31.34 
 
 		 263 aa  129  9.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1447  exodeoxyribonuclease III  35.71 
 
 		 258 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.529853  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1479  exodeoxyribonuclease III Xth  31.87 
 
 		 263 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.688806 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2435  exodeoxyribonuclease III  33.46 
 
 		 255 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.147349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2428  exodeoxyribonuclease III Xth  32.62 
 
 		 264 aa  128  1.0000000000000001e-28  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.215076 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3127  exodeoxyribonuclease III Xth  32.73 
 
 		 262 aa  128  1.0000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.427624 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1749  exodeoxyribonuclease III  32.35 
 
 		 259 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0415  exodeoxyribonuclease III  32.58 
 
 		 265 aa  128  1.0000000000000001e-28  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05580  Exodeoxyribonuclease III  33.45 
 
 		 281 aa  129  1.0000000000000001e-28  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0873  exodeoxyribonuclease III  32.45 
 
 		 260 aa  128  2.0000000000000002e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2355  exodeoxyribonuclease III Xth  32.21 
 
 		 260 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.936665  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15770  Exodeoxyribonuclease III  33.21 
 
 		 259 aa  127  3e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.587593  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3564  exodeoxyribonuclease III  34.07 
 
 		 261 aa  127  3e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>