More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5199 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008391  Bamb_5199  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
259 aa  527  1e-149  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  98.07 
 
 
259 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.947162  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2755  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  93.82 
 
 
259 aa  472  1e-132  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.910839 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0568  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.06 
 
 
255 aa  330  2e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.618168  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0609  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.46 
 
 
255 aa  323  2e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.224785 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5975  NAD/NADP dependent oxidoreductase  64.29 
 
 
255 aa  312  2.9999999999999996e-84  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.66 
 
 
255 aa  306  2.0000000000000002e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.432409 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2051  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.24 
 
 
255 aa  285  5e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.641389  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3583  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.39 
 
 
279 aa  283  3.0000000000000004e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.96 
 
 
254 aa  238  5.999999999999999e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.535154 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6170  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
268 aa  228  5e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.343653 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
254 aa  190  2e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.73 
 
 
251 aa  188  7e-47  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 
251 aa  176  4e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
256 aa  175  6e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.4 
 
 
252 aa  167  2e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  40.71 
 
 
251 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2921  dehydrogenase  39.68 
 
 
261 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.932836 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.13 
 
 
256 aa  161  8.000000000000001e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5564  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.65 
 
 
250 aa  160  1e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0387947  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.15 
 
 
250 aa  160  1e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.141854 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.67 
 
 
257 aa  161  1e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.78 
 
 
250 aa  160  2e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.663428  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.72 
 
 
260 aa  160  3e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.375615 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1255  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.08 
 
 
247 aa  160  3e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1402  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.08 
 
 
249 aa  159  5e-38  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2681  short chain dehydrogenase  38.89 
 
 
263 aa  159  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2639  short chain dehydrogenase  38.89 
 
 
263 aa  159  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2705  short chain dehydrogenase  38.89 
 
 
263 aa  159  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.856225  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2590  short chain dehydrogenase  38.89 
 
 
263 aa  159  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2811  short chain dehydrogenase  38.89 
 
 
263 aa  159  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 
250 aa  158  7e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0527344  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2647  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.3 
 
 
252 aa  156  3e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000389723  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.61 
 
 
254 aa  156  3e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.25 
 
 
249 aa  155  6e-37  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.598625  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3871  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.69 
 
 
249 aa  155  8e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.43434  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05466  dehydrogenase oxidoreductase protein  40.08 
 
 
255 aa  155  9e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.968817  normal  0.104137 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.76 
 
 
247 aa  154  9e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.65 
 
 
259 aa  154  9e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2581  short chain dehydrogenase  38.1 
 
 
263 aa  154  1e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 
263 aa  154  2e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2712  short chain dehydrogenase  38.1 
 
 
263 aa  154  2e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2439  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
249 aa  154  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.427983  normal  0.121811 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3656  short chain dehydrogenase  38.1 
 
 
263 aa  153  2e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2562  short chain dehydrogenase  38.1 
 
 
263 aa  154  2e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1253  short chain dehydrogenase  38.1 
 
 
263 aa  154  2e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0560735 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2798  short chain dehydrogenase  38.1 
 
 
263 aa  154  2e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7696  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.18 
 
 
251 aa  154  2e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.984897  normal  0.462493 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2585  short chain dehydrogenase  39.08 
 
 
259 aa  154  2e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.25122  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.05 
 
 
253 aa  153  2.9999999999999998e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000282185  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6913  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.98 
 
 
247 aa  152  4e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.214979  normal  0.444362 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.67 
 
 
253 aa  152  4e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
256 aa  152  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.28835 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
244 aa  152  5e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.944357  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02326  short chain dehydrogenase  37.7 
 
 
263 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.9 
 
 
248 aa  152  5.9999999999999996e-36  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.253805  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02287  hypothetical protein  37.7 
 
 
263 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0313  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.52 
 
 
239 aa  152  7e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00087118  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
255 aa  152  7e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.423234  normal  0.0918658 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
255 aa  152  7e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0940  putative short-chain dehydrogenase  39.92 
 
 
266 aa  152  7e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08163  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_5G02870)  37.15 
 
 
251 aa  151  8.999999999999999e-36  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.132741 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.53 
 
 
249 aa  150  1e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
250 aa  150  2e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189012  normal  0.165554 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1835  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.69 
 
 
244 aa  150  2e-35  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.686329  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3544  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 
271 aa  150  2e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4671  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38 
 
 
283 aa  150  2e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3472  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
254 aa  150  3e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1783  glucose 1-dehydrogenase  33.6 
 
 
247 aa  150  3e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.88349  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3466  glucose 1-dehydrogenase  33.99 
 
 
247 aa  149  3e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0764776  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
256 aa  149  3e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0533  short chain dehydrogenase  37.45 
 
 
257 aa  149  4e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3299  hypothetical protein  37.65 
 
 
257 aa  149  4e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.982919  normal  0.296802 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0401  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 
245 aa  149  5e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.679351  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1709  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 
266 aa  149  5e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1400  short chain dehydrogenase  37.6 
 
 
264 aa  149  6e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.473326  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1686  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 
257 aa  149  6e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 
257 aa  149  6e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.15 
 
 
246 aa  148  7e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.94 
 
 
276 aa  148  8e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.185872  hitchhiker  0.0000125896 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2162  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.89 
 
 
252 aa  148  9e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0100529  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.82 
 
 
246 aa  148  9e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2094  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.73 
 
 
244 aa  148  9e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00509935 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1027  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 
255 aa  147  1.0000000000000001e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.162923  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2567  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.89 
 
 
252 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 
253 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2957  putative short-chain dehydrogenase/reductase  37.21 
 
 
247 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0137  short chain dehydrogenase  38 
 
 
260 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0600475  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0620  short chain dehydrogenase  38 
 
 
260 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.822121  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1871  short chain dehydrogenase  37.65 
 
 
264 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1454  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.68 
 
 
262 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3519  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
252 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2853  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.08 
 
 
249 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.51 
 
 
246 aa  146  3e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6036  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
254 aa  146  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0528417  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.41 
 
 
246 aa  146  4.0000000000000006e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
248 aa  146  4.0000000000000006e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0588  short chain dehydrogenase  37.6 
 
 
260 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.194347  normal  0.0391008 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
265 aa  145  4.0000000000000006e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1358  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.9 
 
 
255 aa  145  5e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>