More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5248 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_5248  Amidase  100 
 
 		 457 aa  888    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0000283595  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1679  amidase  49.78 
 
 		 500 aa  380  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1900  amidase  50 
 
 		 490 aa  375  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7130  amidase  47.05 
 
 		 489 aa  358  9.999999999999999e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4139  amidase  46.29 
 
 		 483 aa  341  2e-92  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.459959 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2578  amidase  46.94 
 
 		 483 aa  332  1e-89  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.06158 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0691  amidase  42.05 
 
 		 505 aa  291  2e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.771388  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3768  amidase  40.43 
 
 		 498 aa  268  2e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.30926  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0495  amidase  40 
 
 		 505 aa  263  4e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.52997  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5240  putative amidase  40 
 
 		 485 aa  254  3e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.273599 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0798  amidase  38.66 
 
 		 485 aa  246  9e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.623196  normal  0.286428 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7092  amidase  38.86 
 
 		 485 aa  226  6e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1302  amidase  36.53 
 
 		 477 aa  218  2e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13196  amidase  38.36 
 
 		 495 aa  209  7e-53  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.471153 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1350  amidase  29.24 
 
 		 446 aa  192  1e-47  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.149618  normal  0.0776826 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2120  Amidase  37.81 
 
 		 447 aa  186  1.0000000000000001e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3400  Amidase  34.11 
 
 		 472 aa  181  2e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.602142  normal  1 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3866  Amidase  33.26 
 
 		 480 aa  179  9e-44  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2860  amidase  33.48 
 
 		 477 aa  179  1e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1131  amidase  33.12 
 
 		 494 aa  172  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.28334 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1146  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.83 
 
 		 486 aa  169  9e-41  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0238  amidase  35.18 
 
 		 475 aa  168  2e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.190068  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5611  amidase  32.56 
 
 		 494 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.967064  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3678  amidase  32.56 
 
 		 494 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4689  amidase  32.56 
 
 		 494 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.292379  normal  0.198691 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1117  Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit and amidase  29.24 
 
 		 486 aa  166  9e-40  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4003  amidase  32.3 
 
 		 494 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.582745  normal  0.212631 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3826  amidase  34.03 
 
 		 509 aa  165  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.124732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1649  amidase  37.81 
 
 		 469 aa  165  1.0000000000000001e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.045909 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4547  amidase  32.13 
 
 		 494 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4083  amidase  32.13 
 
 		 494 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4261  Amidase  30.49 
 
 		 475 aa  164  4.0000000000000004e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.699338  normal  0.643604 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1252  amidase  35.89 
 
 		 477 aa  163  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1335  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.04 
 
 		 486 aa  163  5.0000000000000005e-39  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1166  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  27.78 
 
 		 483 aa  163  7e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0983  amidase  31.29 
 
 		 485 aa  162  9e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2402  amidase  35 
 
 		 492 aa  162  1e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.574141  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0501  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.25 
 
 		 480 aa  162  1e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3827  amidase  31.34 
 
 		 495 aa  160  4e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.550794 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3411  amidase  34.19 
 
 		 499 aa  160  5e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.675825  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2905  Amidase  35.79 
 
 		 463 aa  159  1e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.52422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1254  amidase  32.39 
 
 		 472 aa  157  3e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0156398 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7198  putative glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A (Glu-ADT subunit A)  33.7 
 
 		 461 aa  156  8e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1671  amidase  32.55 
 
 		 482 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.677063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1838  amidase  33.77 
 
 		 477 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.942234  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0765  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.57 
 
 		 485 aa  154  2.9999999999999998e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00375757  normal  0.450194 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2205  Amidase  34.45 
 
 		 473 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.904932  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1340  Amidase  29.07 
 
 		 470 aa  154  4e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000104269  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1430  amidase  34.59 
 
 		 466 aa  154  4e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.904351 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1685  amidase  33.04 
 
 		 466 aa  153  5e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.992424  normal  0.16071 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2915  Amidase  32.92 
 
 		 495 aa  153  5.9999999999999996e-36  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2436  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  26.94 
 
 		 486 aa  152  1e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7676  amidase  33.19 
 
 		 471 aa  152  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.616001  normal  0.331249 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0487  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  27.52 
 
 		 485 aa  152  2e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0111  Amidase  32.48 
 
 		 459 aa  151  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00542197  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2653  Amidase  28.27 
 
 		 450 aa  149  9e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1912  putative amidase  34.14 
 
 		 486 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2877  putative amidotransferase  32.69 
 
 		 473 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.0420813 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5269  amidase  33.05 
 
 		 467 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357153  normal  0.248065 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3512  amidase  33.47 
 
 		 466 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1700  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.93 
 
 		 483 aa  147  3e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4797  putative amidase  33.68 
 
 		 498 aa  148  3e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.199104  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0041  Amidase  31.33 
 
 		 483 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1770  amidase  30.56 
 
 		 475 aa  147  4.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.484438  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2430  amidase  32.98 
 
 		 522 aa  147  4.0000000000000006e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.656573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3666  amidase  32.57 
 
 		 466 aa  147  6e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0464  aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit A  28.06 
 
 		 491 aa  146  7.0000000000000006e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4912  amidase  31.86 
 
 		 496 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4006  amidase  32.99 
 
 		 466 aa  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.525066  normal  0.419879 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2260  amidase  31.61 
 
 		 507 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172416  normal  0.824676 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1658  amidase  31.76 
 
 		 507 aa  145  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2751  amidase  31.22 
 
 		 485 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.306922 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5054  amidase  32.51 
 
 		 458 aa  144  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.903998 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1701  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.93 
 
 		 483 aa  144  3e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3629  amidase  32.9 
 
 		 477 aa  144  3e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1626  Amidase  33.76 
 
 		 516 aa  144  3e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.816774  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2248  amidase  33.55 
 
 		 516 aa  144  4e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.877077 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2569  amidase family protein  31.34 
 
 		 507 aa  144  5e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.111289  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2186  Amidase  28.82 
 
 		 470 aa  143  5e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0883  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.33 
 
 		 475 aa  143  6e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4434  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A  29.2 
 
 		 486 aa  143  7e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.689377  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5467  amidase  33.62 
 
 		 508 aa  143  7e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0261101 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0058  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  30.17 
 
 		 494 aa  142  9e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2155  amidohydrolase, AtzE family  31.34 
 
 		 457 aa  142  9e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.83401 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04870  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  31.61 
 
 		 461 aa  142  9.999999999999999e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0322  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.38 
 
 		 497 aa  142  9.999999999999999e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1465  amidase  32.54 
 
 		 535 aa  142  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.741427 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2499  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  29.24 
 
 		 491 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3083  amidase  34.8 
 
 		 463 aa  141  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0269706 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3449  amidase  33.26 
 
 		 467 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0870  amidase  34.71 
 
 		 459 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.555977 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1096  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  32.42 
 
 		 489 aa  140  4.999999999999999e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4149  amidase  31.52 
 
 		 465 aa  140  6e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.706387  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3674  amidase  30.33 
 
 		 464 aa  140  7e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2627  amidase  33.68 
 
 		 466 aa  140  7e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4870  Amidase  33.55 
 
 		 473 aa  139  1e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1115  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  29.25 
 
 		 485 aa  139  1e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00160205  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1500  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase A subunit  31.01 
 
 		 476 aa  139  1e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0473179 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0709  Amidase  32.7 
 
 		 507 aa  139  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0846  amidohydrolase, AtzE family  31.19 
 
 		 464 aa  139  1e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.566975  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>