More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0495 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_0495  amidase  100 
 
 		 505 aa  1014    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.52997  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3768  amidase  67.95 
 
 		 498 aa  623  1e-177  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.30926  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1900  amidase  42.77 
 
 		 490 aa  317  3e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1679  amidase  41.61 
 
 		 500 aa  315  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4139  amidase  42.03 
 
 		 483 aa  305  1.0000000000000001e-81  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.459959 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0691  amidase  43.76 
 
 		 505 aa  303  4.0000000000000003e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.771388  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2578  amidase  42.27 
 
 		 483 aa  297  3e-79  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.06158 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7130  amidase  42.37 
 
 		 489 aa  287  2.9999999999999996e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7092  amidase  41.21 
 
 		 485 aa  268  1e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0798  amidase  38.38 
 
 		 485 aa  267  4e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.623196  normal  0.286428 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5240  putative amidase  39.83 
 
 		 485 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.273599 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5248  Amidase  40.64 
 
 		 457 aa  233  7.000000000000001e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0000283595  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1302  amidase  36.58 
 
 		 477 aa  232  1e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13196  amidase  37.42 
 
 		 495 aa  208  2e-52  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.471153 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1649  amidase  33.19 
 
 		 469 aa  191  2.9999999999999997e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.045909 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3400  Amidase  33.89 
 
 		 472 aa  187  4e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.602142  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2120  Amidase  34.44 
 
 		 447 aa  182  1e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04870  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  33.7 
 
 		 461 aa  181  4e-44  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2860  amidase  32.03 
 
 		 477 aa  179  1e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1254  amidase  31.47 
 
 		 472 aa  174  2.9999999999999996e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0156398 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3620  amidase  32.98 
 
 		 473 aa  172  2e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0238  amidase  32.57 
 
 		 475 aa  168  2e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.190068  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2205  Amidase  34.75 
 
 		 473 aa  167  5e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.904932  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0982  indoleacetamide hydrolase  33.47 
 
 		 470 aa  164  3e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.682972  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0765  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.48 
 
 		 485 aa  164  4.0000000000000004e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00375757  normal  0.450194 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56450  amidase  33.13 
 
 		 494 aa  162  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.677311  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4261  Amidase  31.69 
 
 		 475 aa  161  2e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.699338  normal  0.643604 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3629  amidase  33.26 
 
 		 477 aa  162  2e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2304  hypothetical protein  32.57 
 
 		 469 aa  161  3e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1838  amidase  32.38 
 
 		 477 aa  160  4e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.942234  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4912  amidase  32.8 
 
 		 496 aa  160  7e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0576  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.57 
 
 		 485 aa  158  2e-37  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.558849  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1350  amidase  27.39 
 
 		 446 aa  158  2e-37  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.149618  normal  0.0776826 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7676  amidase  32.49 
 
 		 471 aa  157  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.616001  normal  0.331249 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1430  amidase  33.4 
 
 		 466 aa  157  4e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.904351 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2277  hypothetical protein  33.02 
 
 		 469 aa  157  4e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0501  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.31 
 
 		 480 aa  157  6e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6669  amidase  32.2 
 
 		 478 aa  156  8e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.654652  normal  0.28334 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1146  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.62 
 
 		 486 aa  156  8e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3556  amidase  32.55 
 
 		 473 aa  155  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.512755  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2499  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  28.69 
 
 		 491 aa  154  2e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1117  Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit and amidase  29.23 
 
 		 486 aa  155  2e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3827  amidase  30.69 
 
 		 495 aa  154  2.9999999999999998e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.550794 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0111  Amidase  34.04 
 
 		 459 aa  153  7e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00542197  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3411  amidase  30.87 
 
 		 499 aa  153  8e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.675825  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1335  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.23 
 
 		 486 aa  152  1e-35  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6072  amidase  32.84 
 
 		 471 aa  152  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0928506  normal  1 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2915  Amidase  34.98 
 
