More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1679 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1679  amidase  100 
 
 		 500 aa  1004    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1900  amidase  84.66 
 
 		 490 aa  786    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7130  amidase  67.21 
 
 		 489 aa  614  9.999999999999999e-175  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4139  amidase  59.88 
 
 		 483 aa  543  1e-153  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.459959 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2578  amidase  58.42 
 
 		 483 aa  506  9.999999999999999e-143  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.06158 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0691  amidase  44.37 
 
 		 505 aa  352  8e-96  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.771388  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5248  Amidase  50.22 
 
 		 457 aa  346  7e-94  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0000283595  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5240  putative amidase  42.57 
 
 		 485 aa  329  6e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.273599 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0798  amidase  42.74 
 
 		 485 aa  320  3e-86  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.623196  normal  0.286428 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0495  amidase  41.61 
 
 		 505 aa  317  4e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.52997  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3768  amidase  41.05 
 
 		 498 aa  300  6e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.30926  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1302  amidase  39.18 
 
 		 477 aa  280  4e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7092  amidase  40.59 
 
 		 485 aa  278  2e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13196  amidase  39.88 
 
 		 495 aa  268  2e-70  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.471153 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3620  amidase  36.81 
 
 		 473 aa  222  9.999999999999999e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2860  amidase  32.92 
 
 		 477 aa  208  2e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1430  amidase  36.83 
 
 		 466 aa  205  1e-51  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.904351 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1685  amidase  35.64 
 
 		 466 aa  201  3e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.992424  normal  0.16071 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1350  amidase  30.7 
 
 		 446 aa  197  4.0000000000000005e-49  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.149618  normal  0.0776826 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3400  Amidase  32.45 
 
 		 472 aa  194  4e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.602142  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4261  Amidase  33.19 
 
 		 475 aa  186  1.0000000000000001e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.699338  normal  0.643604 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1254  amidase  32.05 
 
 		 472 aa  183  8.000000000000001e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0156398 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0238  amidase  33.61 
 
 		 475 aa  181  2e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.190068  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2402  amidase  34.67 
 
 		 492 aa  181  4e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.574141  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3827  amidase  31.5 
 
 		 495 aa  180  4e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.550794 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2905  Amidase  35.35 
 
 		 463 aa  178  2e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.52422  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2186  Amidase  32.38 
 
 		 470 aa  177  5e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1671  amidase  32.77 
 
 		 482 aa  176  6e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.677063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1838  amidase  32.07 
 
 		 477 aa  176  8e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.942234  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2120  Amidase  33.4 
 
 		 447 aa  174  1.9999999999999998e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1649  amidase  37.25 
 
 		 469 aa  174  2.9999999999999996e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.045909 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2243  amidase  34.81 
 
 		 463 aa  174  2.9999999999999996e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00714372 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4912  amidase  33.53 
 
 		 496 aa  173  5e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5054  amidase  33.12 
 
 		 458 aa  172  1e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.903998 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4870  Amidase  35.56 
 
 		 473 aa  172  2e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1131  amidase  32.48 
 
 		 494 aa  171  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.28334 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4003  amidase  31.59 
 
 		 494 aa  169  8e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.582745  normal  0.212631 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3629  amidase  32.83 
 
 		 477 aa  169  8e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4838  Amidase  31.77 
 
 		 469 aa  169  1e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1340  Amidase  29.47 
 
 		 470 aa  169  1e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000104269  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0501  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.96 
 
 		 480 aa  169  1e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3083  amidase  33.96 
 
 		 463 aa  169  1e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0269706 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4083  amidase  31.99 
 
 		 494 aa  169  1e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56450  amidase  32.49 
 
 		 494 aa  168  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.677311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0143  Amidase  31.54 
 
 		 474 aa  168  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.391657  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1934  Amidase  32.76 
 
 		 477 aa  168  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.000185189  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1628  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  30.23 
 
 		 484 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.013729  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2569  amidase family protein  32.04 
 
 		 507 aa  167  4e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.111289  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4547  amidase  31.79 
 
