More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1516 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_1516  D-alanine--D-alanine ligase  100 
 
 		 304 aa  625  1e-178  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.209922 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3677  D-alanine--D-alanine ligase  85.2 
 
 		 304 aa  545  1e-154  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00915339  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3590  D-alanine--D-alanine ligase  36.75 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.224564  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4982  D-alanine--D-alanine ligase  38.05 
 
 		 319 aa  180  2e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.380222  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3778  D-alanine--D-alanine ligase  37.42 
 
 		 306 aa  180  2e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2491  D-alanine--D-alanine ligase  35.91 
 
 		 306 aa  181  2e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57320  D-alanine--D-alanine ligase  37.37 
 
 		 319 aa  177  3e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0097  D-alanine--D-alanine ligase  37.54 
 
 		 306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00164222  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2628  D-alanine--D-alanine ligase  35.4 
 
 		 304 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.292335  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2390  D-alanine--D-alanine ligase  35.4 
 
 		 304 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.593473  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2666  D-alanine--D-alanine ligase  35.4 
 
 		 304 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.555621  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3516  D-alanine--D-alanine ligase  38 
 
 		 306 aa  172  5e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.730478  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2741  D-alanine--D-alanine ligase  34.71 
 
 		 304 aa  172  5e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.199895  hitchhiker  0.00000666317 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2916  D-alanine--D-alanine ligase  38 
 
 		 306 aa  172  5e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.253667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3385  D-alanine--D-alanine ligase  38 
 
 		 306 aa  172  5e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0172099  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1312  D-alanine--D-alanine ligase  33.1 
 
 		 301 aa  172  6.999999999999999e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0281442  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2435  D-alanine--D-alanine ligase  35.05 
 
 		 304 aa  172  9e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.470821  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2610  D-alanine--D-alanine ligase  35.05 
 
 		 304 aa  172  9e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.5132  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2524  D-alanine--D-alanine ligase  35.05 
 
 		 311 aa  171  1e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0109792  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1522  D-alanine--D-alanine ligase  33.1 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0539481  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2582  D-alanine--D-alanine ligase  34.71 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00093  D-alanylalanine synthetase  37.22 
 
 		 306 aa  170  2e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.149308  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0763  D-alanine--D-alanine ligase  36.42 
 
 		 306 aa  171  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00284913  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2356  D-alanine--D-alanine ligase  35.05 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4385  D-alanine--D-alanine ligase  36.15 
 
 		 318 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0215233  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0585  D-alanine--D-alanine ligase  34.55 
 
 		 313 aa  171  2e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.034882  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00092  hypothetical protein  37.22 
 
 		 306 aa  170  2e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.144888  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3508  D-alanine/D-alanine ligase  37.22 
 
 		 306 aa  170  3e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00134071  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4510  D-alanine--D-alanine ligase  35.14 
 
 		 318 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.926971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0098  D-alanine--D-alanine ligase  37.22 
 
 		 306 aa  170  3e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699622  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0100  D-alanine--D-alanine ligase  37.22 
 
 		 306 aa  170  3e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0814155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0946  D-alanine--D-alanine ligase  35.14 
 
 		 318 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.427679  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3565  D-alanine--D-alanine ligase  37.22 
 
 		 306 aa  170  3e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00231129  hitchhiker  0.00551648 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0085  D-alanine--D-alanine ligase  37.22 
 
 		 306 aa  170  3e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.34447  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1339  D-alanine--D-alanine ligase  36.15 
 
 		 318 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266833  normal  0.0340242 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2627  D-alanine--D-alanine ligase  34.83 
 
 		 304 aa  169  4e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000105454 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0260  D-alanine/D-alanine ligase  32.88 
 
 		 305 aa  168  8e-41  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000015088  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0094  D-alanine--D-alanine ligase  36.89 
 
 		 306 aa  168  9e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000101829  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13270  D-alanine--D-alanine ligase  34.35 
 
 		 315 aa  168  1e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.122637  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2858  D-alanine--D-alanine ligase  35.84 
 
 		 316 aa  167  2e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000136858  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2266  D-alanine--D-alanine ligase  35.79 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.297566  hitchhiker  0.00504643 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0122  D-alanine--D-alanine ligase  36.36 
 
 		 310 aa  166  4e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000652321  normal  0.029871 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0816  D-alanine--D-alanine ligase  32.54 
 
 		 302 aa  166  4e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0142  D-alanine--D-alanine ligase  37.17 
 
 		 306 aa  165  6.9999999999999995e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0090881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0924  D-alanine--D-alanine ligase  34.55 
 
 		 313 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.783773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4671  D-alanine--D-alanine ligase  35.47 
 
 		 324 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0129578  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0638  D-alanine--D-alanine ligase  34.54 
 
 		 306 aa  164  1.0000000000000001e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00195193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2199  D-alanine--D-alanine ligase  35.35 
 
 		 305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.171774  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0850  D-alanine--D-alanine ligase  36.08 
 
 		 314 aa  164  1.0000000000000001e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.868675  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04365  D-alanine--D-alanine ligase  34.87 
 
 		 318 aa  164  1.0000000000000001e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.628824  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0142  D-alanine--D-alanine ligase  37.13 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  hitchhiker  0.00000371528 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4406  D-alanine--D-alanine ligase  36 
 
