More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2051 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_2051  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
255 aa  510  1e-144  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.641389  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3583  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  86.51 
 
 
279 aa  416  9.999999999999999e-116  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.98 
 
 
255 aa  345  4e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.432409 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0568  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.49 
 
 
255 aa  318  3.9999999999999996e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.618168  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5975  NAD/NADP dependent oxidoreductase  63.92 
 
 
255 aa  311  5.999999999999999e-84  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0609  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.06 
 
 
255 aa  310  2e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.224785 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2755  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.43 
 
 
259 aa  303  1.0000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.910839 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5199  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.24 
 
 
259 aa  296  2e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.85 
 
 
259 aa  295  4e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.947162  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.99 
 
 
254 aa  236  3e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.535154 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6170  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.19 
 
 
268 aa  234  8e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.343653 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.36 
 
 
251 aa  196  2.0000000000000003e-49  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.41 
 
 
256 aa  185  6e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.9 
 
 
250 aa  178  9e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0527344  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.8 
 
 
258 aa  177  2e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.04 
 
 
251 aa  176  4e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.75 
 
 
253 aa  175  5e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5564  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.63 
 
 
250 aa  174  9.999999999999999e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0387947  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.87 
 
 
250 aa  172  3.9999999999999995e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.37 
 
 
250 aa  172  5.999999999999999e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.141854 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0533  short chain dehydrogenase  41.73 
 
 
257 aa  170  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.55 
 
 
254 aa  167  2e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.02 
 
 
257 aa  166  4e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3299  hypothetical protein  41.57 
 
 
257 aa  165  5.9999999999999996e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.982919  normal  0.296802 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0772  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.53 
 
 
256 aa  164  1.0000000000000001e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2921  dehydrogenase  41.8 
 
 
261 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.932836 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 
250 aa  164  2.0000000000000002e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.663428  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.5 
 
 
249 aa  162  4.0000000000000004e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4671  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.39 
 
 
283 aa  162  4.0000000000000004e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
256 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.94 
 
 
246 aa  160  1e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1783  glucose 1-dehydrogenase  37.3 
 
 
247 aa  160  1e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.88349  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.08 
 
 
257 aa  160  1e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.19857  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
259 aa  160  2e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1849  short chain dehydrogenase  38.13 
 
 
255 aa  160  2e-38  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.838313 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3466  glucose 1-dehydrogenase  36.9 
 
 
247 aa  160  3e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0764776  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42 
 
 
250 aa  159  4e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189012  normal  0.165554 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
254 aa  159  5e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.15 
 
 
246 aa  159  6e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.55 
 
 
246 aa  158  8e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
255 aa  158  1e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.649375  normal  0.270956 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  36.4 
 
 
255 aa  158  1e-37  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0401  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
245 aa  157  1e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.679351  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
269 aa  157  1e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.69 
 
 
276 aa  157  2e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.185872  hitchhiker  0.0000125896 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3563  p-cumic alcohol dehydrogenase (CymB)  42.52 
 
 
252 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.822337  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
250 aa  156  3e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.758731  normal  0.103076 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.15 
 
 
263 aa  156  3e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.101369  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2585  short chain dehydrogenase  36.33 
 
 
259 aa  156  3e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.25122  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 
265 aa  156  3e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5049  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
250 aa  155  5.0000000000000005e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.553116  normal  0.644711 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.53 
 
 
249 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.23 
 
 
260 aa  155  6e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0407787  normal  0.415093 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3544  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.11 
 
 
271 aa  155  8e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1686  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
257 aa  154  9e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1709  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
266 aa  155  9e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
257 aa  154  9e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1775  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
257 aa  154  1e-36  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.612868  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3519  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 
252 aa  154  1e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2853  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.9 
 
 
249 aa  153  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3691  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.3 
 
 
254 aa  152  4e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2439  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
249 aa  152  4e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.427983  normal  0.121811 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0097  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 
262 aa  152  7e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
253 aa  151  8e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
254 aa  150  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.708802  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7135  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
254 aa  151  1e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.0065631  normal  0.440854 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1402  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.08 
 
 
249 aa  151  1e-35  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.5 
 
 
246 aa  150  1e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.74 
 
 
251 aa  150  2e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.74 
 
 
251 aa  150  2e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2035  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
248 aa  150  2e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000355798  normal  0.0941785 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 
245 aa  150  2e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
263 aa  150  3e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5146  short chain dehydrogenase  38.28 
 
 
249 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.485132 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.22 
 
 
251 aa  149  3e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000195486  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
250 aa  149  3e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.22 
 
 
249 aa  149  4e-35  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.598625  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0884  dehydrogenase  36.19 
 
 
257 aa  149  4e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6913  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.46 
 
 
247 aa  149  5e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.214979  normal  0.444362 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
252 aa  149  5e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.47 
 
 
248 aa  149  5e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2957  putative short-chain dehydrogenase/reductase  40.84 
 
 
247 aa  149  5e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  38.46 
 
 
253 aa  148  7e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.86 
 
 
252 aa  148  8e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1027  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
255 aa  148  8e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.162923  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38 
 
 
263 aa  148  8e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00404736  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.2 
 
 
257 aa  148  9e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7696  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
251 aa  148  9e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.984897  normal  0.462493 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 
255 aa  147  1.0000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.423234  normal  0.0918658 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 
244 aa  147  1.0000000000000001e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.271894  normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  38.82 
 
 
251 aa  147  1.0000000000000001e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3095  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  38.59 
 
 
246 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.025547 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.22 
 
 
256 aa  147  1.0000000000000001e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.624972 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 
255 aa  147  1.0000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1255  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.49 
 
 
247 aa  147  1.0000000000000001e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.15 
 
 
247 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4827  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.08 
 
 
295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1475  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.52 
 
 
266 aa  146  2.0000000000000003e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.388787  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3193  short chain dehydrogenase  37.89 
 
 
255 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1308  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.43 
 
 
257 aa  147  2.0000000000000003e-34  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>