More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3079 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2932  amidase  94.89 
 
 		 567 aa  1097    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3079  amidase  100 
 
 		 567 aa  1140    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0888  amidase  85.54 
 
 		 568 aa  984    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3283  amidase  86.07 
 
 		 584 aa  989    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2840  amidase  95.77 
 
 		 567 aa  1084    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.845019  normal  0.475374 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2522  amidase  88.16 
 
 		 567 aa  998    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3131  amidase  85.89 
 
 		 568 aa  990    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3257  amidase  90.11 
 
 		 570 aa  1038    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.325016 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2761  amidase  85.36 
 
 		 584 aa  987    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1657  amidase  90.46 
 
 		 567 aa  1021    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.91372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3140  amidase  85.71 
 
 		 568 aa  988    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.286166  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0058  amidase  70.25 
 
 		 576 aa  757    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2760  amidase  94.89 
 
 		 567 aa  1097    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0680  Amidase  62.52 
 
 		 595 aa  714    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.914724  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5531  amidase  67.62 
 
 		 572 aa  726    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.295161 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1233  amidase  85.71 
 
 		 568 aa  991    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000250481 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0927  amidase  88.69 
 
 		 569 aa  980    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5150  amidase  67.62 
 
 		 572 aa  728    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3287  amidase  86.22 
 
 		 568 aa  993    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0660  amidase  85.87 
 
 		 568 aa  991    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.396809 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1616  amidase  85.34 
 
 		 569 aa  986    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5239  amidase  67.62 
 
 		 572 aa  728    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.065566  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10040  amidase  89.05 
 
 		 569 aa  985    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00301726  normal  0.910532 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3464  amidase  85.87 
 
 		 568 aa  990    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3247  amidase  63.34 
 
 		 675 aa  599  1e-170  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00133527 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3345  Amidase  29.79 
 
 		 526 aa  180  7e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0644396 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4470  Amidase  29.09 
 
 		 530 aa  177  6e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.141503  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1925  amidase  28.28 
 
 		 491 aa  158  3e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.734748  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2072  amidase  28.28 
 
 		 491 aa  158  3e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1921  amidase  28.18 
 
 		 491 aa  157  7e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0759048  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3247  amidase  29.2 
 
 		 491 aa  156  1e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0139426  normal  0.198397 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1887  amidase  27.98 
 
 		 491 aa  155  2e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2103  amidase  28.06 
 
 		 491 aa  154  4e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1877  amidase  27.71 
 
 		 491 aa  152  1e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2061  amidase  28.03 
 
 		 491 aa  153  1e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00865989  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2143  amidase  27.19 
 
 		 491 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.117991  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5142  amidase  30.64 
 
 		 499 aa  148  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.935428  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2171  amidase  26.72 
 
 		 491 aa  147  6e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0417  Amidase  29.7 
 
 		 481 aa  145  3e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0366485 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5750  Amidase  28.28 
 
 		 506 aa  144  6e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.180431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4413  Amidase  30.62 
 
 		 559 aa  143  7e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.216813  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0670  Amidase  32.19 
 
 		 509 aa  140  4.999999999999999e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0474634  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1943  Amidase  29.98 
 
 		 574 aa  139  1e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00712405 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1946  amidase  27.49 
 
 		 488 aa  134  5e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1309  Amidase  29.59 
 
 		 566 aa  134  5e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3846  Amidase  27.38 
 
 		 540 aa  133  7.999999999999999e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5120  amidase family protein  27.03 
 
 		 519 aa  131  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2294  Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit or related amidase  28.01 
 
 		 536 aa  128  2.0000000000000002e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4089  Amidase  31.65 
 
 		 497 aa  128  3e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.447444 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1364  amidase  29.64 
 
 		 527 aa  127  5e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.085889  normal  0.210091 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0786  amidase  28.45 
 
 		 540 aa  125  3e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0562402  normal  0.05783 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03934  amidase  27.13 
 
 		 544 aa  124  4e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.59934  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_30643  Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A (Glu-ADT subunit A)  26.11 
 
 		 581 aa  123  8e-27  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.104467  normal  0.893568 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3926  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.09 
 
 		 494 aa  120  3.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.236708  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2499  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  33.14 
 
 		 491 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2226  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  27.09 
 
 		 491 aa  120  9e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0279752  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0894  Amidase  28.35 
 
 		 475 aa  119  9.999999999999999e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2436  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  24.7 
 
 		 486 aa  118  3e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1019  amidase  27.26 
 
 		 610 aa  118  3e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.46113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1918  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  27.11 
 
 		 495 aa  118  3e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1649  amidase  34.16 
 
 		 469 aa  118  3.9999999999999997e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.045909 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2860  amidase  26.19 
 
 		 477 aa  117  6e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1564  Amidase  28.69 
 
 		 527 aa  117  6e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.145247  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5886  hypothetical protein  28.8 
 
 		 459 aa  116  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.371043  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1878  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  27.27 
 
 		 493 aa  114  4.0000000000000004e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.810516 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2929  Amidase  34.18 
 
 		 519 aa  113  8.000000000000001e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.669422 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0458  Amidase  30.32 
 
 		 549 aa  113  1.0000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0516  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.46 
 
 		 484 aa  112  3e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1146  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.66 
 
 		 486 aa  112  3e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0765  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  27.6 
 
 		 485 aa  110  5e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00375757  normal  0.450194 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0559  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  27.4 
 
 		 493 aa  110  6e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0594  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  27.4 
 
 		 493 aa  110  8.000000000000001e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1333  amidase  29.35 
 
 		 468 aa  109  1e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.697723  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3083  amidase  34.15 
 
 		 463 aa  110  1e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0269706 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1117  Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit and amidase  29.41 
 
 		 486 aa  108  2e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2120  Amidase  35.89 
 
 		 447 aa  109  2e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5611  amidase  34.94 
 
 		 494 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.967064  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3678  amidase  34.94 
 
 		 494 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4689  amidase  34.94 
 
 		 494 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.292379  normal  0.198691 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1254  amidase  25.26 
 
 		 472 aa  108  3e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0156398 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1881  amidase  36.55 
 
 		 463 aa  108  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.579436  normal  0.0809644 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4261  Amidase  33.48 
 
 		 475 aa  107  4e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.699338  normal  0.643604 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0098  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.11 
 
 		 485 aa  107  5e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1335  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.18 
 
 		 486 aa  107  6e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0495  amidase  35.25 
 
 		 505 aa  107  7e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.52997  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4083  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  31.78 
 
 		 512 aa  107  8e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3400  Amidase  36.48 
 
 		 472 aa  106  1e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.602142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3517  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  26.87 
 
 		 492 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.324726  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1020  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  26.25 
 
 		 487 aa  105  2e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00154188  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1220  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  27.53 
 
 		 491 aa  105  2e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.82883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0721  glutamyl-tRNA, putative  25.45 
 
 		 534 aa  105  2e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13196  amidase  39.22 
 
 		 495 aa  105  2e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.471153 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0703  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  24.51 
 
 		 487 aa  105  3e-21  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4338  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.44 
 
 		 490 aa  105  3e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3418  amidase  24.52 
 
 		 536 aa  105  3e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000917116 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3647  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  26.43 
 
 		 493 aa  104  4e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.444201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1131  amidase  33.73 
 
 		 494 aa  104  4e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.28334 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3323  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  26.43 
 
 		 493 aa  104  4e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.352214  normal  0.64474 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2005  amidase  33.1 
 
 		 533 aa  104  5e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.512259  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05965  amidase  27.76 
 
 		 542 aa  104  5e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.316578  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>