 		 494 aa  167  5e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5611  amidase  32.13 
 
 		 494 aa  167  5e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.967064  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4689  amidase  32.13 
 
 		 494 aa  167  5e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.292379  normal  0.198691 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3678  amidase  32.13 
 
 		 494 aa  167  5e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2304  hypothetical protein  34.08 
 
 		 469 aa  166  9e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1103  amidase  31.66 
 
 		 472 aa  166  1.0000000000000001e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1493  amidase  34.85 
 
 		 468 aa  165  2.0000000000000002e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.710832  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2205  Amidase  33.54 
 
 		 473 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.904932  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2277  hypothetical protein  33.33 
 
 		 469 aa  164  4.0000000000000004e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2532  amidase  36.07 
 
 		 463 aa  163  6e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.123616 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3866  Amidase  32.93 
 
 		 480 aa  162  2e-38  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1453  Amidase  29.56 
 
 		 494 aa  161  2e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.830679  normal  0.199782 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1411  Amidase  29.56 
 
 		 491 aa  161  3e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.440545 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3826  amidase  32.58 
 
 		 509 aa  160  4e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.124732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3411  amidase  30.33 
 
 		 499 aa  160  5e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.675825  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30110  putative amidase  32.85 
 
 		 469 aa  160  5e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.00374017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7676  amidase  29.71 
 
 		 471 aa  160  7e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.616001  normal  0.331249 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2877  putative amidotransferase  29.07 
 
 		 473 aa  159  7e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.0420813 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0322  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.6 
 
 		 497 aa  159  1e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0058  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  31.75 
 
 		 494 aa  159  1e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1146  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.03 
 
 		 486 aa  158  2e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2260  amidase  31.73 
 
 		 507 aa  157  3e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172416  normal  0.824676 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4797  putative amidase  32.92 
 
 		 498 aa  157  4e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.199104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1770  amidase  29.9 
 
 		 475 aa  157  4e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.484438  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_002936  DET1335  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.97 
 
 		 486 aa  157  5.0000000000000005e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2168  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.91 
 
 		 485 aa  157  5.0000000000000005e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1117  Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit and amidase  28.97 
 
 		 486 aa  157  6e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0559  Amidase  32.16 
 
 		 461 aa  156  7e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2551  amidase  33 
 
 		 485 aa  156  9e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1933  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  29.51 
 
 		 474 aa  155  2e-36  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.129092  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6669  amidase  31.67 
 
 		 478 aa  154  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.654652  normal  0.28334 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4434  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A  31.03 
 
 		 486 aa  155  2e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.689377  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2636  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.28 
 
 		 483 aa  154  2.9999999999999998e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1293  amidase  31.12 
 
 		 485 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0666673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2609  amidase  31.53 
 
 		 485 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.369685 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0983  amidase  32.3 
 
 		 485 aa  154  4e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0721  glutamyl-tRNA, putative  29.72 
 
 		 534 aa  154  4e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2430  amidase  31.02 
 
 		 522 aa  154  4e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.656573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1912  putative amidase  31.89 
 
 		 486 aa  153  5e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2094  Amidase  30.04 
 
 		 499 aa  153  7e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.403841  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0709  Amidase  33.6 
 
 		 507 aa  153  8e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0982  indoleacetamide hydrolase  31.3 
 
 		 470 aa  152  1e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.682972  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0576  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  27.42 
 
 		 485 aa  152  2e-35  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.558849  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0487  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.43 
 
 		 485 aa  152  2e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2751  amidase  31.5 
 
 		 485 aa  151  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.306922 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0458  Amidase  29.87 
 
 		 549 aa  150  4e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3666  amidase  31.89 
 
 		 466 aa  150  4e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0292  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.94 
 
 		 499 aa  150  4e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1252  amidase  32.85 
 
 		 477 aa  150  4e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3821  amidase  31.46 
 
 		 467 aa  150  4e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3526  amidase  31.33 
 
 		 490 aa  150  5e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4989  Amidase  33.2 
 
 		 472 aa  150  6e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>