 		 319 aa  163  3e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.206514  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0147  D-alanine--D-alanine ligase  36.39 
 
 		 306 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000287396  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4100  D-alanine--D-alanine ligase  35.33 
 
 		 319 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.555114 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2198  D-alanine/D-alanine ligase  36.48 
 
 		 313 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0703567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0146  D-alanine--D-alanine ligase  36.81 
 
 		 306 aa  162  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.302602  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0488  D-alanine--D-alanine ligase  35.62 
 
 		 313 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0391876  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2618  D-alanyl-alanine synthetase A  33.76 
 
 		 323 aa  161  1e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3468  D-alanine--D-alanine ligase  34.64 
 
 		 313 aa  160  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00570253  hitchhiker  0.00196625 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0921  D-alanine--D-alanine ligase  32.12 
 
 		 323 aa  160  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.26052  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1240  D-alanine--D-alanine ligase  34.87 
 
 		 306 aa  160  2e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1149  D-alanine--D-alanine ligase  36.15 
 
 		 306 aa  160  2e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.927057  normal  0.917542 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2188  D-alanine--D-alanine ligase  36.81 
 
 		 314 aa  160  3e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.441149  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1077  D-alanine--D-alanine ligase  32 
 
 		 338 aa  159  4e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0742794  normal  0.822876 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3914  D-alanine--D-alanine ligase  34.78 
 
 		 308 aa  159  5e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.536039  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0494  D-alanine--D-alanine ligase  37.29 
 
 		 305 aa  159  5e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.922593  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3830  D-alanine--D-alanine ligase  34.78 
 
 		 308 aa  159  6e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2612  D-alanine--D-alanine ligase  34.78 
 
 		 317 aa  159  6e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000431315  unclonable  0.00000000000418412 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1108  D-alanine--D-alanine ligase  34.9 
 
 		 308 aa  158  8e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0511  D-alanine/D-alanine ligase  37.29 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0452  D-alanine/D-alanine ligase  36.88 
 
 		 324 aa  158  1e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0742321  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0360  D-alanine--D-alanine ligase  33.78 
 
 		 308 aa  158  1e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1155  D-alanine--D-alanine ligase  34.97 
 
 		 309 aa  157  2e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.112058  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3066  D-alanine--D-alanine ligase  33.67 
 
 		 316 aa  156  3e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4463  D-alanine--D-alanine ligase  34.33 
 
 		 317 aa  157  3e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.816615  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0524  D-alanine--D-alanine ligase  34 
 
 		 329 aa  157  3e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.860729 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3668  D-alanine--D-alanine ligase  33.33 
 
 		 332 aa  157  3e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.497942  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2671  D-alanine--D-alanine ligase  34.97 
 
 		 313 aa  155  6e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3887  D-alanine--D-alanine ligase  33.89 
 
 		 308 aa  155  7e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0809283  normal  0.435651 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1140  D-alanine--D-alanine ligase  33.88 
 
 		 309 aa  155  8e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000909084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0772  D-alanine--D-alanine ligase  34.35 
 
 		 309 aa  155  9e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.170719  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2978  D-alanine--D-alanine ligase  33 
 
 		 332 aa  155  1e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00577366  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2046  D-alanine--D-alanine ligase  33.78 
 
 		 320 aa  154  1e-36  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000802497  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0823  D-alanine--D-alanine ligase  32 
 
 		 334 aa  154  1e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.595745 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0009  D-alanine/D-alanine ligase  34.68 
 
 		 338 aa  154  2e-36  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.542001  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0420  D-alanine/D-alanine ligase  33.67 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000379989  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3774  D-alanine--D-alanine ligase  34.64 
 
 		 308 aa  153  2.9999999999999998e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0137  D-alanine/D-alanine ligase  33.22 
 
 		 288 aa  153  2.9999999999999998e-36  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000588497  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03256  D-alanine--D-alanine ligase  34.67 
 
 		 322 aa  154  2.9999999999999998e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.130136  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1967  D-alanine--D-alanine ligase  33.45 
 
 		 320 aa  152  5.9999999999999996e-36  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000254256  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2426  D-alanine--D-alanine ligase  33 
 
 		 309 aa  152  8.999999999999999e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.142396  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0667  D-alanine/D-alanine ligase  35.23 
 
 		 313 aa  151  1e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.621467  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0604  D-alanine--D-alanine ligase  33.44 
 
 		 320 aa  151  1e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1796  D-alanine--D-alanine ligase  31.37 
 
 		 312 aa  151  1e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0689  D-alanyl-alanine synthetase A  35.22 
 
 		 303 aa  152  1e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000234965  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28460  D-alanine--D-alanine ligase  33.44 
 
 		 317 aa  151  1e-35  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.289482  hitchhiker  0.00300353 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2842  D-alanine--D-alanine ligase  31.91 
 
 		 331 aa  150  2e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3425  D-alanine--D-alanine ligase  33.22 
 
 		 304 aa  150  2e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.346126  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3971  D-alanine--D-alanine ligase  34.01 
 
 		 310 aa  150  2e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2450  D-alanine--D-alanine ligase  35.33 
 
 		 325 aa  151  2e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0817571  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>