 		 495 aa  152  2e-35  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2905  Amidase  35.01 
 
 		 463 aa  151  3e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.52422  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4838  Amidase  32.06 
 
 		 469 aa  151  3e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4006  amidase  33.12 
 
 		 466 aa  150  4e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.525066  normal  0.419879 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3058  amidase  33.06 
 
 		 467 aa  150  5e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.732853 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2402  amidase  31.58 
 
 		 492 aa  150  5e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.574141  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20980  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  33.33 
 
 		 479 aa  149  8e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.705121  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1541  aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit A  30.58 
 
 		 486 aa  149  9e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.859243  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1934  Amidase  32.09 
 
 		 477 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.000185189  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0143  Amidase  33.64 
 
 		 474 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.391657  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4073  amidase  31.53 
 
 		 556 aa  147  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3512  amidase  32.84 
 
 		 466 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1252  amidase  33.71 
 
 		 477 aa  146  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2186  Amidase  29.17 
 
 		 470 aa  146  9e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3821  amidase  32.42 
 
 		 467 aa  146  9e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1671  amidase  32.41 
 
 		 482 aa  146  9e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.677063  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3192  amidase family protein  31.19 
 
 		 475 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2094  Amidase  30.57 
 
 		 499 aa  146  1e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.403841  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4545  putative amidase  33.05 
 
 		 468 aa  145  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0786756  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2627  amidase  32.42 
 
 		 466 aa  145  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0041  Amidase  30.8 
 
 		 483 aa  144  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1655  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.81 
 
 		 475 aa  144  3e-33  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0292  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.96 
 
 		 499 aa  144  3e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2489  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.41 
 
 		 490 aa  144  4e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.111465  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2281  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  31.13 
 
 		 501 aa  144  5e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2436  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  27.15 
 
 		 486 aa  143  7e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1411  Amidase  30.88 
 
 		 491 aa  143  8e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.440545 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2877  putative amidotransferase  31.26 
 
 		 473 aa  142  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.0420813 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4870  Amidase  33.68 
 
 		 473 aa  142  9.999999999999999e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3674  amidase  29.89 
 
 		 464 aa  142  9.999999999999999e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1453  Amidase  31.65 
 
 		 494 aa  142  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.830679  normal  0.199782 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3137  amidase  32.88 
 
 		 491 aa  142  1.9999999999999998e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.26516 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3866  Amidase  30.72 
 
 		 480 aa  142  1.9999999999999998e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0761  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  27.93 
 
 		 486 aa  141  3e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3870  2-alkenal reductase  32.77 
 
 		 454 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.80719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7198  putative glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A (Glu-ADT subunit A)  31.66 
 
 		 461 aa  140  4.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4364  amidase  32.65 
 
 		 471 aa  140  4.999999999999999e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000480403  normal  0.468217 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1032  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.6 
 
 		 486 aa  140  6e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.929354  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0697  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.66 
 
 		 505 aa  140  6e-32  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5269  amidase  31.98 
 
 		 467 aa  140  7e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357153  normal  0.248065 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2653  Amidase  28.07 
 
 		 450 aa  139  7.999999999999999e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2615  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.46 
 
 		 482 aa  139  7.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4203  amidase  30.49 
 
 		 462 aa  139  8.999999999999999e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.742932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0487  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  26.67 
 
 		 485 aa  139  1e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2536  Amidase  31.49 
 
 		 473 aa  139  1e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3159  amidase  35.56 
 
 		 469 aa  139  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.039677  normal  0.257875 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3501  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.85 
 
 		 482 aa  139  1e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1228  amidase  33.33 
 
 		 466 aa  139  1e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0352  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.36 
 
 		 498 aa  138  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4623  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.66 
 
 		 491 aa  138  2e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1154  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.38 
 
 		 485 aa  138  2e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02330  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  28.72 
 
 		 477 aa  137  3.0000000000000003e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.313614  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2583  amidase  31.69 
 
 		 490 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>